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Licence Sciences de la vie et de la TerreUE Microbiologie appliquée aux sciences de l'environnement

Contenu

Les bases de la microbiologie seront enseignées concernant la diversité des micro-organismes, le métabolisme microbien, la génétique et la physiologie microbienne. Des notions d’écologie microbienne seront également développées et notamment le rôle des microorganismes dans le fonctionnement des écosystèmes : cycles biogéochimiques, interactions biotiques (symbioses, parasitisme, antagonismes microbiens, quorum sensing). Un dernier volet s’attachera à sensibiliser les étudiants aux biotechnologies environnementales à travers divers exemples précis comme la bioremédiation.

  • Introduction à la microbiologie : historique, diversité des microorganismes procaryotes et eucaryotes, leur place dans l’environnement.
  • Structures procaryotes : membrane plasmique, paroi, capsule, pili, flagelles, inclusions, spores ; biofilms).
  • Nutrition et croissance : nutriments, milieux de culture, mesure de la croissance microbienne, impact de l’environnement sur la croissance).
  • Métabolisme microbien : principaux types trophiques, cycle de l’énergie cellulaire, respiration (an)aérobie, photosynthèse, glycolyse, fermentation).
  • Contrôle de la croissance microbienne : stérilisation, antibiotiques, Mesure de l’activité antimicrobienne, Résistance aux molécules antimicrobiennes).
  • Les virus : structure, diversité, cycles de multiplication de virus animaux, végétaux et bactériophages).
  • Génétique bactérienne : réplication, transcription, traduction, régulation de l’expression des gènes : diauxie, opéron lactose).
  • Les transferts horizontaux de gènes : conjugaison, transformation et transduction (spécialisée et généralisée) ; nature des fonctions transférées, importance dans les processus évolutifs et adaptatifs des microorganismes ; utilisation de ces phénomènes parasexués bactériens dans le développement du clonage moléculaire).
  • La communication bactérienne : découverte et rôle du Quorum sensing).
  • Interactions plantes-bactéries : les microorganismes dans le sol, la rhizosphère ; bactéries PGPR ; les symbioses fixatrices d’azote, les bactéries phytopathogènes).
  • Les mycètes : diversité, reproduction, intérêts industriels et pharmaceutiques, mycotoxines, champignons phytopathogènes et symbiotiques (mycorhizes).
  • Qualité microbiologique des eaux : Les risques liés à l’eau ; facteurs de virulence bactérienne ; traitements des eaux usées ; contrôle microbiologique.
  • Microorganismes et cycles biogéochimiques : cycle du carbone, de l’azote et du soufre.
  • Biotechnologies environnementales : Bioremédiation des sols (pesticides, PCB, métaux…) et des écosystèmes marins (hydrocarbures) ; phytoremédiation (biostimulation, rhizofiltration) valorisation des déchets (compostage, méthanisation).

Langue utilisée

Langue principale utilisée par cet enseignement : Français.

Pré-requis obligatoires

  • UE Biologie de l'environnement 1 (L2S3)

Volume des enseignements

  • Cours magistraux : 30 heures
  • Travaux dirigés : 18 heures
  • Travaux pratiques : 12 heures

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