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Licence Sciences de la vieParcours type : Physiologie et génomique fonctionnelle

Objectifs

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Le parcours « Physiologie et Génomique Fonctionnelle » a pour objectif de former des étudiants dans les domaines de la Biologie en développant des connaissances et compétences en physiologie humaine, physio-pathologies , biotechnologies , génomique fonctionnelle évolutive, épigénétique, pharmacologie, bio-statistiques. Le but de la formation est de comprendre le vivant de façon intégrée en s’appuyant sur des connaissances moléculaires et cellulaires, pour en caractériser le fonctionnement à l’échelle d’un organisme et notamment de l’humain. Cette formation s’appuie sur des pédagogies innovantes utilisant les derniers résultats de la recherche scientifique et les analysant de façon approfondie. Elle permet également de travailler en équipe projet (à travers un stage obligatoire ou un travail de création d’activité) sur des thématiques liées à la physiologie, physiopathologie, génomique fonctionnelle et évolution et de mettre en œuvre directement le projet développé. Elle facilite l’acquisition de compétences transversales (apprentissage des langues, outils de communication, techniques de recherche d’emploi, li sur des objectifs d’acquisition de compétences dans les domaines pré cités. Le parcours « Physiologie et Génomique Fonctionnelle » permet à l’étudiant.e :

  • d'avoir une formation théorique et pratique dans les domaines les plus récents de la physiologie physiopathologie et génomique.
  • d'acquérir la capacité à observer, faire des hypothèses, expérimenter, analyser, travailler en équipe, et finaliser un projet.

Tout au long de son cursus, l'étudiant développe des compétences qui lui permettent de mettre en adéquation sa formation et son projet professionnel.

Formation et recherche

Le parcours « Physiologie et Génomique Fonctionnelle » de la licence « Sciences de la Vie » peut permettre d’accéder aux masters de Biologie d’AMU et à tout autre master dans le domaine de la Biologie. Il ouvre tout particulièrement sur le Master Biologie Intégrative Physiologie, le master Bioinformatique, le Master Biologie structurale et Génomique, le master Qualité et Neurosciences (parcours Analyses sensorielles). Il ouvre également sur le Master Biologie Santé du secteur Santé.

Pré-requis obligatoires

Il sera nécessaire pour accéder au parcours d’avoir validé à minima 60 crédits (L& ou DUT 1 ou BTS 1 ou CPGE 1) pour accéder au L2 ou d’avoir validé 180 crédits pour intégrer le L3.

Pré-requis recommandés

Des prérequis scientifiques issus de formations dans le domaine de la biologie chimie ou santé sont recommandés.

Régimes d'inscription

Cette formation est accessible en

Formation initiale
Formation continue
Formation à distance

Plus d'informations

L'Université d'Aix-Marseille propose des formations à distance pour les personnes :

  • éloignées géographiquement,
  • à disponibilité réduite ou contrainte (formation continue, régimes spéciaux d'études : apprenants salariés, soutien de famille, en situation de handicap, sportifs et artistes de haut niveau, en double inscription, ...),
  • empêchées (apprenants hospitalisés, incarcérés, ...).

Consultez les autres formations à distance

Visitez le site Web du service de formation à distance

Compétences visées

Les compétences à acquérir par le parcours “Physiologie et Génomique Fonctionnelle” sont les suivantes :

  • Maîtriser et mobiliser les connaissances attachées au fonctionnement intégré normal et pathologique des êtres vivants (Mammifères/Homme) en s’appuyant notamment sur la connaissance des mécanismes génétiques et épigénétiques de l’évolution.
  • Être initié à la gestion de projet
  • Développer un esprit critique au service de la progression des savoirs
  • Développer les outils pour faire aboutir son projet professionnel

Métiers visés

Spécialités de formation (code NSF) :

  • 118b : Modèles d'analyse biologique ; Informatique en biologie
  • 118f : Biologie de l'agronomie et de l'agriculture ; Biologie des produits et des contrôles alimentaires ; Biopharmacologie
  • 118g : Biologie de l'eau et de l'environnement ; Biologie médicale

Volume des enseignements

  • Cours magistraux : 210 heures
  • Travaux dirigés : 350 heures
  • Travaux pratiques : 170 heures
  • Stage : 4 semaines

Modalités pédagogiques particulières

  • La formation se déroulera en Présentiel et en enseignement à distance (EAD).
  • Il utilisera la pédagogie classique (Cours, TD, TP) mais également des pédagogies innovantes par petits groupes permettant de mettre l’étudiant en mode « action » et en le rendant acteur de l’acquisition de son savoir.

Cette formation est organisée en plusieurs options.

Option télé-enseignement

Semestre 3 Sciences de la vie

[ détails ]

  • Anglais semestre 3 LIC SV (3 crédits)

    Code : S01AN3M1Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 18h de TD

    Plus d'informations

  • Biochimie - Réactions cellulaires (6 crédits)

    Code : S01BI3M1Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 34h de CM - 18h de TD - 8h de TP

    Plus d'informations

  • Génétique moléculaire (6 crédits)

    Code : S01BI3M2Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 32h de CM - 28h de TD

    Plus d'informations

  • Interactions et dynamique cellulaires (6 crédits)

    Code : S01BI3M3Langue : Français.

    Contenu : Structure et fonction du cytosquelette (CM, 6h) Composition et rôle de la matrice extracellulaire (CM, 6h) Structure et fonction des molécules d'adhérence (CM, 6h) Communication et signalisation cellulaire (CM, 6h) Méthologie en biologie cellulaire (TD, 10h) Analyse et interprétation de données expériementales (TD, 22h) Marquage in situ et observation en microscopie (TP, 4h)

    Volume horaire : 24h de CM - 32h de TD - 4h de TP

    Plus d'informations

  • Physiologie des cellules excitables (3 crédits)

    Code : S01BI3M4Langue : Français.

    Contenu : Physiologie des cellules excitables NOTIONS DE THERMODYNAMIQUE L'ORIGINE BIOLOGIQUE LES MEMBRANES BIOLOGIQUES MOUVEMENTS DE MATIERE À TRAVERS LES MEMBRANES BIOLOGIQUES 1. Diffusion 2. Diffusion facilitée 3. Transports actifs 4. Exemples physiologiques V. LE POTENTIEL DE REPOS 1. Diffusion simple des particules chargées 2. Potentiel de repos des cellules animales VI. VARIATIONS DU POTENTIEL DE MEMBRANE 1. Flux ioniques et courants ioniques 2. Circuit équivalent de la membrane 3. Rôles physiologiques des potentiel membranaires VII. LES CELLULES EXCITABLES 1. Définition et propriétés 2. Retour sur les propriétés passives des cellules 3. Le potentiel d’action 4. Propriétés des canaux ioniques potentiel-dépendants 5. Propagation de l'influx nerveux 6. Diversité des potentiels d’action

    Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

    Plus d'informations

  • Spectroscopie, microscopie et imagerie (3 crédits)

    Code : S01BI3M5Langue : Français.

    Contenu : Absorption, fluorescence  : La première partie du cours concerne l’enseignement des principes d’interaction du rayonnement électromagnétique (onde, photon) avec la matière en se focalisant sur les phénomènes d’absorption et de fluorescence de la lumière dans le domaine UV/VIS par des biomolécules (protéine, ADN, chromophores biologiques) et des fluorochromes. Cet enseignement permettra aux étudiants de mieux apprécier les techniques analytiques de biochimie et de biologie cellulaire utilisant la lumière comme sonde. Microscopie et Imagerie : La deuxième partie du cours mettra en relation les techniques de microscopie optique avec les techniques d’analyse d’image pour pouvoir analyser la localisation cellulaire des biomolécules et de mettre en évidence des interactions intra- et intercellulaires. Cet enseignement vise à sensibiliser les étudiants aux possibilités de ces techniques modernes et à leurs applications pour la biologie cellulaire. TP d’absorption UV-VIS : L’enseignement en TP sensibilisera les étudiants à la bonne utilisation d’un spectrophotomètre UV/VIS du laboratoire, en appréhendant ses possibilités et limites.

    Volume horaire : 14h de CM - 12h de TD - 4h de TP

    Plus d'informations

  • Bioinformatique : analyse des séquences (3 crédits)

    Code : S01BI3M7Langue : Français.

    Contenu : Introduction à la bioinformatique Base de données Modèles évolutifs Alignements de paires des séquences Phylogénie Introduction à la bioinformatique Base de données Modèles évolutifs Alignements de paires des séquences Phylogénie

    Volume horaire : 14h de CM - 16h de TP

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  • Enseignement supplémentaire S3 ALTER PACES (uniquement site de Luminy)

Semestre 4 Sciences de la vie

[ détails ]

  • Anglais semestre 4 LIC SV (3 crédits)

    Code : S01AN4M2Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 18h de TD

    Plus d'informations

  • Métabolisme et bioénergétique (3 crédits)

    Code : S01BI4M6Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

    Plus d'informations

  • Exploration multidisciplinaire d'une question biologique (3 crédits)

    Code : S01BI4M8Langue : Français.

    Contenu : Dans le cadre de cet enseignement, les étudiants travailleront par groupe de cinq sur une thématique scientifique via la recherche et l'analyse de documents scientifiques. L'enseignement se basera sur le développement d'une pédagogie active et participative où les enseignants auront pour rôle de guider les étudiants dans un projet d'étude sans dispenser de cours. Durant leurs travaux, les étudiants utiliseront l’ensemble des connaissances acquises aux S1, S2 et S3 et pourront comprendre comment, par des disciplines et approches diverses et complémentaires, il est possible de répondre à une question biologique. En fin d’enseignement, les étudiants présenteront un diaporama. Ce dernier exposera la problématique de leur sujet d’étude, les méthodes mise en œuvre dans ce cadre, les grands résultats obtenus ces dernières années et enfin les perspectives, potentielles applications et enjeux sociétaux liés à leur sujet.

    Volume horaire : 30h de TD

    Plus d'informations

  • GROUPE D'OPTIONS A CHOIX SELON LES SITES POUR LE SEMESTRE 4 (18 crédits)
    • CHOIX D'OPTIONS POSSIBLES SUR LE SITE D’AIX (18 crédits)
      • Introduction à la microbiologie (3 crédits)

        Code : S01BI4M10Langue : Français.

        Contenu : Les cours initient les étudiants à la microbiologie en leur apportant les notions de base sur les différents microorganismes procaryotes et eucaryotes, et leurs méthodes d'étude. Des exemples d'adaptation cellulaire et moléculaire (environnement terrestre-aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes) seront choisis pour illustrer la diversité du monde microbien. Plan du cours chapitre 1 : Histoire de la microbiologie et définition de la discipline chapitre 2 : Présentation des micro-organismes (procaryotes et eucaryotes) chapitre 3 : Biologie cellulaire procaryote (bactéries et archées) et méthodes d'étude chapitre 4 : Introduction à la diversité du monde microbien : environnements terrestre et aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes

        Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

        Plus d'informations

      • Contraintes physiques imposées aux grandes fonctions (3 crédits)

        Code : S01BI4M23Langue : Français.

        Contenu : ñ Chapitre 1 : Cardiocirculatoire (6h CM ; 2h TD) : Les bases de l’automatisme et de la contraction cardiaque ; l’écoulement du sang dans les vaisseaux et la vasomotricité ; les échanges entre les capillaires et le milieu interstitiel. Applications aux pathologies. Contraintes physiques posées aux régulations. ñ Chapitre 2 : Respiratoire (6h CM ; 2h TD) : Gaz parfaits, mécanique ventilatoire ; les échanges alvéolocapillaires, transport des gaz dans le sang. Applications aux pathologies. Contraintes physiques posées aux régulations. ñ Chapitre 3 : Rénal (6h CM ; 2h TD) : Filtration glomérulaire ; les échanges tubulaires ; concentration et dilution de l’urine. Applications aux pathologies. Contraintes physiques posées aux régulations. ñ Chapitre 4 : Echanges thermiques (4h CM ; 2h TD) : Les compartiments thermiques ; échanges par conduction, par convection, par rayonnement ; évaporation. Applications aux pathologies. Contraintes physiques posées aux régulations.

        Volume horaire : 22h de CM - 8h de TD

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      • TP intégrés et analyses statistiques des données (6 crédits)

        Code : S01BI4M9Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 2h de CM - 20h de TD - 38h de TP

        Plus d'informations

      • Mécanismes réactionnels (3 crédits)

        Code : S01CH4M2Langue : Français.

        Contenu : Seront présentés dans ce module les différents types de mécanismes réactionnels de la chimie organique et leur implication en biologie.

        Volume horaire : 14h de CM - 16h de TD

        Plus d'informations

      • GROUPE D'OPTIONS D'AIX (choisir 1 UE à 3 ECTS)
        • Histologie et développement précoce (3 crédits)

          Code : S01BI4M22Langue : Français.

          Contenu : CM (16h) : Du zygote aux 3 feuillets embryonnaires / Neurulation et devenir des 3 feuillets (4h). Histologie des épithéliums (de revêtement et glandulaires), des tissus conjonctifs (tissus conjonctifs lâches, tissus conjonctifs denses, tissu cartilagineux, tissu osseux, tissu sanguin), des tissus musculaires (strié, lisse, cardiaque) et du tissu nerveux (12h) TD (4h) : Développement de l'oeuf de batracien (segmentation, gastrulation, neurulation) et développement de l'oeuf de poule (présentation succincte et comparaison avec le développement de batracien) TP (10h) : les 2 premiers TP (2 x3h) feront l’objet d’identification au microscope optique des différents tissus décrits en cours magistraux. Le 3ème TP (4h) fera l'objet d'ateliers au cours desquels les étudiants réaliseront : i) des coupes de tissus à l'aide de microtomes (à congélation et à paraffine), ii) des colorations histologiques de ces coupes suivies de montage entre lame et lamelle, iii) l'analyse au microscope optique des tissus colorés

          Volume horaire : 16h de CM - 4h de TD - 10h de TP

          Plus d'informations

        • Chiralité, stéréochimie et grandes fonctions chimiques (3 crédits)

          Code : S01CH4M3Langue : Français.

          Contenu : Grandes fonctions de la chimie organique et plus spécifiquement les molécules du vivant. Chiralité : définir les termes relatifs à la chiralité, repérer les éléments de symétrie au sein d’une structure Stéréochimie : déterminer les descripteurs stéréochimiques, représenter l’ensemble des stéréomères d’une molécule… Propriétés physiques et chimiques des énantiomères et des diastéréomères et méthodes d’analyse de molécules chirales.

          Volume horaire : 14h de CM - 16h de TD

          Plus d'informations

    • LISTE DES UE POUR L'ENSEIGNEMENT A DISTANCE (18 crédits)
      • Introduction à la microbiologie (3 crédits)

        Code : S01BI4M10Langue : Français.

        Contenu : Les cours initient les étudiants à la microbiologie en leur apportant les notions de base sur les différents microorganismes procaryotes et eucaryotes, et leurs méthodes d'étude. Des exemples d'adaptation cellulaire et moléculaire (environnement terrestre-aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes) seront choisis pour illustrer la diversité du monde microbien. Plan du cours chapitre 1 : Histoire de la microbiologie et définition de la discipline chapitre 2 : Présentation des micro-organismes (procaryotes et eucaryotes) chapitre 3 : Biologie cellulaire procaryote (bactéries et archées) et méthodes d'étude chapitre 4 : Introduction à la diversité du monde microbien : environnements terrestre et aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes

        Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

        Plus d'informations

      • Introduction à la biologie du développement (3 crédits)

        Code : S01BI4M14Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

        Plus d'informations

      • Physiologie (6 crédits)

        Code : S01BI4M15Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 36h de CM - 12h de TD - 12h de TP

        Plus d'informations

      • Organismes et évolution 1 (3 crédits)

        Code : S01BI4M16Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 3h de CM - 12h de TD - 15h de TP

        Plus d'informations

      • Organismes et évolution 2 (3 crédits)

        Code : S01BI4M25Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 3h de CM - 12h de TD - 15h de TP

        Plus d'informations

    • CHOIX D'OPTIONS POSSIBLES POUR LE SITE DE LUMINY (18 crédits)
      • TP intégrés et analyses statistiques des données (6 crédits)

        Code : S01BI4M9Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 2h de CM - 20h de TD - 38h de TP

        Plus d'informations

      • Groupe 1 pour le site de Luminy (choisir 1 UE à 3 ECTS)
      • Groupe 2 pour le site de Luminy (choisir 1 UE à 3 ECTS)
        • Introduction à la microbiologie (3 crédits)

          Code : S01BI4M10Langue : Français.

          Contenu : Les cours initient les étudiants à la microbiologie en leur apportant les notions de base sur les différents microorganismes procaryotes et eucaryotes, et leurs méthodes d'étude. Des exemples d'adaptation cellulaire et moléculaire (environnement terrestre-aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes) seront choisis pour illustrer la diversité du monde microbien. Plan du cours chapitre 1 : Histoire de la microbiologie et définition de la discipline chapitre 2 : Présentation des micro-organismes (procaryotes et eucaryotes) chapitre 3 : Biologie cellulaire procaryote (bactéries et archées) et méthodes d'étude chapitre 4 : Introduction à la diversité du monde microbien : environnements terrestre et aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes

          Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

          Plus d'informations

        • Physiologie du comportement alimentaire (3 crédits)

          Code : S01BI4M24Langue : Français.

          Contenu : La régulation de la prise de nourriture est un processus physiologique complexe qui fait intervenir un dialogue entre le système nerveux et les organes périphériques (pancréas, tissu adipeux…). Cette communication est à la fois de type nerveuse et endocrine (hormones et glandes). Lors de ces enseignements, il sera donc vu en détail comment notre système nerveux en intégrant l'ensemble de ces signaux permet le maintien de notre poids corporel en régulant finement notre comportement alimentaire. Dans une deuxième partie des enseignements, il sera également abordé l'impact de nos émotions, des facteurs sociaux ou encore sensoriels sur notre comportement alimentaire. En effet, ces facteurs cognitifs et émotionnels constituent également un aspect essentiel dans notre manière de manger et seront également intégrés et traités par le système nerveux. Notions abordées : Physiologie, Endocrinologie, Système nerveux, Communication cellulaire, Comportement, Émotion, Cognition. Le titre des enseignements est indiqué ci-dessous. ñ I. La régulation endocrinienne et neuronale du comportement alimentaire (14 h CM) ñ II. Les aspects sensoriels, émotionnels et cognitifs du comportement alimentaire (6 h CM)

          Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

          Plus d'informations

        • De la molécule au médicament (3 crédits)

          Code : S01PA4M20Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 28h de CM - 2h de TD

          Plus d'informations

      • Groupe 3 pour le site de Luminy (choisir 1 UE à 3 ECTS)
      • Groupe 4 pour le site de Luminy (choisir 1 UE à 3 ECTS)
        • Introduction à l’immunologie (3 crédits)

          Code : S01BI4M11Langue : Français.

          Contenu : Cette UE initie les étudiants aux bases nécessaires à l’Immunologie. Un historique de la discipline leur sera proposé ainsi que l’organisation anatomique et fonctionnelle du système immunitaire. Plusieurs concepts seront abordés tels que les notions de reconnaissances adaptative et innée, spécificité et diversité des répertoires T et B, les coopérations cellulaires et fonctions effectrices des cellules immunocompétentes. Enfin, les étudiants seront confrontés à des éléments d’immunophysiopathologie et d’immunotechnologie. · Chapitre 1 : Présentation des organes/cellules et la dynamique du système immunitaire Chapitre 2 : Immunité Innée Chapitre 3 : Reconnaissance T et B/ Présentation antigénique du CMH Chapitre 4 : Activation lymphocytaire et régulation de la réponse immune Chapitre 5 : Eléments d’Immunopathologie TD intégration et application de concepts TP : ELISA

          Volume horaire : 16h de CM - 6h de TD - 8h de TP

          Plus d'informations

        • Introduction à la programmation (3 crédits)

          Code : S01BI4M13Langue : Français.

          Contenu : L’étude des questions biologiques actuelles nécessite l’acquisition de données qui peuvent être massives (jusqu’à plusieurs millions d’observations). La gestion, puis l’analyse de telles données est donc conditionnée à la maîtrise de la programmation informatique. Ce module a d’abord pour objectif de familiariser les étudiants avec un environnement de travail sur ordinateur plutôt dédié à l’analyse scientifique qu’aux différents media, avec la découverte du système Unix (par opposition à Windows). Il sera ensuite temps d’apprendre les bases d’un langage de programmation (Python), l’un des plus utilisé par les biologistes à travers le monde aujourd’hui. L’étudiant apprendra alors à : (i) utiliser les variables informatiques, objets permettant de stocker l’information et de l’interroger ; (ii) structurer son code et organiser ses instructions afin répondre à la question posée ; (iii) lire des fichiers de données massifs et écrire les résultats son analyse dans un autre fichier ; (iv) transformer ses données des graphiques simples, et ainsi obtenir une première interprétation/évaluation. Ce module d’enseignement permettra donc à n’importe quel futur biologiste, même s’il ne se destine pas à poursuivre dans la bio-informatique, de pouvoir créer des scripts informatiques simples qui lui permettront d’obtenir une première analyse rapide et visuelle à partir d’une grande quantité de données, comme peuvent le générer les nouvelles techniques de séquençage (ou génotypage) à haut débit. Résumé du contenu : · Système d'exploitation Unix et commandes Shell · Langage de programmation Python : o Variables simples et conteneurs o Structures conditionnelles et boucles o Lectures et écritures de fichiers o Visualisation de données

          Volume horaire : 12h de CM - 18h de TP

          Plus d'informations

        • Chimie expérimentale pour la biologie (3 crédits)

          Code : S01CH4M4Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 10h de TD - 20h de TP

          Plus d'informations

    • CHOIX D'OPTIONS POSSIBLES POUR LE SITE DE SAINT-CHARLES (18 crédits)
      • Groupe 1 pour le site de Saint-Charles (choisir 1 UE à 6 ECTS)
      • Groupe 2 pour le site de Saint-Charles (choisir 1 UE à 3 ECTS)
        • Découverte des neurosciences (3 crédits)

          Code : S01BI4M12Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 14h de CM - 8h de TD

          Plus d'informations

        • Organismes et évolution 1 (3 crédits)

          Code : S01BI4M16Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 3h de CM - 12h de TD - 15h de TP

          Plus d'informations

        • Ingénierie des protéines (3 crédits)

          Code : S01BI4M19Langue : Français.

          Contenu : L'objectif de cette UE est de présenter les moyens de produire des protéines volontairement modifiées en vue d'applications industrielles et thérapeutiques en mobilisant les connaissances théoriques et techniques multidisciplinaires issues de la recherche fondamentale. 1- Présentation générale de ce qu'est l'ingénierie des protéines et de ses objectifs. 2-Présentation des connaissances et des outils nécessaires (séquences nucléiques et protéiques, données structurales et méthodes de détermination des structures. Eléments fonctionnels des protéines : stabilité, fonction biologique…) 3- Techniques de l'ADN recombinant (clonage, expression, mutagenèse dirigée et aléatoire, criblage et sélection). 4- Modification des protéines autrement que par génie génétique. 5-Etude d'exemples de programme d'ingénierie des protéines (objectifs, méthodologies, modélisation de mutants ponctuels) illustrant la diversité des champs d'application industriels ou thérapeutiques.

          Volume horaire : 12h de CM - 8h de TD - 10h de TP

          Plus d'informations

      • Groupe 3 pour le site de Saint-Charles (choisir 1 UE à 3 ECTS)
        • Introduction à la microbiologie (3 crédits)

          Code : S01BI4M10Langue : Français.

          Contenu : Les cours initient les étudiants à la microbiologie en leur apportant les notions de base sur les différents microorganismes procaryotes et eucaryotes, et leurs méthodes d'étude. Des exemples d'adaptation cellulaire et moléculaire (environnement terrestre-aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes) seront choisis pour illustrer la diversité du monde microbien. Plan du cours chapitre 1 : Histoire de la microbiologie et définition de la discipline chapitre 2 : Présentation des micro-organismes (procaryotes et eucaryotes) chapitre 3 : Biologie cellulaire procaryote (bactéries et archées) et méthodes d'étude chapitre 4 : Introduction à la diversité du monde microbien : environnements terrestre et aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes

          Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

          Plus d'informations

        • Gastronomie moléculaire (3 crédits)

          Code : S01BI4M18Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 6h de CM - 12h de TD - 8h de TP

          Plus d'informations

        • Physiologie du comportement alimentaire (3 crédits)

          Code : S01BI4M24Langue : Français.

          Contenu : La régulation de la prise de nourriture est un processus physiologique complexe qui fait intervenir un dialogue entre le système nerveux et les organes périphériques (pancréas, tissu adipeux…). Cette communication est à la fois de type nerveuse et endocrine (hormones et glandes). Lors de ces enseignements, il sera donc vu en détail comment notre système nerveux en intégrant l'ensemble de ces signaux permet le maintien de notre poids corporel en régulant finement notre comportement alimentaire. Dans une deuxième partie des enseignements, il sera également abordé l'impact de nos émotions, des facteurs sociaux ou encore sensoriels sur notre comportement alimentaire. En effet, ces facteurs cognitifs et émotionnels constituent également un aspect essentiel dans notre manière de manger et seront également intégrés et traités par le système nerveux. Notions abordées : Physiologie, Endocrinologie, Système nerveux, Communication cellulaire, Comportement, Émotion, Cognition. Le titre des enseignements est indiqué ci-dessous. ñ I. La régulation endocrinienne et neuronale du comportement alimentaire (14 h CM) ñ II. Les aspects sensoriels, émotionnels et cognitifs du comportement alimentaire (6 h CM)

          Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

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        • Organismes et évolution 2 (3 crédits)

          Code : S01BI4M25Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 3h de CM - 12h de TD - 15h de TP

          Plus d'informations

      • Groupe 4 option Saint-Charles Semestre 4 LIC SV (3 ECTS à choisir)
        • Introduction à la programmation (3 crédits)

          Code : S01BI4M13Langue : Français.

          Contenu : L’étude des questions biologiques actuelles nécessite l’acquisition de données qui peuvent être massives (jusqu’à plusieurs millions d’observations). La gestion, puis l’analyse de telles données est donc conditionnée à la maîtrise de la programmation informatique. Ce module a d’abord pour objectif de familiariser les étudiants avec un environnement de travail sur ordinateur plutôt dédié à l’analyse scientifique qu’aux différents media, avec la découverte du système Unix (par opposition à Windows). Il sera ensuite temps d’apprendre les bases d’un langage de programmation (Python), l’un des plus utilisé par les biologistes à travers le monde aujourd’hui. L’étudiant apprendra alors à : (i) utiliser les variables informatiques, objets permettant de stocker l’information et de l’interroger ; (ii) structurer son code et organiser ses instructions afin répondre à la question posée ; (iii) lire des fichiers de données massifs et écrire les résultats son analyse dans un autre fichier ; (iv) transformer ses données des graphiques simples, et ainsi obtenir une première interprétation/évaluation. Ce module d’enseignement permettra donc à n’importe quel futur biologiste, même s’il ne se destine pas à poursuivre dans la bio-informatique, de pouvoir créer des scripts informatiques simples qui lui permettront d’obtenir une première analyse rapide et visuelle à partir d’une grande quantité de données, comme peuvent le générer les nouvelles techniques de séquençage (ou génotypage) à haut débit. Résumé du contenu : · Système d'exploitation Unix et commandes Shell · Langage de programmation Python : o Variables simples et conteneurs o Structures conditionnelles et boucles o Lectures et écritures de fichiers o Visualisation de données

          Volume horaire : 12h de CM - 18h de TP

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        • Introduction à la biologie du développement (3 crédits)

          Code : S01BI4M14Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

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        • Chimie moléculaire du vivant (3 crédits)

          Code : S01CH4M1Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 12h de CM - 10h de TD - 8h de TP

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      • Groupe 5 pour le site de Saint-Charles (choisir 1 UE à 3 ECTS)
        • Introduction à l’immunologie (3 crédits)

          Code : S01BI4M11Langue : Français.

          Contenu : Cette UE initie les étudiants aux bases nécessaires à l’Immunologie. Un historique de la discipline leur sera proposé ainsi que l’organisation anatomique et fonctionnelle du système immunitaire. Plusieurs concepts seront abordés tels que les notions de reconnaissances adaptative et innée, spécificité et diversité des répertoires T et B, les coopérations cellulaires et fonctions effectrices des cellules immunocompétentes. Enfin, les étudiants seront confrontés à des éléments d’immunophysiopathologie et d’immunotechnologie. · Chapitre 1 : Présentation des organes/cellules et la dynamique du système immunitaire Chapitre 2 : Immunité Innée Chapitre 3 : Reconnaissance T et B/ Présentation antigénique du CMH Chapitre 4 : Activation lymphocytaire et régulation de la réponse immune Chapitre 5 : Eléments d’Immunopathologie TD intégration et application de concepts TP : ELISA

          Volume horaire : 16h de CM - 6h de TD - 8h de TP

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        • Biomembranes (3 crédits)

          Code : S01BI4M26Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 12h de CM - 12h de TD - 6h de TP

          Plus d'informations

        • Chimie expérimentale pour la biologie (3 crédits)

          Code : S01CH4M4Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 10h de TD - 20h de TP

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  • UE DE PROFESSIONNALISATION (choisir 1 UE à 3 ECTS)
  • Enseignement supplémentaire S4 ALTER PACES (uniquement site de Luminy)

Semestre 5 SV : Physiologie et génomique fonctionnelle

[ détails ]

  • Langues (3 crédits)

    Code : S01AN5M1Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 30h de TD

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  • Biologie des sens (4 crédits)

    Code : S01BI5E1Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 15h de CM - 20h de TD - 5h de TP

    Plus d'informations

  • Physiologie et physiopathologie digestive et du milieu intérieur (6 crédits)

    Code : S01BI5E2Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 36h de CM - 20h de TD - 4h de TP

    Plus d'informations

  • Phylogénie moléculaire et génomique (4 crédits)

    Code : S01BI5E3Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 6h de CM - 12h de TD - 12h de TP

    Plus d'informations

  • Avancées en biotechnologies 2.0 (6 crédits)

    Code : S01BI5E5Langue : Français.

    Contenu : Cette UE est une UE de découverte du domaine des Biotechnologies, des techniques mis en œuvres et des applications et des secteurs d'application, plus particulièrement dans le secteur de la santé. Dans cette UE, un focus particulier sera fait sur les protéines recombinantes humaines à usage diagnostic ou thérapeutique. Le but est de découvrir et connaitre les systèmes d’expression cellulaires : les bactéries, les levures, les plantes, les cellules d’insectes et de mammifères (caractéristiques, modifications génétiques et cultures cellulaires), les animaux transgéniques et de traiter de leurs avantages et inconvénients. Le domaine de la glycobiologie sera aussi largement abordé. En complément de la connaissance des systèmes d'expression, cette UE étudiera également les techniques qui servent à manipuler les gènes (Extraction ARN, RT-PCR, clonage, transformation de cellules) ainsi que les techniques permettant d'analyser les protéines (électrophorèse, techniques d'immunologie, purification des protéines).

    Volume horaire : 30h de CM - 15h de TD - 15h de TP

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  • Biostatistique (4 crédits)

    Code : S01MA5E4Langue : Français.

    Contenu : A l'issue de cet enseignement, l'étudiant.e sait définir à partir d'un exemple réel une unité statistique, une population d'étude et un échantillon. Il / elle sait définir la variable aléatoire à laquelle sont associées les observations réalisées sur un échantillon et présenter les statistiques descriptives simples et graphiques permettant d'apprécier la position et la dispersion d'un échantillon. Il/elle comprend le principe du test d'hypothèse et sait mettre en œuvre un test statistique simple adapté à partir d'une problématique personnelle ou liée à une autre UE de la formation. · Séquence 1 : statistique descriptive univariée · notion d'observation au travers de quelques exemples, description des types d'observations usuels (qualitatif nominal, ordinal, quantitatif discret, continu) · résumé d'un ensemble de n-observations : paramètres de positions (moyenne, médiane, quantiles, mode), paramètres de dispersions (variance, écart-type, étendue), boxplot ou boîte à moustache · notion de distribution empirique, représentations graphiques (diagrammes, histogrammes) · notion de population et d'échantillon, introduction à l'objectif d'une approche statistique inférentielle ñ Séquence 2 : Introduction aux probabilités ñ notion d'expérience aléatoire et de variable aléatoire associée ñ notion d'événement et d'espace probabilisable. ñ définition d'une probabilité, propriétés associées ñ indépendance de deux événements, probabilité conditionnelle ñ Séquence 3 : Lois de probabilités usuelles ñ lois de probabilité discrètes : définition générale et cas des loi de Bernoulli et binomiale ñ lois de probabilité continues : définition générale et cas de la loi de Laplace – Gauss ou loi normale. ñ illustration de l'approximation de la distribution d'une moyenne empirique par une loi normale. Exemple de la planche de Galton. ñ Séquence 4 : Principe du test statistique ñ théorème central limite et illustration au travers de l'étude de la fluctuation d'une moyenne de n variables aléatoires indépendantes et identiquement distribuées, construction d'un intervalle de fluctuation théorique ñ principe du test statistique au travers du test de la comparaison de 2 moyennes dans le cas des grands échantillons : hypothèses, règle de décision, risque de première et de seconde espèce. ñ Séquence 5 : Principe du test du chi-deux ñ principe du test du chi-deux d'adéquation ñ principe du test du chi-deux d'indépendance vu comme un cas particulier de test d'indépendance ñ Séquence 6 : Introduction au modèle linéaire ñ présentation du problème, notion d'espérance conditionnelle ñ modèle et suppositions associées ñ principe de l'estimation du modèle par la méthode des moindres carrés ñ test de l'hypothèse du modèle nul ñ Séquence 7 révision des six séquences suivant les besoins des étudiant.e.s

    Volume horaire : 12h de CM - 6h de TD - 12h de TP

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  • Choix de Groupes d'option parcours E SEMESTRE 5 (3 crédits)
    • Bioinformatique et génomique (3 crédits)

      Code : S01BI5E6Langue : Français.

      Contenu : Une pédagogique active via une plateforme web : http://annotathon.org/ L’équipe Bioinformatique du département a développé une méthode pédagogique pour l'enseignement de la bioinformatique en Licence. L’idée consiste à proposer aux étudiants d'annoter des séquences issues de projets métagénomiques, en utilisant une plateforme web dédiée (Annotathon). Cette plateforme offre aux étudiants un canevas d'annotation sous forme de champs à renseigner, afin de répondre aux questions : ñ Le fragment d'ADN contient-elle une séquence codante ? ñ Quelle est la fonction potentielle du gène ? ñ Quelle est l'origine taxonomique de cette séquence ? Les étudiants analysent des données réelles. L'utilisation des outils bioinformatique comme ORFfinder, BLAST, Clustal/Muscle, InterproScan, reconstructions phylogénétiques, classification par Gene Ontology sont appris pendant les travaux pratiques à la place des cours ex cathedra. Les étudiants acquièrent la maîtrise de l'interprétation des résultats des analyses et la présentation scientifique de leurs analyses.

      Volume horaire : 10h de CM

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    • Origine de la vie et évolution moléculaire (3 crédits)

      Code : S01BI5E7Langue : Français.

      Contenu : non disponible.

      Volume horaire : 12h de CM - 12h de TD - 6h de TP

      Plus d'informations

    • Module d'adaptation (3 crédits)

      Code : S01BI5E8Langue : Français.

      Contenu : non disponible.

      Volume horaire : 30h de TD

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Semestre 6 SV : Physiologie et génomique fonctionnelle (TE)

[ détails ]

  • Langues (3 crédits)

    Code : S01AN6M1Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 30h de TD

    Plus d'informations

  • Diabètes : exemple de physiologie intégrative (3 crédits)

    Code : S01BI6E10Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

    Plus d'informations

  • STAGE (5 semaines) ou TER (6 crédits)

    description non disponible.

  • Biologie en marche (UE Intégrative) (6 crédits)

    Code : S01BI6E9Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 20h de CM - 20h de TD - 20h de TP

    Plus d'informations

  • Projet personnel et professionnel étudiant 3 (3 crédits)

    Code : S01PP6M1Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 2h de CM - 12h de TD

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  • GROUPE D'OPTIONS POUR LE TELE ENSEIGNEMENT PGF S6 (9 ECTS à choisir)
    • Endocrinologie 3.0 (6 crédits)

      Code : S01BI6E13Langue : Français.

      Contenu : Cette UE s'attachera à exposer le système endocrinien chez l'homme en détaillant les principaux axes endocriniens et leurs régulations neuro-endocrines, ainsi que certaines physiopathologies en relation avec des dérèglements neuroendocrines. Introduction à l’endocrinologie, rappels Le complexe hypothalamo-hypophysaire La reproduction et sa régulation neuroendocrine La fonction thyroïdienne Le contrôle hormonal de l’homéostasie phosphocalcique Le stress et l’axe médullo-cortico-surrénalien La régulation neurohumorale du métabolisme énergétique

      Volume horaire : 30h de CM - 20h de TD - 10h de TP

      Plus d'informations

    • Etho-génomique (6 crédits)

      Code : S01BI6E15Langue : Français.

      Contenu : non disponible.

      Volume horaire : 18h de CM - 32h de TD

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    • Morphogenèse et mort cellulaire régulée (3 crédits)

      Code : S01BI6E19Langue : Français.

      Contenu : non disponible.

      Volume horaire : 15h de CM - 15h de TD

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Option présentielle

Semestre 3 Sciences de la vie

[ détails ]

  • Anglais semestre 3 LIC SV (3 crédits)

    Code : S01AN3M1Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 18h de TD

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  • Biochimie - Réactions cellulaires (6 crédits)

    Code : S01BI3M1Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 34h de CM - 18h de TD - 8h de TP

    Plus d'informations

  • Génétique moléculaire (6 crédits)

    Code : S01BI3M2Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 32h de CM - 28h de TD

    Plus d'informations

  • Interactions et dynamique cellulaires (6 crédits)

    Code : S01BI3M3Langue : Français.

    Contenu : Structure et fonction du cytosquelette (CM, 6h) Composition et rôle de la matrice extracellulaire (CM, 6h) Structure et fonction des molécules d'adhérence (CM, 6h) Communication et signalisation cellulaire (CM, 6h) Méthologie en biologie cellulaire (TD, 10h) Analyse et interprétation de données expériementales (TD, 22h) Marquage in situ et observation en microscopie (TP, 4h)

    Volume horaire : 24h de CM - 32h de TD - 4h de TP

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  • Physiologie des cellules excitables (3 crédits)

    Code : S01BI3M4Langue : Français.

    Contenu : Physiologie des cellules excitables NOTIONS DE THERMODYNAMIQUE L'ORIGINE BIOLOGIQUE LES MEMBRANES BIOLOGIQUES MOUVEMENTS DE MATIERE À TRAVERS LES MEMBRANES BIOLOGIQUES 1. Diffusion 2. Diffusion facilitée 3. Transports actifs 4. Exemples physiologiques V. LE POTENTIEL DE REPOS 1. Diffusion simple des particules chargées 2. Potentiel de repos des cellules animales VI. VARIATIONS DU POTENTIEL DE MEMBRANE 1. Flux ioniques et courants ioniques 2. Circuit équivalent de la membrane 3. Rôles physiologiques des potentiel membranaires VII. LES CELLULES EXCITABLES 1. Définition et propriétés 2. Retour sur les propriétés passives des cellules 3. Le potentiel d’action 4. Propriétés des canaux ioniques potentiel-dépendants 5. Propagation de l'influx nerveux 6. Diversité des potentiels d’action

    Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

    Plus d'informations

  • Spectroscopie, microscopie et imagerie (3 crédits)

    Code : S01BI3M5Langue : Français.

    Contenu : Absorption, fluorescence  : La première partie du cours concerne l’enseignement des principes d’interaction du rayonnement électromagnétique (onde, photon) avec la matière en se focalisant sur les phénomènes d’absorption et de fluorescence de la lumière dans le domaine UV/VIS par des biomolécules (protéine, ADN, chromophores biologiques) et des fluorochromes. Cet enseignement permettra aux étudiants de mieux apprécier les techniques analytiques de biochimie et de biologie cellulaire utilisant la lumière comme sonde. Microscopie et Imagerie : La deuxième partie du cours mettra en relation les techniques de microscopie optique avec les techniques d’analyse d’image pour pouvoir analyser la localisation cellulaire des biomolécules et de mettre en évidence des interactions intra- et intercellulaires. Cet enseignement vise à sensibiliser les étudiants aux possibilités de ces techniques modernes et à leurs applications pour la biologie cellulaire. TP d’absorption UV-VIS : L’enseignement en TP sensibilisera les étudiants à la bonne utilisation d’un spectrophotomètre UV/VIS du laboratoire, en appréhendant ses possibilités et limites.

    Volume horaire : 14h de CM - 12h de TD - 4h de TP

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  • Bioinformatique : analyse des séquences (3 crédits)

    Code : S01BI3M7Langue : Français.

    Contenu : Introduction à la bioinformatique Base de données Modèles évolutifs Alignements de paires des séquences Phylogénie Introduction à la bioinformatique Base de données Modèles évolutifs Alignements de paires des séquences Phylogénie

    Volume horaire : 14h de CM - 16h de TP

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  • Enseignement supplémentaire S3 ALTER PACES (uniquement site de Luminy)

Semestre 4 Sciences de la vie

[ détails ]

  • Anglais semestre 4 LIC SV (3 crédits)

    Code : S01AN4M2Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 18h de TD

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  • Métabolisme et bioénergétique (3 crédits)

    Code : S01BI4M6Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

    Plus d'informations

  • Exploration multidisciplinaire d'une question biologique (3 crédits)

    Code : S01BI4M8Langue : Français.

    Contenu : Dans le cadre de cet enseignement, les étudiants travailleront par groupe de cinq sur une thématique scientifique via la recherche et l'analyse de documents scientifiques. L'enseignement se basera sur le développement d'une pédagogie active et participative où les enseignants auront pour rôle de guider les étudiants dans un projet d'étude sans dispenser de cours. Durant leurs travaux, les étudiants utiliseront l’ensemble des connaissances acquises aux S1, S2 et S3 et pourront comprendre comment, par des disciplines et approches diverses et complémentaires, il est possible de répondre à une question biologique. En fin d’enseignement, les étudiants présenteront un diaporama. Ce dernier exposera la problématique de leur sujet d’étude, les méthodes mise en œuvre dans ce cadre, les grands résultats obtenus ces dernières années et enfin les perspectives, potentielles applications et enjeux sociétaux liés à leur sujet.

    Volume horaire : 30h de TD

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  • GROUPE D'OPTIONS A CHOIX SELON LES SITES POUR LE SEMESTRE 4 (18 crédits)
    • CHOIX D'OPTIONS POSSIBLES SUR LE SITE D’AIX (18 crédits)
      • Introduction à la microbiologie (3 crédits)

        Code : S01BI4M10Langue : Français.

        Contenu : Les cours initient les étudiants à la microbiologie en leur apportant les notions de base sur les différents microorganismes procaryotes et eucaryotes, et leurs méthodes d'étude. Des exemples d'adaptation cellulaire et moléculaire (environnement terrestre-aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes) seront choisis pour illustrer la diversité du monde microbien. Plan du cours chapitre 1 : Histoire de la microbiologie et définition de la discipline chapitre 2 : Présentation des micro-organismes (procaryotes et eucaryotes) chapitre 3 : Biologie cellulaire procaryote (bactéries et archées) et méthodes d'étude chapitre 4 : Introduction à la diversité du monde microbien : environnements terrestre et aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes

        Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

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      • Contraintes physiques imposées aux grandes fonctions (3 crédits)

        Code : S01BI4M23Langue : Français.

        Contenu : ñ Chapitre 1 : Cardiocirculatoire (6h CM ; 2h TD) : Les bases de l’automatisme et de la contraction cardiaque ; l’écoulement du sang dans les vaisseaux et la vasomotricité ; les échanges entre les capillaires et le milieu interstitiel. Applications aux pathologies. Contraintes physiques posées aux régulations. ñ Chapitre 2 : Respiratoire (6h CM ; 2h TD) : Gaz parfaits, mécanique ventilatoire ; les échanges alvéolocapillaires, transport des gaz dans le sang. Applications aux pathologies. Contraintes physiques posées aux régulations. ñ Chapitre 3 : Rénal (6h CM ; 2h TD) : Filtration glomérulaire ; les échanges tubulaires ; concentration et dilution de l’urine. Applications aux pathologies. Contraintes physiques posées aux régulations. ñ Chapitre 4 : Echanges thermiques (4h CM ; 2h TD) : Les compartiments thermiques ; échanges par conduction, par convection, par rayonnement ; évaporation. Applications aux pathologies. Contraintes physiques posées aux régulations.

        Volume horaire : 22h de CM - 8h de TD

        Plus d'informations

      • TP intégrés et analyses statistiques des données (6 crédits)

        Code : S01BI4M9Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 2h de CM - 20h de TD - 38h de TP

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      • Mécanismes réactionnels (3 crédits)

        Code : S01CH4M2Langue : Français.

        Contenu : Seront présentés dans ce module les différents types de mécanismes réactionnels de la chimie organique et leur implication en biologie.

        Volume horaire : 14h de CM - 16h de TD

        Plus d'informations

      • GROUPE D'OPTIONS D'AIX (choisir 1 UE à 3 ECTS)
        • Histologie et développement précoce (3 crédits)

          Code : S01BI4M22Langue : Français.

          Contenu : CM (16h) : Du zygote aux 3 feuillets embryonnaires / Neurulation et devenir des 3 feuillets (4h). Histologie des épithéliums (de revêtement et glandulaires), des tissus conjonctifs (tissus conjonctifs lâches, tissus conjonctifs denses, tissu cartilagineux, tissu osseux, tissu sanguin), des tissus musculaires (strié, lisse, cardiaque) et du tissu nerveux (12h) TD (4h) : Développement de l'oeuf de batracien (segmentation, gastrulation, neurulation) et développement de l'oeuf de poule (présentation succincte et comparaison avec le développement de batracien) TP (10h) : les 2 premiers TP (2 x3h) feront l’objet d’identification au microscope optique des différents tissus décrits en cours magistraux. Le 3ème TP (4h) fera l'objet d'ateliers au cours desquels les étudiants réaliseront : i) des coupes de tissus à l'aide de microtomes (à congélation et à paraffine), ii) des colorations histologiques de ces coupes suivies de montage entre lame et lamelle, iii) l'analyse au microscope optique des tissus colorés

          Volume horaire : 16h de CM - 4h de TD - 10h de TP

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        • Chiralité, stéréochimie et grandes fonctions chimiques (3 crédits)

          Code : S01CH4M3Langue : Français.

          Contenu : Grandes fonctions de la chimie organique et plus spécifiquement les molécules du vivant. Chiralité : définir les termes relatifs à la chiralité, repérer les éléments de symétrie au sein d’une structure Stéréochimie : déterminer les descripteurs stéréochimiques, représenter l’ensemble des stéréomères d’une molécule… Propriétés physiques et chimiques des énantiomères et des diastéréomères et méthodes d’analyse de molécules chirales.

          Volume horaire : 14h de CM - 16h de TD

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    • LISTE DES UE POUR L'ENSEIGNEMENT A DISTANCE (18 crédits)
      • Introduction à la microbiologie (3 crédits)

        Code : S01BI4M10Langue : Français.

        Contenu : Les cours initient les étudiants à la microbiologie en leur apportant les notions de base sur les différents microorganismes procaryotes et eucaryotes, et leurs méthodes d'étude. Des exemples d'adaptation cellulaire et moléculaire (environnement terrestre-aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes) seront choisis pour illustrer la diversité du monde microbien. Plan du cours chapitre 1 : Histoire de la microbiologie et définition de la discipline chapitre 2 : Présentation des micro-organismes (procaryotes et eucaryotes) chapitre 3 : Biologie cellulaire procaryote (bactéries et archées) et méthodes d'étude chapitre 4 : Introduction à la diversité du monde microbien : environnements terrestre et aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes

        Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

        Plus d'informations

      • Introduction à la biologie du développement (3 crédits)

        Code : S01BI4M14Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

        Plus d'informations

      • Physiologie (6 crédits)

        Code : S01BI4M15Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 36h de CM - 12h de TD - 12h de TP

        Plus d'informations

      • Organismes et évolution 1 (3 crédits)

        Code : S01BI4M16Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 3h de CM - 12h de TD - 15h de TP

        Plus d'informations

      • Organismes et évolution 2 (3 crédits)

        Code : S01BI4M25Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 3h de CM - 12h de TD - 15h de TP

        Plus d'informations

    • CHOIX D'OPTIONS POSSIBLES POUR LE SITE DE LUMINY (18 crédits)
      • TP intégrés et analyses statistiques des données (6 crédits)

        Code : S01BI4M9Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 2h de CM - 20h de TD - 38h de TP

        Plus d'informations

      • Groupe 1 pour le site de Luminy (choisir 1 UE à 3 ECTS)
      • Groupe 2 pour le site de Luminy (choisir 1 UE à 3 ECTS)
        • Introduction à la microbiologie (3 crédits)

          Code : S01BI4M10Langue : Français.

          Contenu : Les cours initient les étudiants à la microbiologie en leur apportant les notions de base sur les différents microorganismes procaryotes et eucaryotes, et leurs méthodes d'étude. Des exemples d'adaptation cellulaire et moléculaire (environnement terrestre-aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes) seront choisis pour illustrer la diversité du monde microbien. Plan du cours chapitre 1 : Histoire de la microbiologie et définition de la discipline chapitre 2 : Présentation des micro-organismes (procaryotes et eucaryotes) chapitre 3 : Biologie cellulaire procaryote (bactéries et archées) et méthodes d'étude chapitre 4 : Introduction à la diversité du monde microbien : environnements terrestre et aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes

          Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

          Plus d'informations

        • Physiologie du comportement alimentaire (3 crédits)

          Code : S01BI4M24Langue : Français.

          Contenu : La régulation de la prise de nourriture est un processus physiologique complexe qui fait intervenir un dialogue entre le système nerveux et les organes périphériques (pancréas, tissu adipeux…). Cette communication est à la fois de type nerveuse et endocrine (hormones et glandes). Lors de ces enseignements, il sera donc vu en détail comment notre système nerveux en intégrant l'ensemble de ces signaux permet le maintien de notre poids corporel en régulant finement notre comportement alimentaire. Dans une deuxième partie des enseignements, il sera également abordé l'impact de nos émotions, des facteurs sociaux ou encore sensoriels sur notre comportement alimentaire. En effet, ces facteurs cognitifs et émotionnels constituent également un aspect essentiel dans notre manière de manger et seront également intégrés et traités par le système nerveux. Notions abordées : Physiologie, Endocrinologie, Système nerveux, Communication cellulaire, Comportement, Émotion, Cognition. Le titre des enseignements est indiqué ci-dessous. ñ I. La régulation endocrinienne et neuronale du comportement alimentaire (14 h CM) ñ II. Les aspects sensoriels, émotionnels et cognitifs du comportement alimentaire (6 h CM)

          Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

          Plus d'informations

        • De la molécule au médicament (3 crédits)

          Code : S01PA4M20Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 28h de CM - 2h de TD

          Plus d'informations

      • Groupe 3 pour le site de Luminy (choisir 1 UE à 3 ECTS)
      • Groupe 4 pour le site de Luminy (choisir 1 UE à 3 ECTS)
        • Introduction à l’immunologie (3 crédits)

          Code : S01BI4M11Langue : Français.

          Contenu : Cette UE initie les étudiants aux bases nécessaires à l’Immunologie. Un historique de la discipline leur sera proposé ainsi que l’organisation anatomique et fonctionnelle du système immunitaire. Plusieurs concepts seront abordés tels que les notions de reconnaissances adaptative et innée, spécificité et diversité des répertoires T et B, les coopérations cellulaires et fonctions effectrices des cellules immunocompétentes. Enfin, les étudiants seront confrontés à des éléments d’immunophysiopathologie et d’immunotechnologie. · Chapitre 1 : Présentation des organes/cellules et la dynamique du système immunitaire Chapitre 2 : Immunité Innée Chapitre 3 : Reconnaissance T et B/ Présentation antigénique du CMH Chapitre 4 : Activation lymphocytaire et régulation de la réponse immune Chapitre 5 : Eléments d’Immunopathologie TD intégration et application de concepts TP : ELISA

          Volume horaire : 16h de CM - 6h de TD - 8h de TP

          Plus d'informations

        • Introduction à la programmation (3 crédits)

          Code : S01BI4M13Langue : Français.

          Contenu : L’étude des questions biologiques actuelles nécessite l’acquisition de données qui peuvent être massives (jusqu’à plusieurs millions d’observations). La gestion, puis l’analyse de telles données est donc conditionnée à la maîtrise de la programmation informatique. Ce module a d’abord pour objectif de familiariser les étudiants avec un environnement de travail sur ordinateur plutôt dédié à l’analyse scientifique qu’aux différents media, avec la découverte du système Unix (par opposition à Windows). Il sera ensuite temps d’apprendre les bases d’un langage de programmation (Python), l’un des plus utilisé par les biologistes à travers le monde aujourd’hui. L’étudiant apprendra alors à : (i) utiliser les variables informatiques, objets permettant de stocker l’information et de l’interroger ; (ii) structurer son code et organiser ses instructions afin répondre à la question posée ; (iii) lire des fichiers de données massifs et écrire les résultats son analyse dans un autre fichier ; (iv) transformer ses données des graphiques simples, et ainsi obtenir une première interprétation/évaluation. Ce module d’enseignement permettra donc à n’importe quel futur biologiste, même s’il ne se destine pas à poursuivre dans la bio-informatique, de pouvoir créer des scripts informatiques simples qui lui permettront d’obtenir une première analyse rapide et visuelle à partir d’une grande quantité de données, comme peuvent le générer les nouvelles techniques de séquençage (ou génotypage) à haut débit. Résumé du contenu : · Système d'exploitation Unix et commandes Shell · Langage de programmation Python : o Variables simples et conteneurs o Structures conditionnelles et boucles o Lectures et écritures de fichiers o Visualisation de données

          Volume horaire : 12h de CM - 18h de TP

          Plus d'informations

        • Chimie expérimentale pour la biologie (3 crédits)

          Code : S01CH4M4Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 10h de TD - 20h de TP

          Plus d'informations

    • CHOIX D'OPTIONS POSSIBLES POUR LE SITE DE SAINT-CHARLES (18 crédits)
      • Groupe 1 pour le site de Saint-Charles (choisir 1 UE à 6 ECTS)
      • Groupe 2 pour le site de Saint-Charles (choisir 1 UE à 3 ECTS)
        • Découverte des neurosciences (3 crédits)

          Code : S01BI4M12Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 14h de CM - 8h de TD

          Plus d'informations

        • Organismes et évolution 1 (3 crédits)

          Code : S01BI4M16Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 3h de CM - 12h de TD - 15h de TP

          Plus d'informations

        • Ingénierie des protéines (3 crédits)

          Code : S01BI4M19Langue : Français.

          Contenu : L'objectif de cette UE est de présenter les moyens de produire des protéines volontairement modifiées en vue d'applications industrielles et thérapeutiques en mobilisant les connaissances théoriques et techniques multidisciplinaires issues de la recherche fondamentale. 1- Présentation générale de ce qu'est l'ingénierie des protéines et de ses objectifs. 2-Présentation des connaissances et des outils nécessaires (séquences nucléiques et protéiques, données structurales et méthodes de détermination des structures. Eléments fonctionnels des protéines : stabilité, fonction biologique…) 3- Techniques de l'ADN recombinant (clonage, expression, mutagenèse dirigée et aléatoire, criblage et sélection). 4- Modification des protéines autrement que par génie génétique. 5-Etude d'exemples de programme d'ingénierie des protéines (objectifs, méthodologies, modélisation de mutants ponctuels) illustrant la diversité des champs d'application industriels ou thérapeutiques.

          Volume horaire : 12h de CM - 8h de TD - 10h de TP

          Plus d'informations

      • Groupe 3 pour le site de Saint-Charles (choisir 1 UE à 3 ECTS)
        • Introduction à la microbiologie (3 crédits)

          Code : S01BI4M10Langue : Français.

          Contenu : Les cours initient les étudiants à la microbiologie en leur apportant les notions de base sur les différents microorganismes procaryotes et eucaryotes, et leurs méthodes d'étude. Des exemples d'adaptation cellulaire et moléculaire (environnement terrestre-aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes) seront choisis pour illustrer la diversité du monde microbien. Plan du cours chapitre 1 : Histoire de la microbiologie et définition de la discipline chapitre 2 : Présentation des micro-organismes (procaryotes et eucaryotes) chapitre 3 : Biologie cellulaire procaryote (bactéries et archées) et méthodes d'étude chapitre 4 : Introduction à la diversité du monde microbien : environnements terrestre et aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes

          Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

          Plus d'informations

        • Gastronomie moléculaire (3 crédits)

          Code : S01BI4M18Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 6h de CM - 12h de TD - 8h de TP

          Plus d'informations

        • Physiologie du comportement alimentaire (3 crédits)

          Code : S01BI4M24Langue : Français.

          Contenu : La régulation de la prise de nourriture est un processus physiologique complexe qui fait intervenir un dialogue entre le système nerveux et les organes périphériques (pancréas, tissu adipeux…). Cette communication est à la fois de type nerveuse et endocrine (hormones et glandes). Lors de ces enseignements, il sera donc vu en détail comment notre système nerveux en intégrant l'ensemble de ces signaux permet le maintien de notre poids corporel en régulant finement notre comportement alimentaire. Dans une deuxième partie des enseignements, il sera également abordé l'impact de nos émotions, des facteurs sociaux ou encore sensoriels sur notre comportement alimentaire. En effet, ces facteurs cognitifs et émotionnels constituent également un aspect essentiel dans notre manière de manger et seront également intégrés et traités par le système nerveux. Notions abordées : Physiologie, Endocrinologie, Système nerveux, Communication cellulaire, Comportement, Émotion, Cognition. Le titre des enseignements est indiqué ci-dessous. ñ I. La régulation endocrinienne et neuronale du comportement alimentaire (14 h CM) ñ II. Les aspects sensoriels, émotionnels et cognitifs du comportement alimentaire (6 h CM)

          Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

          Plus d'informations

        • Organismes et évolution 2 (3 crédits)

          Code : S01BI4M25Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 3h de CM - 12h de TD - 15h de TP

          Plus d'informations

      • Groupe 4 option Saint-Charles Semestre 4 LIC SV (3 ECTS à choisir)
        • Introduction à la programmation (3 crédits)

          Code : S01BI4M13Langue : Français.

          Contenu : L’étude des questions biologiques actuelles nécessite l’acquisition de données qui peuvent être massives (jusqu’à plusieurs millions d’observations). La gestion, puis l’analyse de telles données est donc conditionnée à la maîtrise de la programmation informatique. Ce module a d’abord pour objectif de familiariser les étudiants avec un environnement de travail sur ordinateur plutôt dédié à l’analyse scientifique qu’aux différents media, avec la découverte du système Unix (par opposition à Windows). Il sera ensuite temps d’apprendre les bases d’un langage de programmation (Python), l’un des plus utilisé par les biologistes à travers le monde aujourd’hui. L’étudiant apprendra alors à : (i) utiliser les variables informatiques, objets permettant de stocker l’information et de l’interroger ; (ii) structurer son code et organiser ses instructions afin répondre à la question posée ; (iii) lire des fichiers de données massifs et écrire les résultats son analyse dans un autre fichier ; (iv) transformer ses données des graphiques simples, et ainsi obtenir une première interprétation/évaluation. Ce module d’enseignement permettra donc à n’importe quel futur biologiste, même s’il ne se destine pas à poursuivre dans la bio-informatique, de pouvoir créer des scripts informatiques simples qui lui permettront d’obtenir une première analyse rapide et visuelle à partir d’une grande quantité de données, comme peuvent le générer les nouvelles techniques de séquençage (ou génotypage) à haut débit. Résumé du contenu : · Système d'exploitation Unix et commandes Shell · Langage de programmation Python : o Variables simples et conteneurs o Structures conditionnelles et boucles o Lectures et écritures de fichiers o Visualisation de données

          Volume horaire : 12h de CM - 18h de TP

          Plus d'informations

        • Introduction à la biologie du développement (3 crédits)

          Code : S01BI4M14Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

          Plus d'informations

        • Chimie moléculaire du vivant (3 crédits)

          Code : S01CH4M1Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 12h de CM - 10h de TD - 8h de TP

          Plus d'informations

      • Groupe 5 pour le site de Saint-Charles (choisir 1 UE à 3 ECTS)
        • Introduction à l’immunologie (3 crédits)

          Code : S01BI4M11Langue : Français.

          Contenu : Cette UE initie les étudiants aux bases nécessaires à l’Immunologie. Un historique de la discipline leur sera proposé ainsi que l’organisation anatomique et fonctionnelle du système immunitaire. Plusieurs concepts seront abordés tels que les notions de reconnaissances adaptative et innée, spécificité et diversité des répertoires T et B, les coopérations cellulaires et fonctions effectrices des cellules immunocompétentes. Enfin, les étudiants seront confrontés à des éléments d’immunophysiopathologie et d’immunotechnologie. · Chapitre 1 : Présentation des organes/cellules et la dynamique du système immunitaire Chapitre 2 : Immunité Innée Chapitre 3 : Reconnaissance T et B/ Présentation antigénique du CMH Chapitre 4 : Activation lymphocytaire et régulation de la réponse immune Chapitre 5 : Eléments d’Immunopathologie TD intégration et application de concepts TP : ELISA

          Volume horaire : 16h de CM - 6h de TD - 8h de TP

          Plus d'informations

        • Biomembranes (3 crédits)

          Code : S01BI4M26Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 12h de CM - 12h de TD - 6h de TP

          Plus d'informations

        • Chimie expérimentale pour la biologie (3 crédits)

          Code : S01CH4M4Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 10h de TD - 20h de TP

          Plus d'informations

  • UE DE PROFESSIONNALISATION (choisir 1 UE à 3 ECTS)
  • Enseignement supplémentaire S4 ALTER PACES (uniquement site de Luminy)

Semestre 5 SV : Physiologie et génomique fonctionnelle

[ détails ]

  • Langues (3 crédits)

    Code : S01AN5M1Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 30h de TD

    Plus d'informations

  • Biologie des sens (4 crédits)

    Code : S01BI5E1Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 15h de CM - 20h de TD - 5h de TP

    Plus d'informations

  • Physiologie et physiopathologie digestive et du milieu intérieur (6 crédits)

    Code : S01BI5E2Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 36h de CM - 20h de TD - 4h de TP

    Plus d'informations

  • Phylogénie moléculaire et génomique (4 crédits)

    Code : S01BI5E3Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 6h de CM - 12h de TD - 12h de TP

    Plus d'informations

  • Avancées en biotechnologies 2.0 (6 crédits)

    Code : S01BI5E5Langue : Français.

    Contenu : Cette UE est une UE de découverte du domaine des Biotechnologies, des techniques mis en œuvres et des applications et des secteurs d'application, plus particulièrement dans le secteur de la santé. Dans cette UE, un focus particulier sera fait sur les protéines recombinantes humaines à usage diagnostic ou thérapeutique. Le but est de découvrir et connaitre les systèmes d’expression cellulaires : les bactéries, les levures, les plantes, les cellules d’insectes et de mammifères (caractéristiques, modifications génétiques et cultures cellulaires), les animaux transgéniques et de traiter de leurs avantages et inconvénients. Le domaine de la glycobiologie sera aussi largement abordé. En complément de la connaissance des systèmes d'expression, cette UE étudiera également les techniques qui servent à manipuler les gènes (Extraction ARN, RT-PCR, clonage, transformation de cellules) ainsi que les techniques permettant d'analyser les protéines (électrophorèse, techniques d'immunologie, purification des protéines).

    Volume horaire : 30h de CM - 15h de TD - 15h de TP

    Plus d'informations

  • Biostatistique (4 crédits)

    Code : S01MA5E4Langue : Français.

    Contenu : A l'issue de cet enseignement, l'étudiant.e sait définir à partir d'un exemple réel une unité statistique, une population d'étude et un échantillon. Il / elle sait définir la variable aléatoire à laquelle sont associées les observations réalisées sur un échantillon et présenter les statistiques descriptives simples et graphiques permettant d'apprécier la position et la dispersion d'un échantillon. Il/elle comprend le principe du test d'hypothèse et sait mettre en œuvre un test statistique simple adapté à partir d'une problématique personnelle ou liée à une autre UE de la formation. · Séquence 1 : statistique descriptive univariée · notion d'observation au travers de quelques exemples, description des types d'observations usuels (qualitatif nominal, ordinal, quantitatif discret, continu) · résumé d'un ensemble de n-observations : paramètres de positions (moyenne, médiane, quantiles, mode), paramètres de dispersions (variance, écart-type, étendue), boxplot ou boîte à moustache · notion de distribution empirique, représentations graphiques (diagrammes, histogrammes) · notion de population et d'échantillon, introduction à l'objectif d'une approche statistique inférentielle ñ Séquence 2 : Introduction aux probabilités ñ notion d'expérience aléatoire et de variable aléatoire associée ñ notion d'événement et d'espace probabilisable. ñ définition d'une probabilité, propriétés associées ñ indépendance de deux événements, probabilité conditionnelle ñ Séquence 3 : Lois de probabilités usuelles ñ lois de probabilité discrètes : définition générale et cas des loi de Bernoulli et binomiale ñ lois de probabilité continues : définition générale et cas de la loi de Laplace – Gauss ou loi normale. ñ illustration de l'approximation de la distribution d'une moyenne empirique par une loi normale. Exemple de la planche de Galton. ñ Séquence 4 : Principe du test statistique ñ théorème central limite et illustration au travers de l'étude de la fluctuation d'une moyenne de n variables aléatoires indépendantes et identiquement distribuées, construction d'un intervalle de fluctuation théorique ñ principe du test statistique au travers du test de la comparaison de 2 moyennes dans le cas des grands échantillons : hypothèses, règle de décision, risque de première et de seconde espèce. ñ Séquence 5 : Principe du test du chi-deux ñ principe du test du chi-deux d'adéquation ñ principe du test du chi-deux d'indépendance vu comme un cas particulier de test d'indépendance ñ Séquence 6 : Introduction au modèle linéaire ñ présentation du problème, notion d'espérance conditionnelle ñ modèle et suppositions associées ñ principe de l'estimation du modèle par la méthode des moindres carrés ñ test de l'hypothèse du modèle nul ñ Séquence 7 révision des six séquences suivant les besoins des étudiant.e.s

    Volume horaire : 12h de CM - 6h de TD - 12h de TP

    Plus d'informations

  • Choix de Groupes d'option parcours E SEMESTRE 5 (3 crédits)
    • Bioinformatique et génomique (3 crédits)

      Code : S01BI5E6Langue : Français.

      Contenu : Une pédagogique active via une plateforme web : http://annotathon.org/ L’équipe Bioinformatique du département a développé une méthode pédagogique pour l'enseignement de la bioinformatique en Licence. L’idée consiste à proposer aux étudiants d'annoter des séquences issues de projets métagénomiques, en utilisant une plateforme web dédiée (Annotathon). Cette plateforme offre aux étudiants un canevas d'annotation sous forme de champs à renseigner, afin de répondre aux questions : ñ Le fragment d'ADN contient-elle une séquence codante ? ñ Quelle est la fonction potentielle du gène ? ñ Quelle est l'origine taxonomique de cette séquence ? Les étudiants analysent des données réelles. L'utilisation des outils bioinformatique comme ORFfinder, BLAST, Clustal/Muscle, InterproScan, reconstructions phylogénétiques, classification par Gene Ontology sont appris pendant les travaux pratiques à la place des cours ex cathedra. Les étudiants acquièrent la maîtrise de l'interprétation des résultats des analyses et la présentation scientifique de leurs analyses.

      Volume horaire : 10h de CM

      Plus d'informations

    • Origine de la vie et évolution moléculaire (3 crédits)

      Code : S01BI5E7Langue : Français.

      Contenu : non disponible.

      Volume horaire : 12h de CM - 12h de TD - 6h de TP

      Plus d'informations

    • Module d'adaptation (3 crédits)

      Code : S01BI5E8Langue : Français.

      Contenu : non disponible.

      Volume horaire : 30h de TD

      Plus d'informations

Semestre 6 SV : Physio & génomique fonctionnelle (PE)

[ détails ]

  • Langues (3 crédits)

    Code : S01AN6M1Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 30h de TD

    Plus d'informations

  • Diabètes : exemple de physiologie intégrative (3 crédits)

    Code : S01BI6E10Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

    Plus d'informations

  • STAGE (5 semaines) ou TER (6 crédits)

    description non disponible.

  • Biologie en marche (UE Intégrative) (6 crédits)

    Code : S01BI6E9Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 20h de CM - 20h de TD - 20h de TP

    Plus d'informations

  • Choix entre UE PROMEEF3 et PPPE S6 Parcours E (3 crédits)
  • Choix de Groupes d'option parcours E SEMESTRE 6 (9 crédits)
    • liste 1 d'option parcours E SEMESTRE 6 (9 crédits)
      • Ateliers de physio-pathologies (3 crédits)

        Code : S01BI6E12Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 12h de CM - 18h de TD

        Plus d'informations

      • Endocrinologie 3.0 (6 crédits)

        Code : S01BI6E13Langue : Français.

        Contenu : Cette UE s'attachera à exposer le système endocrinien chez l'homme en détaillant les principaux axes endocriniens et leurs régulations neuro-endocrines, ainsi que certaines physiopathologies en relation avec des dérèglements neuroendocrines. Introduction à l’endocrinologie, rappels Le complexe hypothalamo-hypophysaire La reproduction et sa régulation neuroendocrine La fonction thyroïdienne Le contrôle hormonal de l’homéostasie phosphocalcique Le stress et l’axe médullo-cortico-surrénalien La régulation neurohumorale du métabolisme énergétique

        Volume horaire : 30h de CM - 20h de TD - 10h de TP

        Plus d'informations

    • Liste 2 d'option parcours E SEMESTRE 6 (9 crédits)
    • Liste 3 d'option parcours E SEMESTRE 6 (9 crédits)
      • Ecogénomique (6 crédits)

        Code : S01BI6E16Langue : Français.

        Contenu : La recherche utilise de plus en plus les méthodes de séquençage à haut débit pour estimer la biodiversité dans différents types d’environnement (milieu aquatique, terrestre, intestin etc…). Ces méthodes permettent d’identifier la diversité génétique d’une communauté à partir d’un gène marqueur universel (c’est ce que l’on appelle le « metabarcoding »). Ces technologies sont d’une grande importance en biologie puisque la description in extenso d'assemblages d’espèces permet d’identifier des régimes alimentaires, des microbiotes, des communautés de parasites, de détecter des perturbations environnementales etc. La chute rapide des coûts du séquençage d'ADN associé à la miniaturisation des séquenceurs annoncent une démocratisation de ces approches tant dans les laboratoires que dans la vie courante. Nous proposons dans cette unité d’initier les étudiants à cette approche de metabarcoding. Ils devront acquérir leurs propres données et être capable de les analyser. Le but est de montrer aux étudiants les avantages que présentent cette nouvelle technologie dans la connaissance et la compréhension du monde vivant, ainsi que de faire prendre conscience des limites techniques et des enjeux sociétaux de ces technologies. Contenus : ñ TP expérimental à la paillasse permettant aux étudiants d’acquérir des données : amplifications de barcodes par PCR, création des banques Illumina, séquençage. ñ Traitement des données in silico : Gestions de grandes quantités des données. Contrôle de la qualité des séquences générées (reads), filtrage des artefacts et des contaminations. ñ Analyse des résultats : Comparaison des réplicas, des échantillons. Analyses de témoins positifs pour comprendre des limites et les avantages des méthodes utilisées. Rédaction d'un rapport sous la forme d'un article scientifique.

        Volume horaire : 50h de TP

        Plus d'informations

      • Fouille de données omics (3 crédits)

        Code : S01BI6E17ALangue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 6h de CM - 24h de TP

        Plus d'informations

    • Liste 4 d'option parcours E SEMESTRE 6 (9 crédits)

Informations diverses

Secrétariat pédagogique :

Modalités d'inscription

Les inscriptions se font via la scolarité de l’UFR Sciences (FDS) et sont ouvertes à tout bachelier de niveau BAC +2 ou BTS ou DUT ou CPGE issu d’un domaine compatible avec le parcours.