La recherche utilise de plus en plus les méthodes de séquençage à haut débit pour estimer la biodiversité dans différents types d’environnement (milieu aquatique, terrestre, intestin etc…). Ces méthodes permettent d’identifier la diversité génétique d’une communauté à partir d’un gène marqueur universel (c’est ce que l’on appelle le « metabarcoding »). Ces technologies sont d’une grande importance en biologie puisque la description in extenso d'assemblages d’espèces permet d’identifier des régimes alimentaires, des microbiotes, des communautés de parasites, de détecter des perturbations environnementales etc. La chute rapide des coûts du séquençage d'ADN associé à la miniaturisation des séquenceurs annoncent une démocratisation de ces approches tant dans les laboratoires que dans la vie courante.
Nous proposons dans cette unité d’initier les étudiants à cette approche de metabarcoding. Ils devront acquérir leurs propres données et être capable de les analyser. Le but est de montrer aux étudiants les avantages que présentent cette nouvelle technologie dans la connaissance et la compréhension du monde vivant, ainsi que de faire prendre conscience des limites techniques et des enjeux sociétaux de ces technologies.
Contenus :
ñ TP expérimental à la paillasse permettant aux étudiants d’acquérir des données: amplifications de barcodes par PCR, création des banques Illumina, séquençage.
ñ Traitement des données in silico : Gestions de grandes quantités des données. Contrôle de la qualité des séquences générées (reads), filtrage des artefacts et des contaminations.
ñ Analyse des résultats : Comparaison des réplicas, des échantillons. Analyses de témoins positifs pour comprendre des limites et les avantages des méthodes utilisées.
Rédaction d'un rapport sous la forme d'un article scientifique.