Une pédagogique active via une plateforme web: Annotathon
L’équipe Bioinformatique du département a développé depuis une dizaine d’années une méthode pédagogique pour l'enseignement de la bioinformatique en Licence. L’idée consiste à proposer aux étudiants d'annoter des séquences issues de projets métagénomiques, en utilisant une plateforme web dédiée (Annotathon). Cette plateforme offre aux étudiants un canevas d'annotation sous forme de champs à renseigner, afin de répondre aux questions: 1- le fragment d'ADN contient-il une séquence codante? 2- quelle est la fonction potentielle du gène? 3- quelle est l'origine taxonomique de cette séquence? L'utilisation répétée des mêmes outils sur plusieurs séquences permet ainsi aux étudiants de se confronter à de nombreux cas de figures et de maîtriser l'interprétation des résultats d'outils comme ORFfinder, BLAST, Clustal/Muscle, InterproScan, reconstructions phylogénétiques, classification par Gene Ontology, etc... Cette méthode pédagogique implique également un suivi à distance (via le serveur web) du travail d'annotation des étudiants ainsi qu'à un forum d'échanges enseignants/etudiants ou étudiants/étudiants via internet. L'utilisation de séquences jamais annotées auparavant ajoute à cet exercice pédagogique, l'excitation d'un projet de recherche véritable à laquelle les étudiants sont visiblement sensibles. L'interface est disponible à l'adresse http://annotathon.org. Cet enseignement met en œuvre: (1) Un concept d’apprentissage: « Learning by doing » via les concepts disciplinaires sous-jacents, la structuration logique du raisonnement scientifique, l’argumentation scientifique, et les normes de présentation (syntaxe, grammaire et orthographe); (2) 3 stratégies d’apprentissage (par la répétition, par la critique constructive ou par l’excitation de la découverte scientifique et de la participation à l’élaboration de la connaissance); (3) Une puissance immersive et une familiarisation accrue avec les outils d’analyses; et (4) Un investissement pédagogique (pédagogie active) très important hors présentiel.
