L’objectif principal de cette UE est de permettre aux étudiants de comprendre les processus clefs qui régissent le fonctionnement des écosystèmes marins pélagiques. Les principales caractéristiques de la matrice environnementale et des réseaux trophiques pélagiques sont étudiées. L’accent est mis sur l’aspect dynamique du fonctionnement des systèmes hétérogènes que sont les écosystèmes marins pélagiques et sur l’importance fonctionnelle du couplage à différentes échelles spatiales et temporelles entre les processus biologiques et physico-chimiques. Cette UE permet également d’acquérir les outils et concepts nécessaires à l’étude des biocénoses marines en interaction avec les paramètres environnementaux. Les biocénoses benthiques méditerranéennes des substrats solide et meuble servent de modèle d’étude. Les différents concepts écologiques étudiés seront illustrés et étudiés par l’analyse de données issues de la littérature portant sur la structure et sur le fonctionnement des écosystèmes pélagiques ainsi que l'analyse des communautés des biocénoses benthiques. Écologie et synécologie, concept d'écosystème, complexité des systèmes et importance du couplage à différentes échelles des processus physiques, chimiques et biologiques. Évolution et enjeux de l’écologie des systèmes marins (évolution des paradigmes ; apports récents des outils moléculaires – place des microorganismes dans le fonctionnement des écosystèmes marins – principaux groupes photo-autotrophes et hétérotrophes – rôle des virus). Principales caractéristiques de la matrice environnementale (provinces océaniques ; stratification et gradients : lumière, température, sels nutritifs, pression hydrostatique, matière organique, accepteurs d'électrons), incidence sur la dynamique des communautés photo-auto(hétéro)trophes. Hétérogénéité et patchiness des communautés zooplanctoniques. Réseaux trophiques (caractéristiques structurelles et fonctionnelles ; évolution du concept ; exemple de réseau pélagique : le golfe du Lion ; exemple de réseau benthique : l'écosystème à Posidonia oceanica). Biocénotique : aspects théoriques. Le contexte régional méditerranéen. Les biocénoses benthiques de Méditerranée (étagement, substrats meubles, substrats solides, succession de biocénoses, pressions anthropiques).
