AccueilLicence généraleSciences de la vie et de la TerreBiodiversité et écologie

Licence Sciences de la vie et de la TerreParcours type : Biodiversité et écologie

Objectifs

image externe

Le parcours Biodiversité et écologie dispense des enseignements relatifs à la biologie des organismes et à l'écologie descriptive et fonctionnelle. Ces deux disciplines permettent aux étudiants d'appréhender les interactions des organismes avec leur milieu en prenant en compte l'analyse et la remédiation des perturbations naturelles et anthropiques. Il offre une diversité d'unités d'enseignement d'écologie tant fondamentales qu'appliquées et complémentaires.

Le parcours BIOECO forme de futurs écologues à un niveau technicien et prépare principalement à une poursuite d’étude en master dans les domaines de l’écologie, de la biodiversité et de l’évolution.

Formation et recherche

Au cours des trois années, les étudiants pourront participer à des stages en laboratoire de recherche. Ces stages à caractère professionnalisant permettent également de sensibiliser l’étudiant au monde de la recherche, l’invitant à poursuivre leurs études dans cette voie.

Les enseignants-chercheurs du parcours BIOECO effectuent principalement leurs activités de recherche au sein du laboratoire IMBE – Institut méditerranéen de biodiversité et d’écologie marine et continentale– d’Aix–Marseille université.

Pré-requis obligatoires

Le parcours BIOECO est ouvert à tout étudiant de L1 – ayant acquis les 60 ECTS – du portail Louis Pasteur d’Aix–Marseille université. Pour les étudiants issus des autres universités, d’autres parcours – BTS, DUT, licences pro, CPGE, d’autres cursus ou pour les étudiants étrangers, un examen des compétences acquises sera fait à la lecture du dossier de candidature par une commission pédagogique.

Pré-requis recommandés

Connaissances du monde vivant, bases de biologie cellulaire, biologie moléculaire, et de chimie.

Régimes d'inscription

Cette formation est accessible en

Formation initiale

Le parcours BIOECO est ouvert à tous les étudiants issus du portail Louis Pasteur d’Aix–Marseille université ou de licence 1 SVT ou SV d’autres universités. Il est également ouvert sur dossier aux étudiants de BTS GPN, d’IUT, de licences pro ou de divers cursus, souhaitant se réorienter vers les domaines de écologie et de la biodiversité.

Formation continue

Compétences visées

Les compétences acquises par les étudiants sont à la fois théoriques – connaissance de la structure des écosystèmes, de la faune et de la flore, des mécanismes de dégradations des milieux naturels et de leur restauration – et pratiques. Au terme de ce parcours de la licence SVT, les étudiants seront en capacité

  1. d’analyser des documents scientifiques, y compris en langue anglaise ;
  2. de rédiger en groupe ou de façon individuelle des comptes-rendus et rapport de cas d’étude ;
  3. de faire un diagnostic de la diversité des organismes actuels et passés à différentes échelles (des gènes aux communautés) et analyser les interactions entre les êtres vivants et leurs environnements en utilisant des outils spécifiques dans le milieu naturel ou au laboratoire ;
  4. de développer une démarche scientifique pour répondre à un questionnement par l'observation méthodique d'objets naturels sur le terrain ou au laboratoire, et par le traitement et l’interprétation critique des données.

Métiers visés

Codes ROME :

Spécialité de formation (code NSF) :

  • 113g : Sciences (biologie-géologie) de l'environnement, des écosystèmes

Stages et projets encadrés

Deux semaines de stage sont prévues en options de 3ème année, auxquelles l’étudiant peut ajouter des semaines de stages facultatifs.

Volume des enseignements

  • Cours magistraux : 535 heures
  • Travaux dirigés : 318 heures
  • Travaux pratiques : 303 heures
  • Stage : 2 semaines

Enseignements délocalisés

  • Les enseignements de L2 sont dispensés sur deux sites : Aix-Montperrin et Marseille Saint-Jérôme
  • Les enseignements de L3 sont uniquement dispensés au site de Marseille Saint-Jérôme

Modalités pédagogiques particulières

Les cours magistraux sont illustrés par des études de cas menées sous forme de travaux dirigés, travaux pratiques et sorties de terrain (98 h). L'acquisition des compétences est évaluée au travers de contrôles continus, de partiels, de comptes-rendus de travaux pratiques, de sorties de terrain, de présentations orales ou écrites (poster).

L'évaluation des compétences s’effectue quant à elle tout au long du cursus à travers un e-portfolio évalué et validé à la fin de la troisième année.

Semestre 3 Biodiversité et écologie

[ détails ]

  • Anglais 1 – Français (3 crédits)

    Code : S12AN3I2Langue : Français.

    Contenu : Manipulation des structures de base de la langue Compréhension d'un bref document authentique, écrit ou audio Prise de parole de façon spontanée sur un sujet d’actualité Expression d'une opinion par écrit Lexique scientifique de base

    Volume horaire : 28h de TD

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  • Génétique (6 crédits)

    Code : S12BE3BE1Langue : Français.

    Contenu : Cette UE a pour objectif d’approfondir des mécanismes moléculaires liés à la notion du gène en lien avec tous les réseaux de régulation de son expression et de détailler certaines techniques d'analyse du polymorphisme génétique pour différents organismes vivants. Les grands thèmes sont : Notion de gènes nucléaire, mitochondrial et chloroplastique en lien avec la réplication, transcription, traduction et régulation. Implications de l'épigénétique dans la notion de gènes. Génie génétique et Méthodologie d'analyses du polymorphisme génétique. Méthodologies microbiennes. Génétique mendélienne et tous ses dérivés. Bases génétiques des maladies humaines. Notion de gènes nucléaire, mitochondrial et chloroplastique en lien avec la réplication, transcription, traduction et régulation. Cours (40 h)  : 1-Notion de gènes nucléaire, mitochondrial et chloroplastique en lien avec la réplication, transcription, traduction et régulation, 2- Implications de l'épigénétique dans la notion de gènes, 3- Génie génétique et Méthodologie d'analyses du polymorphisme génétique, 4- Méthodologies microbiennes, 5- Génétique mendélienne et tous ses dérivés, 6- Bases génétiques des maladies humaines. Travaux dirigés (20 h)  : 1-Notion de gènes nucléaire, mitochondrial et chloroplastique en lien avec la réplication, transcription, traduction et régulation, 2- Génie génétique et Méthodologie d'analyses du polymorphisme génétique, 3- Génétique mendélienne et tous ses dérivés, 4- Bases génétiques des maladies humaines.

    Volume horaire : 40h de CM - 20h de TD

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  • Écologie 1 (6 crédits)

    Code : S12BE3BE2Langue : Français.

    Contenu : Cours : 1– Écologie Globale, Dynamique biosphère, flux d'énergie et de matière dans la biosphère, grandes zones climatiques (9 h). 2– Concepts écologie générale, facteurs écologiques et rôle structurant, structure & organisation des communautés, hétérogénéité spatiale (12 h). 3– Écologie évolutive traits d'histoire de vie (3 h). 4- Facteurs écologiques : édaphiques (3 h). 5- Niche écologique Biogéographie (3h). 6- Écologie évolutive traits d'histoire de vie (3 h). Travaux dirigés  : 1- Facteurs écologiques : facture limitant, 2- Valence écologique (3 h), Facteurs écologiques : historiques (2h), 3- Facteurs écologiques : climatiques (3h), 4- Facteurs écologiques : physico-chimiques (3 h), 5- Facteurs écologiques : édaphiques (2h), 6- Évaluation biodiversité (3 h), 7- Écologie évolutive traits d'histoire de vie (2 h). Travaux pratiques : 1– Hétérogénéité spatiale (3 h). 2– Évaluation biodiversité (3 h). Terrain : Découverte d'écosystèmes et biocénoses, utilisation d'appareillages scientifiques de terrain (6 h).

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  • Physiologie animale et végétale (6 crédits)

    Code : S12BE3BE3Langue : Français.

    Contenu : Cet enseignement apporte des connaissances fondamentales en physiologie animale et végétale. L'objectif de cet enseignement est de permettre aux étudiants de comprendre le rôle, le fonctionnement, l'organisation mécanique, physique et biochimique de ces organismes vivants et de leurs composants (organes, tissus, cellules et organites cellulaires). Cours (41 h) : Physiologie animale 1– Physiologie des invertébrés (9 h). 2– Physiologie des vertébrés - physiologie cardiaque (3 h). 3– Physiologie des vertébrés - physiologie digestive (3 h). 4- Physiologie des vertébrés - Fonction nerveuse, endocrine, immunitaire (6h). Physiologie végétale 5- Physiologie végétale - nutrition hydrique et minérale (4 h). 6- Physiologie végétale - nutrition carbonée (4h), 7- Physiologie végétale - régulateurs de croissance (8 h), 8- Physiologie végétale – germination (4h). Travaux dirigés (7h)  : 1- Physiologie des vertébrés -Fonction nerveuse, endocrine, immunitaire (3 h), 2- Physiologie végétale (4h) Travaux pratiques (12 h) : Physiologie animale 1– Organes des sens (3 h), 2– Respiration-nutrition (3 h), Physiologie Végétale : 1- germination et hormones (3 h), 2- Photosynthèse et pigments (3 h).

    Volume horaire : 41h de CM - 7h de TD - 12h de TP

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  • Évolution des systèmes d'organes (6 crédits)

    Code : S12BE3BE4Langue : Français.

    Contenu : Cette UE présente de manière synthétique les grands types d'organisation des organismes vivants à la fois sous l'angle morpho-anatomique mais également évolutif. Elle développe les connaissances relatives à la structure des organismes, des organes et des tissus au sein des grands phylums. Cours (30 h) et Travaux Pratiques (30 h) : 1- Le monde « végétal », lignées verte et brune : 1- une introduction (5 h), 2- Les tissus végétaux. Mise en place, structure et fonctions (10 h). 3- L'appareil végétatif chez les « algues » : convergences morphologiques et polyphylétisme (10 h), 4- Mise en place, construction et fonctionnement des appareils racinaires, caulinaires et foliaires chez les embryophytes (25 h). 4-le monde « animal », définition et introduction à la phylogénie des métazoaires (5 h), 5- Structure, fonction et évolution de l'appareil locomoteur chez les animaux (20 h), 6- Structure, fonction et évolution de l'appareil tégumentaire chez les vertébrés (20 h).

    Volume horaire : 30h de CM - 30h de TP

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  • Écologie quantitative 1 (3 crédits)

    Code : S12BE3BE5Langue : Français.

    Contenu : Cette UE doit permettre à l'étudiant de savoir d'une part décrire une distribution de données écologiques. Cours (6 h), travaux pratiques (24 h) : 1- Définitions (individu, échantillon, population, variable) (3 h), 2- Notion de variable - typologie de variables (3 h), 3- Statistiques descriptives (9 h), 4- Théorie de l'estimation (3h), 5- Intervalle de confiance pour la moyenne – et la différence de deux moyennes (12 h).

    Volume horaire : 6h de CM - 24h de TP

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Semestre 4 Biodiversité et écologie

[ détails ]

  • Anglais 2 – Français (3 crédits)

    Code : S12AN4I2Langue : Français.

    Contenu : Révision des bases en orthographe et grammaire. Compréhension écrite et orale d’articles scientifiques ou de vulgarisation. Synthèse d’articles.

    Volume horaire : 28h de TD

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  • Reproduction des organismes (6 crédits)

    Code : S12BE4BE1Langue : Français.

    Contenu : Cette UE présente de manière synthétique les grands types d'organes impliqués dans la reproduction des organismes vivants à la fois sous l'angle morpho-anatomique mais également sous l'angle évolutif au sein des grands phylums. Elle développe les connaissances relatives à la structure de ces organes, des tissus impliqués. Enfin, les cycles de reproduction des grands groupes sont détaillés. Cours (30 h), Travaux dirigés (3 h), Travaux pratiques (27 h). 1- La reproduction chez les algues et chez les embryophytes : introduction ; sexualité, cycle haplo-diplophasique, anisogamie, hétérosporie (10 h), 2- La reproduction chez les embryophytes : cycles et organes impliqués (10 h), 3- La réduction du gamétophyte et analyse comparative des cycles chez les embryophytes : aspects évolutifs (10 h), 4- La reproduction chez les Spermaphytes : diversités des fleur, inflorescences, graines et fruits (20 h), 5- La reproduction des invertébrés : La reproduction asexuée /sexuée/hermaphrodisme/parthénogénèse (15 h), 6- La reproduction sexuée chez les Vertébrés : introduction (5h), 7- Gamétogénèse chez les mammifères : organes reproducteurs (10 h), 8- Spermatogenèse et ovogenèse chez les mammifères (10 h), 9- La Fécondation (10 h).

    Volume horaire : 30h de CM - 3h de TD - 27h de TP

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  • Écologie 2 (3 crédits)

    Code : S12BE4BE2Langue : Français.

    Contenu : Cours (16 h), Travaux dirigés (14 h). 1- Flux de matière et d’énergie dans les écosystèmes (2 h), 2- Grands cycles biogéochimiques – cycles de l’eau, du carbone, de l’azote, du phosphore (2 h), 3- Biomasse–production et productivité–productions primaire et secondaire (2h), 4- Dynamique de la matière organique dans les sols et dans l’eau–organisation des réseaux trophiques (4 h), 5- Nutrition hydrique, minérale et carbonée des plantes (8 h), 6- Séquestration du carbone dans différents écosystèmes marins et terrestres (12 h).

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  • Interactions biotiques (3 crédits)

    Code : S12BE4BE3Langue : Français.

    Contenu : Cette UE présente une initiation aux différentes interactions biotiques entre tous types d'organismes vivants qui jouent un rôle dans la structure et le fonctionnement des écosystèmes terrestres et marins suivie d'un approfondissement de divers cas d'étude. Cours (26 h)  : 1- Relations de commensalisme, mutualisme, dispersion, compétition, herbivorie, 2- Relations prédateurs-proies et hôtes-parasites, 3- Cas d'étude Interactions bactériennes, 4- Cas d’étude mélitophilie, 5- Cas d’étude Les mycorhizes. Travaux dirigés (4 h)  : Relations de commensalisme, mutualisme, dispersion, compétition, herbivorie.

    Volume horaire : 26h de CM - 4h de TD

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  • Biologie des populations (6 crédits)

    Code : S12BE4BE4Langue : Français.

    Contenu : Partie 1 : dynamique et écologie des populations – notions de populations - méthodes de dénombrement- Structure d'âge et processus démographiques - patrons de croissance – étude des facteurs limitants les populations - déplacements des individus (migrations, mouvements densité dépendants)- rythmes biologiques Partie 2 : génétique des populations - Structure génétique des populations - Modèle de Hardy-weinberg -influence du régime de reproduction-Influence des pressions évolutives. Cours (28 h). 1- Notions de populations et Méthodes d’échantillonnages (4 h), 2- Processus Stratégies démographiques (5 h), 3- Patrons de croissance - Déplacements des individus (5 h), 4- Modèle de génétique des populations d'Hardy-Weinberg (4 h), 5- Concepts des facteurs reproducteurs et évolutifs (mutation, dérive génétique, sélection naturelle, migration) (6 h), 6- Paramètres de structuration génétique des populations (4 h). Travaux dirigés (24 h). 1- Notions de populations et Méthodes d’échantillonnages (2 h), 2- Processus Stratégies démographiques (6h), 3- Patrons de croissance - Déplacements des individus (4 h), 4- Modèle de génétique des populations d'Hardy-Weinberg (6 h), 5- Concepts des facteurs reproducteurs et évolutifs (mutation, dérive génétique, sélection naturelle, migration) (4 h), 6- Paramètres de structuration génétique des populations (2 h). Travaux pratiques (8 h). Concepts des facteurs reproducteurs et évolutifs (mutation, dérive génétique, sélection naturelle, migration).

    Volume horaire : 28h de CM - 24h de TD - 8h de TP

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  • Microbiologie (3 crédits)

    Code : S12BE4BE5Langue : Français.

    Contenu : Cette UE va permettre aux étudiants d’acquérir les connaissances fondamentales en Microbiologie générale. Les enseignements porteront sur la bactériologie (organisation de la cellule, nutrition, croissance, génétique) mais donneront aussi des notions de virologie (structure, méthodes d’étude et multiplication des virus). Cours (20 h), travaux dirigés (4 h), travaux pratiques (6 h). 1- Bactériologie : types trophiques et métabolisme énergétique ; croissance ; ultrastructure. 2- Virologie : structure ; méthodes d’étude ; différentes interactions virus-cellule ; cycle de multiplication des virus. 3- Génétique bactérienne : mutations ; transferts génétiques (transformation, conjugaison, transduction).

    Volume horaire : 20h de CM - 4h de TD - 6h de TP

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  • L'eau et les sols (3 crédits)

    Code : S12BE4BE6Langue : Français.

    Contenu : Cette UE vise à l'acquisition (1) de connaissances fondamentales relatives à la description de l'eau et des sols en tant qu’habitat et ressource pour les organismes vivants et (2) des techniques de bases pour évaluer les principales caractéristiques physico-chimiques de ces milieux. L'enseignement de l'UE est structuré en cinq grands thèmes : 1- Composition du sol et propriétés des constituants physiques, chimiques et biologiques (6 h CM, 3 h terrain). Constituants organiques – constituants minéraux – organismes – texture, structure et porosité – complexe absorbant et pH. 2- Comportement et dynamique de l'eau dans les sols (2 h CM, 3 h TP). 3- Fertilité et mise en valeur des sols (2 h CM, 2 h TD, 3 h TP). 4- Propriétés physico-chimiques de l’eau (3 h CM)-Température, densité, tension superficielle. Oxygène dissous, pH, viscosité, salinité, transparence – minéralisation de l’eau (ions chlorures, sodium, potassium, calcium conductivité, résistivité) – substances organiques et nutritives dans l’eau (nutriments, nitrates, phosphates, sulfates). 5- Notion de pureté de l’eau et indicateurs (3 h CM, 3 h terrain) – eaux pures – eaux naturelles (eaux minérales ; eaux de Source) – indicateurs de qualité.

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  • Professionnalisation au S4 (3 crédits)

Semestre 5 Biodiversité et écologie

[ détails ]

  • Biodiversité (4 crédits)

    Code : S12BE5BE1Langue : Français.

    Contenu : 1– Échelles de considération de la biodiversité et valeurs. 2- Mécanismes à l'origine de la biodiversité. 3- Évaluation de la biodiversité. 4- Distribution de la biodiversité et hotspot du bassin méditerranéen. 5- Impacts de l'homme sur la biodiversité.

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  • Biologie du développement (4 crédits)

    Code : S12BE5BE2Langue : Français.

    Contenu : 1- Introduction biologie du développement (1 h), 2- Mouvement morphogénétique et processus moléculaire lors de la gastrulation des Métazoaires (6 h), 3- Embryologie descriptive chez les métazoaires (10 h), 4- Développement post embryonnaire chez métazoaires. 5- Développement embryonnaire et post embryonnaire chez les plantes terrestres (20 h).

    Volume horaire : 30h de CM - 4h de TD - 6h de TP

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  • Dynamique des systèmes (4 crédits)

    Code : S12BE5BE3Langue : Français.

    Contenu : Cours (24 h ). 1- Introduction Méthodologie. Successions écologiques. Stabilité des écosystèmes, résistance & résilience. Équilibre dynamique des écosystèmes et perturbation. Vulnérabilité des systèmes écologiques (8 h). 2- Biomasse et productivité des écosystèmes : L’énergie comme moteur de la dynamique des écosystèmes. Géométrie des organismes en relation avec les facteurs de l’environnement. Construction de modèles architecturaux (6 h). 3-Dynamique des systèmes écologiques terrestres (4 h). 4- Dynamique des systèmes écologiques aquatiques (3 h). 5-Dynamique des systèmes lagunaires et des milieux côtiers (2 h). Travaux dirigés (10 h). 1- Dynamique forestière. Approche dendrochronologique (6 h), 2-Dynamique des systèmes écologiques terrestres (2 h), 3- Dynamique des systèmes lagunaires et des milieux côtiers (2 h). Terrain  : lecture de paysage et étude d'écosystèmes (6 h).

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  • Présentation de travaux scientifiques (6 crédits)

    description non disponible.

  • 3 UE BE à 3c à choisir parmi 6 (9 crédits)
    • Écologie comportementale (3 crédits)

      Code : S12BE5BE4ALangue : Français.

      Contenu : Cette UE aura pour but d'explorer les relations entre le comportement animal, l'écologie et l'évolution biologique. Le comportement animal est défini comme l'ensemble des processus de décision par lesquels les individus ajustent leur état et leur situation en fonction des variations environnementales. Les cours et TD présenteront un aperçu de ces différents processus en s'intéressant aussi bien aux concepts fondamentaux, aux bases génétiques des comportements mais aussi à l'exploitation des ressources alimentaires, au lien entre comportement et reproduction et à la communication animale, en allant jusqu'à l'évolution vers l'eusocialité. Cours (23 h ). 1- historique et concepts fondamentaux en écologie comportementale (4 h), 2- Observer et quantifier le comportement animal (2 h), 3- Bases génétiques et Développement du comportement (3 h), 4- Exploitation des ressources alimentaires (4 h), 5- Comportement reproducteur (3 h), 6- Communication animale (5 h), 7- Vie en groupe (2 h). Travaux dirigés (2 h). 1- Exploitation des ressources alimentaires (2 h), 2- Évolution vers l'eusocialité (2 h). Travaux pratiques (5 h) Homogamie pour la taille chez Gammarus pulex (3 h).

      Volume horaire : 23h de CM - 2h de TD - 5h de TP

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    • Écologie et parasites (3 crédits)

      Code : S12BE5BE4BLangue : Français.

      Contenu : Cette UE présente la diversité des relations entre les parasites et leurs hôtes ainsi que l'intérêt écologique et évolutif de ces relations. Elle se décompose en deux grandes parties : -Les parasites comme acteurs majeurs de la biodiversité : 1- biologie et diversité des parasites ; effets des parasites sur leurs hôtes ; parasitisme et biodiversité ; parasitisme de ponte. 2- Parasitologie des eaux : biodiversité des formes potentielles : les virus, bactéries, protozoaires – notion de kystes et formes de résistance –, les métazoaires – œufs d'helminthes,etc. Écologie des contaminations. Méthodes de traitements en milieux naturels et anthropiques. Cours (24 h ). 1- introduction : Diversité des relations hôtes-parasites (2 h), 2- La biologie des parasites, aspects immunologiques, pathologiques et biochimiques (2 h), 3- reproduction des parasites, cycles simples et complexes (2 h), 4- Altérations phénotypiques : de la favorisation à la manipulation comportementale (2 h), 5- Parasitisme et biodiversité, intérêt et utilité des études sur les relations hôtes-parasites (2 h), 6-Parasitisme de ponte (2 h), 7- Parasitologie des eaux : biodiversité des formes potentielles : les virus, bactéries, protozoaires (notion de kystes et formes de résistance), les métazoaires (œufs d'helminthes…) ; écologie des contaminations ; méthodes de traitements en milieux naturels et anthropiques) (14 h) . Travaux dirigés (6 h)  : 1- Altérations phénotypiques : de la favorisation à la manipulation comportementale (2 h), 2- Artemia –helminthe (2 h), 3- Amphipodes–acanthocéphales (2 h).

      Volume horaire : 24h de CM - 6h de TD

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    • Écophysiologie (3 crédits)

      Code : S12BE5BE4CLangue : Français.

      Contenu : Cet enseignement fourni un aperçu des réponses physiologiques des animaux et des végétaux dans différents contextes environnementaux. Il propose donc une analyse détaillée des principales adaptations physiologiques des organismes en milieux terrestres et aquatiques, mais aussi biotiques, qu’ils soient extrêmes ou tempérés. L’objectif est d’initier et de développer chez l’étudiant une approche intégrative des interactions entre un organisme et son environnement. Les connaissances fondamentales en écophysiologie animale et végétale seront abordées en pédagogie traditionnelle lors de cours magistraux en amphi. Ces connaissances seront ensuite mobilisées et intégrées aux propres recherches de l'étudiant lors de séances de travail personnel et de TD, qui se concrétiseront par la réalisation d'un poster scientifique. Cours (20 h ) : 1- Notions et concepts d'écophysiologie animale et végétale (5 h), 2- La vie animale et végétale en milieu aquatique ou engorgé (5 h), 3- La vie animale et végétale en milieu sec ou désertique (5 h), 4- La vie animale et végétale en milieu soumis à des températures froides (5 h). Travaux dirigés (10 h)  : réalisation d'un poster portant sur une relation entre une espèce et son environnement.

      Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

      Plus d'informations

    • Écologie microbienne (3 crédits)

      Code : S12BE5BE4DLangue : Français.

      Contenu : L'enseignement portera sur les interactions biotiques microbiennes et sur les rôles joués par les microorganismes dans le fonctionnement des écosystèmes. Le cours magistral (16 h) sera illustré par quelques TD (4 h) qui seront effectués au moment opportun par rapport à l'avancement du cours. Les TP (10 h) seront répartis en 3 séances. La rédaction d'un rapport de TP sera demandée. Les sujets développés sont les suivants  : 1- Diversité des habitats microbiens, 2- Acclimatation et stratégies adaptatives des procaryotes à leurs environnements, 3- Études pratiques de la biodiversité et de l'expression des fonctions microbiennes dans différents milieux.

      Volume horaire : 16h de CM - 4h de TD - 10h de TP

      Plus d'informations

    • Enjeux environnementaux et paléoécologie (3 crédits)

      Code : S12BE5BE4ELangue : Français.

      Contenu : Cette UE propose une initiation aux thématiques scientifiques actuelles sur les grands enjeux environnementaux, abordés sous une l'approche paléoécologique et en portant un regard critique sur ces thématiques. Une part importante des enseignements (1/3) est dédiée à la participation active des étudiants par l'analyse d'articles scientifiques et par des présentations orales en groupe (de trois étudiants maximum) sur des thèmes abordés en cours magistral (2/3 des enseignements). Cours (20 h)  : 1- Les changements globaux : définition et approche historique (2 h). 2- Le climat : l’expression d’une cyclicité (3 h). 3- L’impact des variations du niveau marin sur les écosystèmes littoraux (3 h). 4- La Plus Grande Extinction de Masse de l’Histoire de la Vie. Réflexions sur la crise actuelle de la Biodiversité (2 h). 5- Les Alpes sans glaciers ? Un réchauffement climatique à l’époque romaine (2 h). 6- Le Paysage, un aménagement (une dégradation ?) qui ne date pas d’hier (2 h). 7- La multidisciplinarité en géosciences : vers une meilleure compréhension des interactions Homme–climat–environnement (2h). 8- La transition Plio-Quaternaire : genèse du monde méditerranéen (2 h). 9- Biodiversité et dynamique des écosystèmes forestiers du Moyen Âge à nos jours : une approche pluridisciplinaire (2 h). Travaux dirigés (3 h) et travaux pratiques (7 h)  : études de textes scientifiques sur les thèmes abordés et présentations orales – sur les thèmes abordés ou à partir d'articles scientifiques.

      Volume horaire : 20h de CM - 3h de TD - 7h de TP

      Plus d'informations

    • Écotoxicologie et perturbations de l'environnement (3 crédits)

      Code : S12BE5BE4FLangue : Français.

      Contenu : Cette UE présente les bases fondamentales en écotoxicologie – illustrées en supplément par trois séances de TP Bioessais. Effets des xénobiotiques sur les organismes animaux – voies d'entrée, voies métaboliques impactées, voies de détoxication–activation des xénobiotiques. Effets du changement global sur les organismes végétaux – voies d'entrée, voies métaboliques impactées et réponses biologiques des plantes. Cours (19 h)  : 1- Principes fondamentaux en écotoxicologie. 2- Voies d'entrée et Métabolisme des xénobiotiques chez les organismes animaux – notions d'effets toxiques. 3- Réponses des plantes à des variables du changement global. Travaux dirigés (4 h ) : 1- Voies d'entrée et métabolisme des xénobiotiques chez les organismes animaux – notions d'effets toxiques (2 h). 2- Réponses des plantes à des variables du changement global (2 h). Travaux pratiques (7h ) : écotoxicologie animale (3 h), TP écotoxicologie végétale (4h).

      Volume horaire : 19h de CM - 4h de TD - 7h de TP

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  • Professionnalisation (3 crédits)

Semestre 6 Biodiversité et écologie

[ détails ]

  • Anglais 4 (3 crédits)

    Code : S12AN6I1Langue : Français.

    Contenu : Manipulation des structures de base de la langue. Compréhension d'un bref document authentique, écrit ou audio. Prise de parole de façon spontanée sur un sujet d’actualité. Expression d'une opinion par écrit. Lexique scientifique de base. Passage de la Certification de compétences en langues de l'enseignement supérieur niveau 2 (CLES 2).

    Volume horaire : 18h de TD

    Plus d'informations

  • Outils bio cell et bio mol pour diagnostic biodiversité (4 crédits)

    Code : S12BE6BE1Langue : Français.

    Contenu : Cette UE vise à un approfondissement de techniques moléculaires et cellulaires utiles aussi bien à l'étude de la diversité génétique qu'à l'analyse fonctionnelle de gènes. Cours (10 h), Travaux dirigés (20 h ), Travaux pratiques (10 h ) : 1- analyse comparée de l'expression des gènes. Méthodes cellulaires et moléculaires (25 h). 2- Méthodes de marquage biochimique et moléculaire, et applications pratiques (40 h). 3- Apport des méthodes NGS dans l’analyse de la biodiversité (10 h), 4- Indices de diversité génétique et de différenciation (2 h).

    Volume horaire : 10h de CM - 20h de TD - 10h de TP

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  • Indicateur qualité des écosystèmes (4 crédits)

    Code : S12BE6BE3Langue : Français.

    Contenu : Cet enseignement permettra d'acquérir les connaissances de base sur les indicateurs de la qualité des écosystèmes (terrestre, aquatiques) et d'aborder des éléments de remédiation. Cours (20 h)  : 1- Indicateurs qualité des milieux aquatiques IBMR, etc. Eutrophisation (4 h). 2- Indicateurs qualité des milieux aquatiques IBGN etc. (6 h). 3- Indicateurs phytoplanctoniques (2 h). 4- Réseaux de biosurveillance (2 h). 5- Bio-indicateurs de la qualité de l'air (2 h). 6- Bio-indicateurs qualité des milieux terrestres et bioremédiation (6h). Travaux dirigés (8h ) : 1- indicateurs qualité des milieux aquatiques IBGN, etc. (2 h). 2- Indicateurs phytoplanctoniques (2 h). 3- Réseaux de biosurveillance (2 h). 4- Bio-indicateurs de la qualité de l'air (2 h). Travaux pratiques (4 h ) : bio-indicateurs qualité des milieux terrestres et bioremédiation. Terrain (6 h) : indicateurs qualité des milieux aquatiques IBMR, etc. Eutrophisation. Bio-indicateurs qualité des milieux terrestres et bioremédiation.

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  • Écologie quantitative 2 (3 crédits)

    Code : S12BE6BE4Langue : Français.

    Contenu : En s’appuyant sur les connaissances acquises en L2, ce cours décrira les tests statistiques classiques utilisés en écologie et enseignera l'application de ces tests sur tableur. Les contenus incluront Cours (6 h), travaux pratiques (24 h)  : – les tests paramétriques et non paramétriques (confrontation et homogénéité), une introduction à l'analyse de variance, – une introduction à la régression – le test d’indépendance et d'adéquation du Khi2. 6H de travail personnel seront demandées.

    Volume horaire : 6h de CM - 18h de TP

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  • Connaissances naturalistes (4 crédits)

    Code : S12BE6BE7Langue : Français.

    Contenu : Cette UE est une Initiation à l'identification des organismes : faune, flore, microorganismes. Cours (19 h)  : 1- Faune : arthropodes sauf crustacés (3 h), pancrustacés sauf hexapodes (2 h), oiseaux (2 h ). 2- Flore  : lignée verte et lignée brune (4 h). Grandes familles de plantes (2 h). 3- Micro-organismes  : cyanobactéries (2 h), moisissures (4 h). Travaux dirigés (4 h ) : 1- reptiles amphibiens (3 h). 2- Oiseaux (1 h). Travaux pratiques (11 h ) : grandes familles de plantes (6 h), moisissures (5 h). Terrain (6 h) : sortie parc Borelli – grandes familles de plantes – (3 h). Sortie Muséum d'histoire naturelle de Marseille – faune (3h).

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  • 2 UEs à 3c à choisir parmi 4 (6 crédits)
    • Découverte faune méditerranéenne (3 crédits)

      Code : S12BE6BE5ALangue : Français.

      Contenu : La région méditerranéenne de par ses caractéristiques climatiques, édaphiques, anthropiques et historiques, abrite une très grande diversité d'organismes indigènes ou migrateurs. Pour appréhender au mieux cette biodiversité, un bagage naturaliste minimal est nécessaire. Trois écosystèmes particuliers de Provence seront ainsi visités avec en corollaire les questions suivantes : quels facteurs environnementaux génèrent de la diversité d'habitat ? Quelle est la place des activités humaines dans cette diversité ? Des sites d'observations naturalistes seront donc visités en Camargue – dunes, salins, lagunes et sansouïres, etc. –, dans la plaine de Crau – coussouls, ancienne exploitation melonnière, berge de canaux d'irrigation, etc. – et au pied de la Sainte-Victoire (garrigue, pinède, chênaie, friche et ripisylve, etc.), afin d'apporter des éléments de réponse à ces questions et de former les étudiants à la reconnaissance des espèces emblématiques de Provence. Travaux pratiques (6 h ) :1- la faune des écosystèmes aquatiques, 2- les insectes psammophiles fouisseurs de Camargue. Terrain (24 h)  : sortie Camargue, sortie Crau, sortie Saint-Antonin-sur-Bayon.

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    • Conservation (3 crédits)

      Code : S12BE6BE5BLangue : Français.

      Contenu : 1- Les menaces sur la biodiversité (croissance pop humaine, destruction, fragmentation habitats, pollutions, changement climatique, surexploitation…). 2- Proliférations et invasions. 3 - Extinctions et petites populations (diversité génétique). 4- La conservation des populations et des espèces. 5- Les espaces protégés. 6- La conservation ex-situ. 7- Conservation dans des espaces non dédiés (agricole, urbain).

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    • Activités sport-loisir et perturbation des écosystèmes (3 crédits)

      Code : S12BE6BE5CLangue : Français.

      Contenu : Cette UE consiste en une approche multidisciplinaire (écologie, économie, socio…) de diverses activités de loisir et de sport : jardinage, sports de pleine nature (VTT, canyoning, randonnée), loisirs de masse (ski, équitation, golf) et mise en avant de leurs impacts, positif ou négatif, sur l’environnement (avec un regard à différentes échelles spatiales–temporelles.

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    • Découverte flore méditerranéenne (3 crédits)

      Code : S12BE6BE5DLangue : Français.

      Contenu : Cette UE présente de manière exemplaire les grands habitats de la France méditerranéenne incluant des habitats communs (forêts maquis, garrigues, pelouses) et des habitats à forte valeur patrimoniale – mares temporaires sur silice, groupements des végétaux de bord de mer et de pelouses à annuelles oligotrophes des crêtes et sur silice. Il permet aux étudiants d'identifier les habitats et les espèces et leur permet d'acquérir une compétence en l'utilisation de référentiels taxinomiques et de classification d’habitats telles que celles émis par l'Union Européenne, l'UICN, le MNHN et les Conservatoires botaniques nationaux. Travaux dirigés (2 h ) : préparation : présentation des techniques d'herbier et des ouvrages de référence, Terrain (28 h) : 1- La garrigue, pelouses à annuelles sur calcaire, les groupements rudéraux et côtiers de la Côte-Bleue. 2- Le Maquis, pelouses à annuelle sur silice, mares temporaires, rochers siliceux de Provence cristalline. 3- Garrigue et groupements des crêtes calcaires ventées des massifs péri-marseillais. 4- Forêts montagnardes, supraméditerranéennes, méditerranéennes et crêtes calcaires à la Sainte-Baume.

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  • UE Intégrative S6 à choisir parmi 2 : TER vs terrain (6 crédits)
    • Travail encadré de recherche (6 crédits)

      Code : S12BE6BE3ALangue : Français.

      Contenu : Le TER consiste en une immersion de trois semaines, ou 60 h dans un laboratoire de recherche permettant de mobiliser les connaissances acquises au cours des trois années de licence. Il s’agira d’identifier une problématique et d’y répondre soit à l’aide de bibliographie soit à l’aide de données acquise sur le terrain ou bien déjà disponible. Ces données seront analysées (graphiques, statistiques) puis interprétées au regard de la question initiale. Chaque étudiant présentera ses résultats sous la forme d’un rapport de maximum 30 pages et d’un oral de 15 minutes.

      Volume horaire : 60h de TP

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    • École de terrain (6 crédits)

      Code : S12BE6BE3BLangue : Français.

      Contenu : L'école de terrain vise, par une mise en œuvre in-situ, à l'acquisition de l'ensemble des étapes de la démarche scientifique en s'appuyant sur des problématiques écologiques concrètes. Sur un thème choisit en début de semestre chaque groupe d’étudiant devra s'appuyer sur différentes ressources – littérature scientifique, partage de savoirs, etc. – pour identifier et formuler les questions pertinentes, les hypothèses, les plans d'expérience et d'échantillonnage. Sur le terrain les étudiants devront mettre en œuvre collectivement les techniques nécessaires pour collecter les données en rapport avec leur thème. Ces données seront analysées (graphiques, statistiques) puis interprétées au regard de la question initiale. Travaux dirigés (24 h), terrain (36 h)  : 1- la démarche scientifique et identification des problèmes (thèmes). 2- Identification des ressources et construction des plans d'expériences. 3- Collecte in situ des données, protocole et plan d'échantillonnage. 4- Traitement des données, interprétation et présentation.

      Volume horaire : 24h de TD - 36h de TP

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    • Stage (6 crédits)

      Code : S12BE6BE3CLangue : Français.

      Contenu : Le stage consiste en une immersion de trois semaines dans une structure d’accueil permettant de mobiliser les connaissances acquises au cours des trois années de licence. Il s’agira d’identifier une problématique et d’y répondre soit à l’aide de bibliographie soit à l’aide de données acquise sur le terrain ou bien déjà disponible. Ces données seront analysées (graphiques, statistiques) puis interprétées au regard de la question initiale. Chaque étudiant présentera ses résultats sous la forme d’un rapport de maximum 30 pages et d’un oral de 15 minutes.

      Volume horaire : 20h de CM - 20h de TD - 20h de TP

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Informations diverses

Secrétariat pédagogique :

  • Site de Marseille Saint-Jérôme : Danielle BOYER, danielle.boyer@univ-amu.fr, tél. : 04 91 28 28 39 52 – avenue Escadrille Normandie Niemen – 13013 Marseille
  • Site d’Aix-Montperrin : Valérie LECORRE, valerie.lecorre@univ-amu.fr, tél. : 04 42 95 28 31 – 6, avenue du Pigonnet – 13090 Aix-en-Provence

Modalités d'inscription

Le parcours BIOECO est ouvert à tous les étudiants issus du portail Louis Pasteur d’Aix–Marseille université ou de licence 1 SVT ou SV d’autres universités.

Il est également ouvert sur dossier aux étudiants de BTS GPN, d’IUT, de licences pro ou de divers cursus, souhaitant se réorienter vers les domaines de l’écologie et de la biodiversité. Pour ces étudiants, les candidatures sont à déposer via l'application eCandidat.