L'enseignement se structurera en deux grand chapitres. Le premier portera sur les niches écologiques, la différenciation des assemblages et le lien conceptuel entre écologie des populations et écologie des communautés. Le deuxième chapitre portera sur les causes historiques à l'origine des assemblages et développera l'approche par phylogéographie descriptive et comparative. Les études de cas développés durant l'enseignement renforceront l'apprentissage des analyses de diversité de niveau alpha et beta. L'analyse des données se fera essentiellement dans R et s'accompagnera de lecture de chapitres et d'articles choisis par les enseignants. Durant la réalisation des travaux les étudiants seront formés à l'identification, l'élaboration et la rédaction des résultats, incluant les figures et tableaux.