SMGBU06

UE Atelier bioinformatique

Unité d'enseignement (UE) de 4 crédits

UE ouverte aux étudiants en programme d'échange international UE insertion professionnelle

DESCRIPTION
ORGANISATION
FORMATIONS

Contenu

L'objectif pédagogique de cet enseignement et de permettre à l'étudiant d'intégrer les approches à grande échelle de la biologie moderne ("OMICS") pour répondre à des questions de l'immunologie.

L'étudiant est exposé aux différentes approches méthodologiques à haut débit et pratique l'apprentissage de la gestion et l'analyse des big data.

-CM1: Transcriptomique et génomique
-CM2: Epigénomique
-CM3: Protéomique
-CM4: Metabolomique
-CM5: Single cell - sc spatial - clone - BCRseq
-CM6: Analyse multiparametrique et cytometrie

-TD1: article transcriptome
-TD2: Récuperation des données transcriptomiques et proposition d'un projet
-TD3: Analyses non-supérvisé des donnée de cytométrie en flux sur des données biologiques
-TD4: article sc spatial/tx
-TD5: Intelligence artificielle

-TP Partie 1 : visite de la plateforme TGML (Transcritomique et génomique de Marseille-Luminy) et géneration de librairie pour séquençage
-TP Partie 2 :
Analyses des données de RNA-seq en cellule unique ou en masse avec logiciel Shiva/Galaxie

Compétences à acquérir

Formuler une question biologique originale et pertinente en immunologie.
-Déterminer les approches expérimentales et les ressources technologiques requises pour répondre à cette question biologique.
-Appliquer des techniques numériques spécialisées et avancées: Analyser les impacts de l'évolution des outils numériques sur le domaine concerné par la spécialité et utiliser de manière autonome des outils numériques avancés adaptés à plusieurs métiers ou secteurs de recherche dans ce domaine.

Langue(s) d'enseignement

Français

Prérequis obligatoires

Avoir acquis une compréhension approfondie de l'immunité et de ses acteurs.

Compréhension des modalités d'exploration de l'immunité.

Modalités d'organisation

Tous les documents et ressources relatifs à cette unité d'enseignement seront accessibles sur la plateforme Ametice.

Les étudiants auront l'opportunité d'être formés par des chercheurs, ingénieurs et enseignant-chercheurs spécialisés dans le domaine.

12h CM pour comprendre l'application des outils omiques et bioinformatiques pour répondre à une question en immunologie.

12h TD basés sur des analyses d'articles, et l'apprentissage de la récupération et analyse d'un jeu de données biologiques publiques.

16h TP en format atelier sur 2 journées au TGML et/ou CIML plus une 1/2journée en salle informatique ciblées sur le séquençage et l'analyse de données RNAseq en masse ou cellule unique.

Volume des enseignements

Cours magistraux: 12 heures
Travaux dirigés: 12 heures
Travaux pratiques: 16 heures
Volume total: 40 heures

Responsables pédagogiques:

MICHEA VELOSO Paula

Codes APOGÉE

SMGBU10L [ELP]