AccueilMasterSciences de la merOcéanographie biologique et écologie marine (OBEM)

Master Sciences de la merParcours type : Océanographie biologique et écologie marine (OBEM)

Sélection en master 1

Objectifs

Le master vise à former des futurs cadres connaissant le fonctionnement des écosystèmes marins côtiers et hauturiers et maîtrisant des outils d’observation et d’analyse du milieu marin, en s’appuyant sur des connaissances et technologies récentes. Les étudiants formés seront en mesure de développer de manière autonome des activités de recherche ou développement nécessitant la compréhension des mécanismes qui régissent le fonctionnement des systèmes marins soumis à des perturbations liées notamment aux activités anthropiques dans un contexte de changement global. Ce parcours visera plus précisément à s’approprier les connaissances et compétences pour appréhender les processus biologiques et écologiques pour comprendre le rôle des organismes vivants dans le fonctionnement des écosystèmes marins ainsi que la réponse des communautés marines aux forçages environnementaux naturels et anthropiques.

Formation et recherche

Le parcours est essentiellement adossé à l’UMR MIO (UM 110), l’Institut Méditerranéen d’Océanologie. La recherche porte sur différents domaines de l’océanographie comme la microbiologie marine, l’écologie microbienne et l’écologie marine côtière. D’autres UMR de l’OSU Institut Pythéas sont également concernées par la formation de ce master, et notamment l’IMBE pour ses travaux sur la diversité marine et les interactions avec le changement global.

Pré-requis obligatoires

Les étudiants doivent avoir effectué une licence en sciences de l’environnement (SVT ou SV).

Pré-requis recommandés

De bonnes compétences en programmation peuvent s’avérer utiles pour certaines unités d’enseignement.

Régimes d'inscription

Cette formation est accessible en

Formation initiale
Formation continue

Compétences visées

  • Analyser et modéliser un écosystème, un organisme ou un processus de l’environnement marin par la mise en œuvre d'une approche pluridisciplinaire à l’aide de techniques et d’outils spécifiques au laboratoire ou lors de campagnes en mer ;
  • Savoir observer, décrire, identifier, discriminer, ou classifier des organismes marins et des écosystèmes marins ;
  • Savoir utiliser les appareillages scientifiques de terrain et de laboratoire, ainsi que les logiciels d’acquisition couramment utilisés dans les domaines des sciences de la Mer ;
  • Analyser, interpréter et synthétiser des données en vue de leur exploitation et de la modélisation des processus de l'environnement marin ;
  • Travailler en équipe ;
  • Rédiger des rapports et des documents de synthèse ;
  • Présenter les résultats d’un travail à l’oral

Métiers visés

Codes ROME :

Spécialités de formation (code NSF) :

  • 113c : Sciences naturelles (biologie, géologie) - Applications scientifiques
  • 113g : Sciences (biologie-géologie) de l'environnement, des écosystèmes
  • 118g : Biologie de l'eau et de l'environnement ; Biologie médicale

Stages et projets encadrés

Le quatrième semestre est un stage d’une durée comprise entre 4 et 6 mois. Une unité de stage peut être effectuée en semestre 2 et la proximité de laboratoires de recherche permet également aux étudiants de faire des stages en suppléments. Plusieurs unités d’enseignements proposent des projets à mener seuls ou en groupes.

Volume des enseignements

  • Cours magistraux : 900 heures
  • Travaux dirigés : 800 heures
  • Travaux pratiques : 200 heures
  • Stage : 24 semaines

Modalités pédagogiques particulières

Les enseignements se font sous forme de cours et de travaux dirigés complétés par des TP. Des sorties terrains permettent aux étudiants d’échantillonner en milieu naturel et d’exploiter les données recueillies. Des projets et des stages permettent le travail en équipe et l’acquisition de l’autonomie.

Master 1 Sciences de la mer : océanographie biologique et écologie marine Semestre 1 M1 Sciences de la mer - Tronc commun

[ détails ]

  • Océnographie générale (6 crédits)

    Code : OCE101Langue : Français.

    Contenu : Ce cours a pour objectif d'enseigner aux étudiants les aspects les plus généraux de l'océanographie physique : Les principales propriétés physiques des eaux de mer ; le concept de masse d'eau et les outils d'analyse de leur mouvement ; la compréhension des mécanismes du fonctionnement de la machine thermodynamique couplée océan-atmosphère : forçage radiatif solaire et échanges de chaleur et de masse à l'échelle globale, forçage mécanique du vent et conséquences de la rotation planétaire ; les principaux types de circulation océanique de la grande échelle à l'échelle côtière qui en résultent ; le lien océan-climat et ses boucles de contre-réaction ; La description des caractéristiques des différents bassins à l'échelle mondiale, est ensuite analysée, à la fois du point de vue de leurs similitudes et de leurs particularités : océan Atlantique, Pacifique, Austral, Méditerranée, …

    Volume horaire : 40h de CM - 20h de TD

    Plus d'informations

  • Océanographie biologique (6 crédits)

    Code : OCE102Langue : Français.

    Contenu : Cette unité est une introduction à l’océanographie biologique. Elle se propose d’apporter les éléments détaillés permettant d’aborder l’étude de la structure des écosystèmes marins pélagiques et benthiques et des groupes fonctionnels caractérisant les flux de matières et d’énergie. Le cours aborde principalement l’étude des facteurs physiques/édaphiques contrôlant la variabilité spatio-temporelle de la structure et du fonctionnement des écosystèmes marins.

    Volume horaire : 40h de CM - 20h de TD

    Plus d'informations

  • Océanographie chimique (6 crédits)

    Code : OCE103Langue : Français.

    Contenu : Introduction à l’océanographie chimique. Le but de cette formation (équilibrée entre cours magistraux, travaux dirigés et travaux pratiques), est l’étude de la composition chimique en éléments majeurs des océans et des principaux processus expliquant leurs distributions. Il permet d’expliquer les variations de la composition relative des éléments majeurs, de décrire la distribution des éléments biogènes (oxygène et éléments nutritifs majeurs) en relation avec la circulation générale, et de décrire le système des carbonates (échange océan-atmosphère, équilibre thermodynamique du système, variables et grandeurs mesurables, pH de l’eau de mer, alcalinité). Les travaux dirigés (calculs et bilans biogéochimiques, notion d’utilisation apparente d’oxygène, équilibre des carbonates, utilisation de diagrammes log-log pour la résolution des problèmes d’équilibre) et les travaux pratiques (5 séances de 4h) permettent aux étudiants de tous les futurs parcours d’acquérir les bases indispensables de la chimie océanographique. OCE 104 - Modélisation : méthodes et applications – 6 ECTS Cette unité est composée de trois parties : la première partie permet de montrer d'une part comment l'outil de modélisation numérique est adapté à représenter les écosystèmes marins et d’autre part comment cet outil permet une meilleure compréhension de leur fonctionnement. Dans la seconde partie, les étudiants seront initiés à la simulation numérique et complèteront leur formation en manipulation de logiciels de programmation scientifique ; dans la troisième partie, des rappels de techniques de calculs seront fournis et utilisés pour initier les étudiants à l'analyse de modèles simples issus des sciences de l'environnement. . Cette unité vise également à acquérir un regard objectif et critique sur les résultats des modèles.

    Volume horaire : 24h de CM - 16h de TD - 20h de TP

    Plus d'informations

  • Modélisation : méthodes et applications (6 crédits)

    Code : OCE104Langue : Français.

    Contenu : Cette unité est composée de trois parties : la première partie permet de montrer d'une part comment l'outil de modélisation numérique est adapté à représenter les écosystèmes marins et d’autre part comment cet outil permet une meilleure compréhension de leur fonctionnement. Dans la seconde partie, les étudiants seront initiés à la simulation numérique et complèteront leur formation en manipulation de logiciels de programmation scientifique ; dans la troisième partie, des rappels de techniques de calculs seront fournis et utilisés pour initier les étudiants à l'analyse de modèles simples issus des sciences de l'environnement . Cette unité vise également à acquérir un regard objectif et critique sur les résultats des modèles.

    Volume horaire : 30h de CM - 10h de TD - 20h de TP

    Plus d'informations

  • Statistiques et analyse de données (3 crédits)

    Code : OCE105Langue : Français.

    Contenu : L'objectif de cette unité est d'approfondir les connaissances acquises en licence en statistique inférentielle. Nous introduisons les notations classiques utilisées en statistique mathématique permettant d'étudier la structure de distributions communément rencontrées en statistiques, d'aborder les notions d'estimations de paramètres, de construire des tests statistiques paramétriques. A la sortie de cet enseignement, un étudiant doit être capable de construire / proposer un test paramétrique permettant de valider une hypothèse sur certains paramètres populationnels ou de comparer deux échantillons entre eux. Cette unité est indispensable pour aborder les cours de statistiques proposés ensuite au M1 et au M2.

    Volume horaire : 14h de CM - 16h de TD

    Plus d'informations

  • Anglais (3 crédits)

    Code : OCE106Langue : Anglais.

    Contenu : Compétence Anglais : S'exprimer à l'oral et à l'écrit sur une variété de sujets dans le domaine de Océanographie ; interagir en groupe en anglais à l'oral ; méthodologie du poster scientifique ; être capable de synthétiser des informations, d'émettre des hypothèses, de décrire procédures et graphiques, de défendre ses opinions, de questionner et débattre, d'argumenter et de réfuter des propos.

    Volume horaire : 24h de TD

    Plus d'informations

Master 1 Sciences de la mer : océanographie biologique et écologie marine Semestre 2 Sciences de la mer : océanographie biologique et écologie marine

[ détails ]

  • Anglais (3 crédits)

    Code : OCE201Langue : Français.

    Contenu : Compétence Anglais : S'exprimer à l'oral et à l'écrit sur une variété de sujets dans le domaine de l’Océanographie ; interagir en groupe en anglais à l'oral ; méthodologie d'un séminaire efficace ; conduire et participer aux débats sur sujet scientifiques ; être capable de synthétiser des informations, d'émettre des hypothèses, de décrire procédures et graphiques, de défendre ses opinions, de questionner et débattre, d'argumenter et de réfuter des propos.

    Volume horaire : 24h de TD

    Plus d'informations

  • Biostatistiques (6 crédits)
    • Méthodes quantitatives et analyse de données (6 crédits)

      Code : OBEM202ALangue : Français.

      Contenu : Cette UE s'intéresse aux méthodes statistiques de traitement de grands tableaux de données qui croisent individus x variables. Elle introduit les notations que l'on rencontre communément dans les ouvrages et articles scientifiques qui utilisent ces méthodes. Un accent particulier est mis sur l'aspect géométrique des méthodes et notamment sur leur capacité à réduire la complexité des données par réduction de la dimension et par des représentations graphiques adéquates. Elle permet également aux étudiants de se familiariser avec la généralisation des notions déjà rencontrées en statistique exploratoire unidimensionnelle (moyenne empirique, variance, inertie,...) mais lorsque les observations sont multivariées. Un accent particulier est mis dans cette unité sur l'aspect pratique puisqu'elle propose une illustration et un accompagnement dans la compréhension des méthodes introduites via des exemples concrets pris en océanographie et plus généralement en écologie. Une partie des TDs est effectuée à ce titre sous le logiciel R. Les étudiants programment les méthodes et utilisent les principaux modules préprogrammés sous R sur des jeux de données réels. L'UE est composée d'un tronc commun (TC) pour introduire les principales notions de traitement d'un tableau de données. Ensuite, les étudiants se répartissent en deux groupes (ADV & APPL), en choisissant soit d'apporter un renfort théorique aux notions précédemment introduites, soit de terminer leur UE par une partie appliquée. Dans les deux cas, la démarche pédagogique permet aux étudiants de se confronter à des études de cas concrets.

      Plus d'informations

    • Méthodes quantitatives appliquées (6 crédits)

      Code : OBEM202BLangue : Français.

      Contenu : Cette UE s'intéresse aux méthodes statistiques de traitement de grands tableaux de données qui croisent individus x variables. Elle introduit les notations que l'on rencontre communément dans les ouvrages et articles scientifiques qui utilisent ces méthodes ; cette UE met l'accent sur l'aspect pratique du traitement des données. Un accent particulier est mis sur l'aspect géométrique des méthodes et notamment sur leur capacité à réduire la complexité des données par réduction de la dimension et par des représentations graphiques adéquates. Elle permet également aux étudiants de se familiariser avec la généralisation des notions déjà rencontrées en statistique exploratoire unidimensionnelle (moyenne empirique, variance, inertie,...) mais lorsque les observations sont multivariées. Un accent particulier est mis dans cette unité sur l'aspect pratique puisqu'elle propose une illustration et un accompagnement dans la compréhension des méthodes introduites via des exemples concrets pris en océanographie et plus généralement en écologie. Une partie des TDs est effectuée à ce titre sous le logiciel R. Les étudiants programment les méthodes et utilisent les principaux modules préprogrammés sous R sur des jeux de données réels. L'UE est composée d'un tronc commun (TC) pour introduire les principales notions de traitement d'un tableau de données. Ensuite, les étudiants se répartissent en deux groupes (ADV & APPL), en choisissant soit d'apporter un renfort théorique aux notions précédemment introduites, soit de terminer leur UE par une partie appliquée. Dans les deux cas, la démarche pédagogique permet aux étudiants de se confronter à des études de cas concrets.

      Plus d'informations

  • Options S2 OBEM (21 crédits)
    • Génétique des populations et phylogéographie (6 crédits)

      Code : OBEM201Langue : Français.

      Contenu : Cours magistraux pour présentation des principaux concepts et modèles de la génétique des populations. Travaux dirigés basés sur des exercices (modèles de génétique des populations, tests statistiques associés, interprétation des résultats). Travaux pratiques sur ordinateur : simulations et analyses de données de génétique des populations. Exposés sur articles permettant d’étudier les thématiques et méthodes actuelles en génétique des populations. Exposés d’intervenants extérieurs pour présenter leurs thèmes de recherche.

      Volume horaire : 30h de CM - 20h de TD - 10h de TP

      Plus d'informations

    • Fluctuations et perturbations (6 crédits)

      Code : OBEM203Langue : Français.

      Contenu : L'objectif de cette unité est la présentation des principales causes endogènes et exogènes des fluctuations ainsi que des perturbations naturelles et anthropiques dans les écosystèmes marins. La théorie des perturbations et des régimes «  shift  » sera illustré avec des exemples de la littérature et avec des exercices de TD. Les impacts des perturbations sur les grandes familles d'écosystèmes marins seront présentés.

      Volume horaire : 40h de CM - 20h de TD

      Plus d'informations

    • Eco-Evo-Devo et adaptation (3 crédits)

      Code : OBEM204Langue : Français.

      Contenu : L'objectif de cette UE est de familiariser les étudiants avec les différents mécanismes moléculaires impliqués dans la réponse des organismes aux changements environnementaux (régulation aux niveaux transcriptionnels, post-transcriptionnels, post-traductionnel). La partie théorique sera complétée par des études de cas.

      Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

      Plus d'informations

    • Bioinformatique (3 crédits)

      Code : OBEM205Langue : Français.

      Contenu : Avec l’essor des techniques de séquençage, la bioinformatique/bioanalyse devient une compétence nécessaire aux biologistes. En effet, interroger des bases de données, récupérer des informations et les analyser sont des tâches quotidiennes au sein des laboratoires qui s’intéressent à la biologie moléculaire, à la génétique ou à la génomique. C’est pourquoi nous souhaitons, à travers cette UE, doter les étudiants de connaissances de base sur les outils informatiques et leurs usages dans le domaine de la biologie moléculaire (principes, objectifs, potentiels et limites).

      Volume horaire : 14h de CM - 16h de TP

      Plus d'informations

    • Biodiversité des micro-organismes (6 crédits)

      Code : OBEM206Langue : Français.

      Contenu : Les microorganismes (virus, procaryotes, micro eucaryotes) marins jouent un rôle clef dans le fonctionnement des écosystèmes marins pélagiques et benthiques. Ils interviennent aussi bien dans les processus de production que de dégradation de la matière organique. Ils participent, d'une manière plus générale, aux cycles biogéochimiques de nombreux éléments. Les approches moléculaires ont récemment permis de mettre en évidence l'importante biodiversité des microorganismes marins dans les océans. Elles ont également mis en lumière une forte occurrence des symbioses dont la nature et l'importance demeurent souvent inconnues. Cette UE vise à présenter la diversité et l'écologie des principaux groupes de microorganismes marins. Elle a également pour objectif la compréhension de la complexité des systèmes microbiens et de leur rôle dans le fonctionnement des écosystèmes marins.

      Volume horaire : 32h de CM - 28h de TD

      Plus d'informations

    • Techniques moléculaires (3 crédits)

      Code : OBEM207Langue : Français.

      Contenu : L'analyse de la biodiversité, des associations entre les organismes, des processus évolutifs et adaptatifs peuvent se baser sur des données issues des molécules biologiques (ADN, ARN, protéines). Pour accéder à ces données, les techniques moléculaires sont indispensables. Celles-ci permettent d’isoler, de manipuler et de caractériser les molécules biologiques de n’importe quel type d’organisme (procaryote ou eucaryote) et à différents niveaux d’intégration (de la cellule à la communauté). Après avoir suivi cette UE, les étudiants connaîtront les principales techniques moléculaires (principes, usages, potentiels et limites) et seront capables de choisir les outils les plus adaptés afin de répondre à une problématique donnée. Les étudiants seront aussi capables : (i) de détecter et d’identifier des micro-organismes par la technique FISH (Fluorescent In Situ Hybridization), (ii) d’étudier la biodiversité d’un échantillon par la technique DGGE (Denaturating Gradient Gel Electrophoresis), (iii) de quantifier un gène ou une population par la méthode de PCR en temps réel (qPCR) et (iv) d’analyser à l’échelle individuelle des micro-organismes : dénombrements, physiologie, viabilité (cytométrix en flux).

      Volume horaire : 10h de CM - 2h de TD - 18h de TP

      Plus d'informations

    • Complexité et fonctionnement des écosystèmes (6 crédits)

      Code : OBEM208Langue : Français.

      Contenu : Un des défis majeurs de l'écologie du 21e siècle est de comprendre et d'intégrer dans les modèles la complexité qui caractérise les systèmes biologiques que sont les écosystèmes. Cette UE d'écologie théorique a pour objectif d'apporter les éléments conceptuels (théories et concepts écologiques) et appliqués (e.g. mesure de l’hétérogénéité qui est une des propriétés des systèmes complexes) permettant de comprendre le fonctionnement et la dynamique des écosystèmes. Une première partie est consacrée aux principaux concepts en écologie et à leur évolution (e.g. concept d'écosystème, complexité - hétérogénéité, dynamique) et à aux apports de la thermodynamique dans l'analyse de l’évolution des écosystèmes. La deuxième partie aborde plus spécifiquement la manière d'intégrer d'un point de vue mathématique la complexité (hétérogénéité) dans les études écologiques.

      Volume horaire : 30h de CM - 30h de TD

      Plus d'informations

    • Modélisation avancée en écologie marine (6 crédits)

      Code : OBEM209Langue : Français.

      Contenu : Cette UE est composée de deux parties. L'une propose des méthodes d'analyse de modèles mathématiques en écologie des communautés et des écosystèmes, l'autre met en place des outils de modélisation permettant d'aborder le rôle de l'évolution. Les deux parties sont complémentaires et certaines notions fondamentales sont communes. L'objectif premier est de donner les moyens aux étudiants d'être autonome sur l'utilisation de la modélisation en écologie au sens large. L’UE OPB213 est un élément constitutif de cette unité (voir le descriptif de l’UE OPB213 pour plus de détails si besoin).

      Plus d'informations

    • Zooplancton et planctonophages (6 crédits)

      Code : OBEM210Langue : Français.

      Contenu : L'objectif de cette unité est la présentation des groupes d’organismes du zooplancton, des planctonophages ainsi que de leurs interactions. Ces organismes, au cœur des réseaux trophiques pélagiques transfèrent les flux de matière organique des producteurs pélagiques vers les prédateurs supérieurs. Les analyses de ces interactions permettront aux étudiants de les interpréter dans un contexte environnemental et de changement global.

      Volume horaire : 28h de CM - 12h de TD - 20h de TP

      Plus d'informations

    • Economie, droit et sociologie de l'environnement (6 crédits)

      Code : OCE202Langue : Français.

      Contenu : non disponible.

      Volume horaire : 30h de CM - 30h de TD

      Plus d'informations

    • Mesures en mer (9 crédits)

      Code : OPB201Langue : Français.

      Contenu : Obtenir les connaissances indispensables en instrumentation (océanographique physique et biogéochimique) et effectuer une expérience sur le terrain sous la forme d’une formation embarquée pour la mise en œuvre d’instrumentation spécialisée. Apprentissage du travail en équipe et production d'un compte-rendu de travail de terrain.

      Volume horaire : 20h de CM - 40h de TD - 30h de TP

      Plus d'informations

    • Résolution numérique des équations différentielles ordinaires (3 crédits)

      Code : OPB203Langue : Français.

      Contenu : L'enseignement sera dispensé sous forme de cours magistraux, de Travaux Dirigés illustrant ce cours sous forme d'exercices, et de Travaux Pratiques sur ordinateur durant lesquels les étudiants programmeront (en Fortran 90) la résolution d'EDOs à l'aide de méthodes présentées dans le cours.

      Volume horaire : 14h de CM - 8h de TD - 8h de TP

      Plus d'informations

    • Séries temporelles (3 crédits)

      Code : OPB209Langue : Français.

      Contenu : Méthodes et techniques d'analyse des séries temporelles. Introduction, exemples de séries – préparation d'une série temporelle, données manquantes – décomposition de la série, tendance, saisonnalité et bruit, désaisonnalisation - identification de périodes caractéristiques – analyse de la périodicité – détection de discontinuités – corrélation de séries entre elles – prévision (modèle ARMA) – processus de Markov. Les TD sur machine, utilisant le logiciel R permettent de mettre en application les notions présentées sur des données réelles.

      Volume horaire : 14h de CM - 16h de TD

      Plus d'informations

    • Nutrition minérale des producteurs primaires (6 crédits)

      Code : OPB210Langue : Français.

      Contenu : Cette unité aborde l’étude des facteurs chimiques contrôlant la variabilité spatio-temporelle de la structure et du fonctionnement des producteurs primaires marins. Il s’agit d’appréhender les relations liant la croissance des producteurs primaires (bactéries, phytoplancton, macrophytes benthiques) à la disponibilité en nutriments inorganiques (modèle de Monod, modèle à quota de Droop). Le cours développe les caractéristiques du domaine marin vis–à–vis de la nutrition minérale des macronutriments (C, N, P et Si) et des métaux-traces (principalement Fe) pour illustrer les concepts de facteur limitant (loi de von Liebig) et de co-limitation nutritionnelle. L’objectif est aussi de permettre la formulation des lois mathématiques à partir des différents modèles conceptuels en vue de leur application dans le traitement des données océanographiques et/ou en modélisation numérique.

      Volume horaire : 30h de CM - 20h de TD - 10h de TP

      Plus d'informations

    • Paléocéanographie et paléoclimatologie (3 crédits)

      Code : OPB211Langue : Français.

      Contenu : non disponible.

      Volume horaire : 14h de CM - 16h de TD

      Plus d'informations

Master 2 Sciences de la mer : océanographie biologique et écologie marine Semestre 3 Sciences de la mer : océanographie biologique et écologie marine

[ détails ]

  • Option S3 OBEM (30 crédits)
    • Ecologie microbienne et fonctionnement des écosystèmes (6 crédits)

      Code : OBEM301Langue : Français.

      Contenu : Relation entre procaryotes (synergie, compétition) ou avec des organismes eucaryotes. Impact des communautés microbiennes sur le fonctionnement des écosystèmes et rétroactions. Application dans la gestion des pollutions (eutrophisation, bio-remédiation) ou dans l'émission des gaz à effet de serre.

      Volume horaire : 30h de CM - 30h de TD

      Plus d'informations

    • Invasions et transferts biologiques (3 crédits)

      Code : OBEM302Langue : Français.

      Contenu : Les informations sont apportées en cours et en travaux dirigés sous forme magistrale et sous la forme de publications scientifiques (en anglais) et d'autres documents (y compris des articles de presse). A partir d'études de cas tirées d'invasions et de transferts biologiques, il s'agit de conduire les étudiants à revisiter les grandes théories en biologie et en écologie, à comprendre pourquoi les invasions biologiques constituent des expériences à échelle réelle permettant de comprendre les processus fondamentaux de la vie, à tous ses niveaux d'organisation, et à intervenir dans les débats entre hypothèses concurrentes. D'autres études de cas doivent conduire les étudiants à évaluer et/ou à critiquer les conclusions des auteurs, à la lumière des connaissances apportées dans le cadre de l'Unité OBEM 302 et des autres Unités du Master. L'objectif est, tout en apportant des connaissances de base, de développer chez les étudiants une approche critique, et non pas passive, des résultats publiés, bref une véritable approche scientifique.

      Volume horaire : 14h de CM - 16h de TD

      Plus d'informations

    • Méthodes de caractérisation des communautés benthiques (6 crédits)

      Code : OBEM303Langue : Français.

      Contenu : Les étudiants seront formés d'une part à l'identification des communautés benthiques littorales méditerranéennes et aux moyens mis en œuvre pour les échantillonner et les caractériser (techniques de cartographie sous-marine des biocénoses ; mesures semi-quantitatives dans des quadrats : identifications des espèces benthiques, composition, recouvrement, … ; calcul d'aire minimale ; technique de caractérisation des paramètres d'un herbier de Posidonie ; analyses de la granulométrie ; techniques de recensement des espèces necto-benthiques vagiles associées (poissons : technique des transects de recensements visuels)). Cette UE sera réservée aux étudiants ayant déjà une qualification en plongée sous-marine (niveau 2 CMAS ou équivalent) et se destinant à devenir benthologues.

      Volume horaire : 30h de CM - 30h de TP

      Plus d'informations

    • Systèmes dynamiques et modélisation en océanographie biologique (6 crédits)

      Code : OBEM304Langue : Français.

      Contenu : Cette UE aborde la question de la complexité des dynamiques observées en sciences de l'environnement en général et en écologie marine en particulier. Des séries temporelles sont présentées et des questions scientifiques posées pour émettre des hypothèses sur les raisons de cette variabilité temporelle observée. La théorie des systèmes dynamiques, déterministes et stochastiques, est présentée et utilisée pour développer des outils d'analyse de séries temporelles. Des questions sur la notion de prévision sont abordées avec des outils modernes et puissants. Cette UE complète la formation de M1 en modélisation à plusieurs titres : elle apporte des éléments nouveaux d'analyse, elle permet de mieux appréhender la variabilité des systèmes écologiques et pose précisément le problème de l'explication scientifique en regard de la prévision. L'UE fournit également des méthodes mathématiques générales exploitables dans de nombreux contextes. De nombreux exemples de travaux publiés sont présentés et étudiés pour illustrer les méthodes et leurs potentialités.

      Volume horaire : 30h de CM - 30h de TD

      Plus d'informations

    • Conservation et gestion (3 crédits)

      Code : OBEM305Langue : Français.

      Contenu : non disponible.

      Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

      Plus d'informations

    • Apprentissage, classification et prévision (6 crédits)

      Code : OBEM306Langue : Français.

      Contenu : Cette UE s’adresse aux étudiants désireux d’approfondir leurs connaissances dans le domaine de l’apprentissage en statistiques. Nous proposons de montrer comment à partir des propriétés statistiques d’un échantillon d’une population, on arrive à construire des modèles statistiques permettant la prévision d’une ou plusieurs variables en fonction d’un ensemble de prédicteurs. Un degré d’incertitude de cette prévision peut être associé au modèle ainsi construit. Les cours de cette unité sont illustrés par des études de cas à partir de données provenant de la phylogénétique, de l’écologie et de la physique.

      Volume horaire : 30h de CM - 30h de TD

      Plus d'informations

    • Approche écosystémique des ressources marines exploitées I (3 crédits)

      Code : OBEM307Langue : Français.

      Contenu : non disponible.

      Volume horaire : 10h de CM - 10h de TD - 10h de TP

      Plus d'informations

    • Evolution, adaptation et co-évolution (6 crédits)

      Code : OBEM308Langue : Français.

      Contenu : non disponible.

      Volume horaire : 30h de CM - 30h de TD

      Plus d'informations

    • Statistiques spatiales (3 crédits)

      Code : OBEM309Langue : Français.

      Contenu : non disponible.

      Volume horaire : 14h de CM - 16h de TD

      Plus d'informations

    • Ecotoxicologie (6 crédits)

      Code : OBEM310Langue : Français.

      Contenu : non disponible.

      Volume horaire : 30h de CM - 30h de TD

      Plus d'informations

    • Systèmes d'Information géographique (3 crédits)

      Code : OBEM311Langue : Français.

      Contenu : non disponible.

      Volume horaire : 14h de CM - 16h de TD

      Plus d'informations

    • Génomique environnementale (6 crédits)

      Code : OBEM312Langue : Français.

      Contenu : La génomique environnementale est une discipline émergente qui a vu le jour grâce aux différents bouleversements méthodologiques (ex. séquençage à haut-débit). En permettant l’acquisition massive de données biologiques, ces nouvelles technologies modifient profondément la façon d’envisager les études en évolution, biodiversité et écologie des organismes présents et passés. Dans le cadre de cette UE, nous ferons découvrir aux étudiants les bases méthodologiques de cette discipline (analyse des métagénomes), les informations que cette discipline apporte sur les organismes (diversité, taxonomie, phylogénie et évolution) et leurs interactions avec leur environnement biotique et abiotique (biologie, traits fonctionnels, symbioses).

      Volume horaire : 30h de CM - 30h de TD

      Plus d'informations

    • Indicateurs du milieu marin (6 crédits)

      Code : OBEM313Langue : Français.

      Contenu : L'utilisation d'indicateurs en milieu marin se multiplie depuis quelques années, notamment depuis la mise en place des directives européennes (DCE, DCSMM) qui obligent les états à mettre en place des outils de suivi de la qualité du milieu marin. Cette UE est construite autour de deux axes complémentaire : un axe analyses de l'eau (réglementation microbienne, zone conchylicole et de baignade, indice de contamination fécale, qualité physico-chimique de l'eau) et une axe biologique-benthique avec notamment la construction d'indicateur biologique et écosystémique couplé à des indicateurs de mesures de pressions anthropiques. Les étudiants mettront en application par un travail de terrain avec deux sorties l'une à bord du NO Antedon II pour l'aspect analyses de l'eau et une sortie côtière sur les indicateurs macro-algues couramment utilisés en Europe.

      Volume horaire : 20h de CM - 20h de TD - 20h de TP

      Plus d'informations

    • Procédures d'études d'impacts (3 crédits)

      Code : OBEM314Langue : Français.

      Contenu : non disponible.

      Volume horaire : 10h de CM - 10h de TD - 10h de TP

      Plus d'informations

    • Outils de caractérisation des réseaux trophiques (3 crédits)

      Code : OBEM315Langue : Français.

      Contenu : L'objectif de cette unité est la présentation de la structure et du fonctionnement des réseaux trophiques et de méthodes d’analyse plus couramment utilisées : contenus stomacaux, isotopes stables, métaux et marqueurs lipidiques.

      Volume horaire : 20h de CM - 4h de TD - 6h de TP

      Plus d'informations

    • Approche écosystémique des ressources marines exploitées II (3 crédits)

      Code : OBEM316Langue : Français.

      Contenu : non disponible.

      Volume horaire : 10h de CM - 10h de TD - 10h de TP

      Plus d'informations

    • Dynamique et impact des contaminants organiques (6 crédits)

      Code : OPB302Langue : Français.

      Contenu : Les écosystèmes marins sont soumis et impactés par des apports multiples de contaminants. C'est particulièrement le cas dans les zones côtières du fait du développement croissant des populations humaines et du développement des activités anthropiques (e.g., industries, transports, urbanisation).. Une grande diversité et quantité de composés vont intégrer chroniquement ou accidentellement le milieu marin, tels que les polluants organiques persistants (hydrocarbures aromatiques polycycliques, pesticides organochlorés, polychlorobiphényles, …). C'est aussi le cas de nombreux autres contaminants chimiques, dits émergents, dont les voies d’exposition potentielles et les effets toxiques sont peu ou pas connus (phtalates, filtres solaires, produits pharmaceutiques, retardateurs de flamme, …). La thématique des contaminants en mer est d'intérêt majeur, tant au niveau scientifique que sociétal (e.g., impacts des polluants sur les organismes marins et sur le fonctionnement des écosystèmes, transfert de polluants entre compartiments abiotiques ou vers/dans les réseaux trophiques, de la bioaccumulation de certains contaminants dans les espèces exploités). Cette UE a pour objectif la connaissance et la compréhension des processus biotiques et abiotiques qui régissent la dynamique des contaminants. Elle aborde également les conséquences de leur présence dans les environnements marins et les approches qui peuvent être mis en place pour restaurer les écosystèmes impactés (bioremédiation).

      Volume horaire : 30h de CM - 30h de TD

      Plus d'informations

    • Analyse des signaux en océanographie (3 crédits)

      Code : OPB310Langue : Français.

      Contenu : Ce cours a pour objectif d'enseigner aux étudiants les rudiments d'analyse des signaux temporels ou spatiaux pour identifier les périodicités présentes dans des résultats expérimentaux bruités. Les techniques maîtrisées à l'issu de l'enseignement doivent permettre d'aborder également la préparation de stratégies cohérentes d'échantillonnage préalablement à la réalisation d'une campagne océanographique ou l'analyse de signaux sous forme d'image bidimensionnelle. Le contenu du cours couvre les notions suivantes : signaux déterministes ; signaux aléatoires ; analyse par corrélation ; série de Fourier d'une fonction périodique ; transformée de Fourier ; lien largeur de spectre-durée du signal ; représentation de l'opération d'échantillonnage ; la convolution des signaux ; le théorème d'échantillonnage ; conséquences pratiques pour la programmation des instruments de mesure et la stratégie de déploiement de capteurs.

      Volume horaire : 14h de CM - 16h de TD

      Plus d'informations

Master 2 Sciences de la mer : océanographie biologique et écologie marine Semestre 4 M2 Océanographie biologique et écologie marine

[ détails ]

  • STAGE M2 (30 crédits)

    description non disponible.

Informations diverses

Secrétariat pédagogique :

Modalités d'inscription

Accès en M1 ou en M2 : Les étudiants doivent déposer un dossier de candidature qui sera examiné en commission pédagogique de l'OSU Pythéas. Pour plus de détail sur la procédure à suivre, consultez le site de l'OSU Pythéas : http://www.pytheas.univ-amu.fr/ ?-Scolarite-