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Licence Sciences de la vie et de la TerreParcours type : Mer

Objectifs

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Le parcours Mer développe l’apprentissage d’une approche pluridisciplinaire pour la compréhension d’un écosystème, un organisme ou un processus de l’environnement marin. Cette approche intégrée est fondée d’une part, sur l’acquisition d’un socle de connaissances en biologie, écologie, physique, chimie marines, mathématique et la formation à des techniques d’observation mises en œuvre en laboratoire ou lors de campagnes en mer et d’autre part, sur une initiation à la modélisation numérique.

Ce parcours vise à former de futurs experts en sciences de la Mer. Il prépare, de par sa pluridisciplinarité, à l’entrée dans divers masters. Par exemple, parmi ceux proposés par AMU, peuvent être cités les masters en « Sciences de la mer », « Biodiversité, écologie et évolution », « MEEF », « Gestion de l’environnement », « Géographie, aménagement, environnement et développement ». Il offre également la possibilité d’intégrer certaines écoles d’ingénieurs ou encore une licence professionnelle.

Formation et recherche

Les enseignants du parcours Mer réalisent leurs recherches au sein des trois laboratoires majeurs de l’Institut Pythéas (Aix-Marseille université) dans le domaine des Sciences de la Mer (MIO, IMBE, CEREGE). Les enseignements dispensés dans ce parcours sont donc issus des avancées les plus récentes dans le domaine des Sciences de la mer.

Pré-requis obligatoires

Le parcours Mer est ouvert à tout étudiant de L1 (ayant acquis ses 60 ECTS) du portail Louis Pasteur d'Aix-Marseille Université. Pour les étudiants issus des autres universités ou de parcours de type BTS ou DUT, un examen des compétences acquises sera fait à la lecture du dossier de candidature.

Pré-requis recommandés

Il est recommandé aux étudiants provenant d'un autre cursus d'avoir obtenu, au préalable, un bagage de connaissances de base à la fois en biologie (e.g. biologie cellulaire, biochimie, écologie), statistiques, physique (optique, mécanique, thermodynamique) et mathématiques.

Régimes d'inscription

Cette formation est accessible en

Formation initiale

Le parcours Mer est ouvert à tous les étudiants issus du portail Louis Pasteur d’Aix-Marseille Université ou de L1 SVT d’autres universités. Il est également ouvert sur dossier aux étudiants de BTS (Gestion et protection de la nature) et DUT (principalement génie biologique option génie de l'environnement, option agronomie et option analyses biologiques et biochimiques), souhaitant se réorienter vers le domaine des Sciences de la Mer.

Formation continue

Compétences visées

À l’issue de sa formation, l’étudiant :

  • peut mobiliser un socle de connaissances fondamentales en sciences de la mer afin de résoudre un problème simple en environnement marin.
  • Sait observer, décrire, identifier, discriminer ou encore classifier des organismes, des écosystèmes marins, caractériser la dynamique océanique et la chimie d’un environnement marin donné.
  • Sait mettre en œuvre un protocole, une stratégie d’échantillonnage pour mesurer et acquérir des données en milieu marin.
  • Sait utiliser les appareillages scientifiques de terrain et de laboratoire, ainsi que les logiciels d’acquisition couramment utilisés en sciences de la mer.
  • Sait analyser, interpréter et synthétiser des données en vue de leur exploitation et de leur modélisation.
  • Sait utiliser un logiciel (mathématique, statistique) pour traiter, cartographier, visualiser ou simuler des données expérimentales ou des processus.
  • Sait confronter un modèle à des observations et données expérimentales et apprécier ses limites de validité.
  • Sait identifier les sources d’erreur ou de variabilité pour estimer l’incertitude et la validité d’un résultat expérimental ou numérique.

Métiers visés

Codes ROME :

Spécialités de formation (code NSF) :

  • 111g : Physique-chimie de l'environnement
  • 113g : Sciences (biologie-géologie) de l'environnement, des écosystèmes
  • 114c : Mathématiques de la physique, de la chimie, de la biologie

Stages et projets encadrés

L’approche pédagogique par projets tutorés tient une place majeure dans le parcours Mer. Ce type de projets mené en individuel ou petit groupe permet aux étudiants de se former au travail de synthèse sur un sujet bibliographique, un jeu de données issu du terrain ou de la modélisation. Un stage optionnel d’une durée de minimum deux semaines en laboratoire ou en entreprise est proposé au cours du dernier semestre du parcours.

Volume des enseignements

  • Cours magistraux : 440 heures
  • Travaux dirigés : 404 heures
  • Travaux pratiques : 203 heures
  • Stage : 2 semaines

Enseignements délocalisés

Les enseignements du parcours MER se déroulent uniquement sur le site du campus de Luminy, Marseille.

Modalités pédagogiques particulières

Les étudiants assistent aux cours magistraux qui sont illustrés de manière concrète au cours de séances de travaux dirigés et pratiques – sorties en mer et sur le littoral, séances en salle informatique. L’acquisition des connaissances est évaluée au travers de contrôles continus (partiels, comptes-rendus de travaux pratiques et de sorties, exposés) et d’un examen terminal. L'évaluation des compétences s’effectue, quant à elle, tout au long du cursus à travers un e-portfolio évalué et validé à la fin de la troisième année.

Semestre 3 Mer

[ détails ]

  • Anglais 1 – Français (3 crédits)

    Code : S12AN3I2Langue : Français.

    Contenu : Manipulation des structures de base de la langue Compréhension d'un bref document authentique, écrit ou audio Prise de parole de façon spontanée sur un sujet d’actualité Expression d'une opinion par écrit Lexique scientifique de base

    Volume horaire : 28h de TD

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  • Statistiques 2 pour SVT (3 crédits)

    Code : S12BE3M1Langue : Français.

    Contenu : Cette UE est la suite de l'UE de statistiques proposée dans le portail Louis Pasteur. Elle poursuit le contenu des enseignements du portail avec une introduction aux variables aléatoires et distributions de probabilités. Une partie introductive sur l'estimation des paramètres de ces lois est proposée. Un étudiant qui sort de cette UE doit savoir se servir d'une densité et d'une fonction de répartition pour estimer des probabilités d'évènements pour une expérience aléatoire donnée. Il doit également être capable d'estimer un intervalle de variation des paramètres estimés de ces lois.

    Volume horaire : 16h de CM - 14h de TD

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  • Processus et théories écologiques (6 crédits)

    Code : S12BE3O1Langue : Français.

    Contenu : L'écologie a pour but l’étude de l’organisation, du fonctionnement et de l’évolution des systèmes biologiques (organismes, communautés, écosystèmes, biosphère). L'objectif de cette UE est l'acquisition des concepts fondamentaux de la théorie écologique permettant de comprendre la répartition spatiale et temporelle des organismes et le fonctionnement des écosystèmes. Écologie et lois en écologie, définitions et concepts (habitat, niche, écosystème, fermeture des écosystèmes et écotones, notion d'échelle). Facteurs physicochimiques organisateurs (facteurs écologiques). Processus biologiques organisateurs (compartiments fonctionnels, symbioses, dynamique des populations, mèmes, production et dissémination des diaspores, installation et recrutement, biodiversité, espèces clefs et ingénieurs d'écosystèmes).

    Volume horaire : 40h de CM - 10h de TD - 4h de TP

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  • Outils mathématiques pour les sciences de la mer (4 crédits)

    Code : S12BE3O4Langue : Français.

    Contenu : L'unité vise à présenter des techniques de calcul scientifique en présentant leur contexte mathématique pour mieux comprendre leur fonctionnement et leurs limites. Les notions abordées dans cette UE concernent : l'algèbre linéaire, les applications linéaires en dimension finie, l'introduction aux matrices et le calcul matriciel, la diagonalisation des matrices, quelques rappels sur l'analyse de fonctions à une ou plusieurs variables, l'étude des extrema des fonctions à une ou plusieurs variables, les systèmes différentiels linéaires, quelques éléments de calcul différentiel et introduction aux notations d'opérateurs différentiels utilisés en physique, les formes bilinéaires et les formes quadratiques associées et les produits scalaires, la projection orthogonale.

    Volume horaire : 20h de CM - 20h de TD

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  • Introduction à l'océanographie (campagne en mer) (4 crédits)

    Code : S12OS3O2Langue : Français.

    Contenu : L’océanographie étant une science pluridisciplinaire, des connaissances et concepts indispensables en physique (bassins et courants, propriétés physique de l’eau de mer, bases d'hydrodynamique), en chimie (composition chimique de l'eau de mer et ses principales propriétés) et en biologie (organismes vivant dans les océans, réseaux trophiques et structures des écosystèmes) marines seront présentés. Cela permettra aux étudiants de prendre conscience des interrelations existant entre ces disciplines dans les processus observés dans l'océan. La sortie en mer sera l'occasion pour les étudiants de découvrir le travail de terrain de l'océanographe et le fonctionnement de ses principaux instruments de prélèvement et de mesures.

    Volume horaire : 20h de CM - 16h de TD - 4h de TP

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  • MER Océan, atmosphère, climat (4 crédits)

    Code : S12OS3O3Langue : Français.

    Contenu : Le parcours de la Terre sur son orbite et la distribution de l’énergie. Répartitions temporelle et spatiale de l’énergie et des accélérations qui gouvernent la dynamique des fluides (océan, atmosphère) à la surface de la terre. Actions et rétroactions océan-atmosphère-biosphère-climat. Dynamique du climat à diverses échelles d’espace (grandes oscillations et interactions O-A) et de temps (ex. activité cyclonique). Évolution du climat historique et actuel ; effets de l’activité anthropique (interactions à double sens Homme–climat).

    Volume horaire : 18h de CM - 18h de TD - 4h de TP

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  • Projet personnel et professionnel étudiant 2 au semestre 3 (3 crédits)

    Code : S12PP3I1Langue : Français.

    Contenu : Découverte et étude des organisations professionnelles et des entreprises. Sensibilisation à la création d’entreprise . Approche des environnements professionnels liés aux disciplines ; opportunités professionnelles . Approfondissement du projet personnel, de formation et professionnel.

    Volume horaire : 2h de CM - 8h de TD

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  • Option S3 MER 1 UE (1 UE à choisir parmi 3) (3 crédits)
    • Pollution et conséquences environnementales (3 crédits)

      Code : S12BE3O6BLangue : Français.

      Contenu : Origine, et conséquences locales, régionales et globales des pollutions de différents types (physique, chimique, biologique) sur l'eau, l'atmosphère et le sol. Illustration du phénomène d’eutrophisation.

      Volume horaire : 18h de CM - 4h de TD - 4h de TP

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    • Biologie des organismes marins (3 crédits)

      Code : S12BE3O6CLangue : Français.

      Contenu : L'UE vise à donner un solide bagage aux étudiants SVT du parcours mer en zoologie, anatomie comparée, en complétant par l'observation les aspects non abordés en S1 et S2. Des caractéristiques morpho-anatomiques externes et internes (tube digestif, systèmes circulatoire, respiratoire, d'excrétion, nerveux, reproducteur et organes de sens) seront décrites et observées chez certains groupes de protostomiens et deutérostomiens.

      Volume horaire : 6h de CM - 24h de TP

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    • Énergies renouvelables (3 crédits)

      Code : S12OS3O6ALangue : Français.

      Contenu : Donner aux étudiants les premiers éléments de compréhension du fonctionnement des dispositifs d'exploitation des énergies marines. Rappels sur le concept d'énergie, principe de conservation, unités des différentes formes, ordres de grandeur des énergies mises en jeu dans les phénomènes naturels. Transformation des formes d'énergie, machines, cycles, rendements. Mécanismes générateurs et sources d'énergie dans l'océan, gisements : marées, houles, vent, courant, énergie thermique des mers, pression osmotique algues et biocarburants, etc. Dispositifs d'extraction et dimensionnement, hybridation, contraintes d'exploitation, stockage et distribution de l'énergie. Contexte sociétal et économique. Conflits d'usage.

      Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

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Semestre 4 Mer

[ détails ]

  • Anglais 2 – Français (3 crédits)

    Code : S12AN4I2Langue : Français.

    Contenu : Révision des bases en orthographe et grammaire. Compréhension écrite et orale d’articles scientifiques ou de vulgarisation. Synthèse d’articles.

    Volume horaire : 28h de TD

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  • Programmation (4 crédits)

    Code : S12BE4O2Langue : Français.

    Contenu : L'enseignement proposé par cette UE a pour vocation d'initier les étudiants aux bases de l'algorithmique et la programmation. À l'opposé de l'utilisation de logiciels ou de toolboxes « clefs en main », l'objectif est au contraire d'être capable de partir d'un problème à analyser, de développer soi-même un algorithme permettant d'y apporter une solution et enfin d'implémenter un programme informatique. Les enseignants prendront soin de proposer des exercices et problèmes d'application associés au contexte scientifique des sciences de la mer.

    Volume horaire : 40h de TP

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  • Microbiologie (4 crédits)

    Code : S12BE4O3Langue : Français.

    Contenu : L’objectif de cette UE est de faire découvrir aux étudiants la microbiologie et ses objets d’étude : les bactéries, les archées et leurs virus. Ces formes de vie sont prédominantes sur notre planète et colonisent la grande majorité des habitats terrestres grâce à la formidable diversité de leur métabolisme, de leur physiologie et de leur style de vie. Cet enseignement abordera des aspects fondamentaux sur les structures cellulaires des procaryotes, leur croissance, leur adaptation aux stress environnementaux et aux conditions extrêmes, leur reproduction et leur virus. Des aspects plus appliqués sur les méthodologies d’études, la lutte antimicrobienne et les applications biomédicales et industrielles des microorganismes seront aussi abordés. Compétences techniques développées : ensemencement et culture de bactéries, suivi de croissance (spectrophotométrie), taux de croissance, dénombrement cellulaire, observations au stéréomicroscope et microscope, état frais, coloration de Gram, hygiène et sécurité dans un laboratoire de microbiologie.

    Volume horaire : 20h de CM - 8h de TD - 12h de TP

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  • Chimie analytique (4 crédits)

    Code : S12OS4O1Langue : Français.

    Contenu : Cette UE vise à former les étudiants à la chimie analytique et à ses applications aux mesures dans l'environnement marin. Cette UE s'efforce à la fois de fournir à l'étudiant les bases théoriques permettant de comprendre le fonctionnement des méthodes (cours), des applications concrètes de leur utilisation dans les sciences de la mer (travaux dirigés) et la mise en pratique au travers de deux séances de travaux pratiques. Présentation des techniques de mesures spectroscopiques, électrochimiques, dosages volumétriques, notions de chimie analytique (estimation d’erreurs, étalonnage, effets de matrice, etc.), nouvelles plateformes de mesure en océanographie (capteurs automatisés).

    Volume horaire : 20h de CM - 12h de TD - 8h de TP

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  • Spécialisation S4 (12 crédits)
    • Spécialisation biologie écologie (S4) (12 crédits)
      • Connaissances et techniques du gène (6 crédits)

        Code : S12BE4O4ALangue : Français.

        Contenu : L'ADN, support de l'information génétique, sera détaillé dans sa structure primaire, secondaire, tertiaire et quaternaire afin de comprendre les différentes techniques de biologie moléculaire exposées en deuxième partie du cours et utilisées en TD et en TP.

        Volume horaire : 30h de CM - 20h de TD - 10h de TP

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      • Diversité des eucaryotes (6 crédits)

        Code : S12BE4O4BLangue : Français.

        Contenu : Cette UE vient compléter le bagage en biologie des organismes–naturaliste par rapport à deux UE proposées dans le portail Louis Pasteur. Ce bagage est nécessaire pour les étudiants souhaitant s'orienter vers la biologie et l'écologie marine puisqu'il leur permettra de connaître des organismes aux rôles clefs dans les écosystèmes marins : phæophycées (algues brunes), rhodophytes (algues rouges), chlorophytes (algues vertes), rhizaria (dont foraminifères), holozoaires. Ces taxons seront abordés de manière théorique en insistant sur les aspects évolutifs et illustrés en travaux pratiques afin que chaque étudiant soit capable de reconnaître et d'observer précisément des espèces incontournables des côtes méditerranéennes.

        Volume horaire : 18h de CM - 4h de TD - 38h de TP

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    • Spécialisation physique et biogéochimie (S4) (12 crédits)
      • Mécanique des fluides (6 crédits)

        Code : S12OS4O5ALangue : Français.

        Contenu : L'étude de la mécanique des fluides est la base de divers domaines d'étude comme l'océanographie, la météorologie, la climatologie, l'ingénierie, l'aéronautique et de domaines spécialisés en biologie (hémodynamique, biodynamique, etc.). L'objectif du cours est de fournir à l'étudiant les connaissances et les outils nécessaires pour continuer ses études dans une de ces disciplines. Les cours magistraux sont illustrés avec des exemples de recherche scientifique actuelle (ex., mesures eulériennes versus lagrangiennes en océanographie) et par les TD. Généralités fluides, rappel dimension et unités, lois de conservation, propriétés des fluides. Hydrostatique : étude des fluides au repos ou accélérés en bloc : pression, forces hydrostatiques, force d'Archimède. Hydrocinématique : étude du mouvement, en faisant abstraction des causes du mouvement ; méthodes de Lagrange et d’Euler, lignes de courant, équation de continuité, fonction de courant, potentiel des vitesses, exemples d’écoulements classiques et océanographiques. Hydrodynamique : étude des fluides en mouvement ; dynamique des fluides parfaits incompressibles, équation d’Euler, équation de Bernoulli, interprétation énergétique ; introduction aux équations de Navier-Stokes et à l'océanographie.

        Volume horaire : 30h de CM - 30h de TD

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      • Ondes dans l'océan (6 crédits)

        Code : S12OS4O5BLangue : Français.

        Contenu : Donner aux étudiants du parcours mer de licence SVT une vision unifiée des phénomènes ondulatoires et des méthodes générales permettant de les décrire et de les étudier. Illustrer ces techniques générales à partir d'exemples d'ondes rencontrées dans le milieu océanique. Oscillateurs et modes normaux ; phénomène de battement ; onde stationnaire ; équation d'onde ; onde propagative ; vitesse de phase et de groupe ; relation de dispersion. Application à quelques exemples d'ondes mécaniques rencontrées dans l'océan : oscillations de bassin, marées, houles, ondes internes, ondes de Rossby, ondes de capillarité, ondes sonores, etc.

        Volume horaire : 40h de CM - 20h de TD

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  • Option S4 MER (1 UE à choisir parmi 3) (3 crédits)
    • Bioénergétique (3 crédits)

      Code : S12BE4O6ALangue : Français.

      Contenu : Processus cellulaires, responsables des flux d'énergie dans les systèmes vivants (comme la respiration aérobie ou anaérobie, la fermentation, la photosynthèse ou les autres voies du métabolisme) qui consomment ou produisent de l'énergie emmagasinée dans les molécules ou issu de la lumière. Illustration du rôle écologique de certains de ces processus. Notions de système redox et transfert d'électron et d'énergie libre, introduction au métabolisme, catabolisme, anabolisme, transporteur d'électron, molécule énergétique. Organismes chimio-organotrophe (glycolyse, cycle de Krebs, beta-oxydation), organismes chimio-lithotrophe et synthèse d'ATP en présence ou non d'oxygène. Organisme photolithotrophe (phase photochimique de la photosynthèse) et photo-organotrophe. Organisme hétérotrophe et organisme autotrophe (deux exemples d'organismes utilisant le cycle de Calvin, phototrophe et non phototrophe), organismes en C3 et C4.

      Volume horaire : 14h de CM - 12h de TD - 4h de TP

      Plus d'informations

    • Statistiques approfondies (3 crédits)

      Code : S12BE4O6CLangue : Français.

      Contenu : Cette UE s'adresse aux étudiants désireux d'approfondir leurs connaissances en statistiques et probabilités de base. Le contenu est la suite directe de celui de l'UE statistiques 2 pour SVT. Elle reprend les grandes lignes de l'estimation de paramètres et permet de déboucher sur les techniques d'inférence statistique, plus particulièrement les tests paramétriques–non-paramétriques de comparaison de paramètres distributionnels. Vecteurs aléatoires et distributions multivariées, grands théorèmes de convergence, estimation de paramètres (maximum de vraisemblance, moindres carrées), tests.

      Volume horaire : 16h de CM - 14h de TD

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    • Structure et évolution géologique des océans (3 crédits)

      Code : S12ST4O6BLangue : Français.

      Contenu : L'UE structure et évolution géologique des océans a pour objectif de fournir aux étudiants une vision approfondie de la tectonique des plaques, processus menant à la formation et la disparition des océans au cours des temps géologiques. L'UE s'articule en terme de connaissance sur une processus d'apprentissage en suivant chronologiquement de la formation d'un océan jusqu'à sa disparition après l'introduction des principes de bases en tectoniques des plaques (cycle de Wilson, bassins intraplaques, rifting et fissures crustales, bassins en contexte divergent et convergent, subduction CO-CO et CO-CC, collision en chaîne de montagnes). Les TD ont pour objectifs de se focaliser sur les différents outils et techniques permettant d'observer la tectonique des plaques, les forces en action, mais aussi la morphologie et la composition des bassins océaniques, et les reliques des anciens bassins océaniques présent dans les chaînes de montagnes. À chaque séance, un nouvel outil ou méthode d'observation sera utilisé afin de voir un panel exhaustif des méthodes existantes.

      Volume horaire : 14h de CM - 16h de TD

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Semestre 5 Mer

[ détails ]

  • Anglais 3 – Présentation de travaux scientifiques (3 crédits)

    Code : S12AN5I1Langue : Français.

    Contenu : Les enseignements reposent sur la lecture, la compréhension et la restitution d’articles scientifiques sélectionnés en lien avec une thématique principale. Chaque groupe d’étudiants constitués (3 à 5 étudiants) aura à sa disposition trois articles de niveaux différents (1 article de vulgarisation, 2 articles axés recherche) L’enseignement portera à la fois sur l’étude de la grammaire, le vocabulaire, les tournures de phrase et l’orthographe (avec l’enseignant de langue anglaise), et sur la compréhension de la démarche scientifique, des résultats, conclusions et perspectives scientifiques (avec l’enseignant scientifique référent du parcours).

    Volume horaire : 26h de TD

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  • Initiation à la modélisation en écologie (4 crédits)

    Code : S12BE5O2Langue : Français.

    Contenu : Cette unité vise à présenter quelques modèles classiques en écologie et initier les étudiants à une démarche de modélisation, qui signifie ici le développement de formulations pour représenter des phénomènes naturels. Les outils mathématiques vus dans les années antérieures sont complétés et étendus pour permettre l'analyse des modèles présentés dans le cours et ces analyses sont utilisées pour interpréter les sorties des modèles en fonction des hypothèses sous-jacentes et des valeurs des paramètres. Toutes les méthodes vues ici sont analytiques. Les développements numériques et simulations sont vus dans d'autres unités de L3 complémentaires. Formulation de processus, équation bilan, temps discret et temps continu, variables d'état et paramètres, etc. Modèles classiques en écologie (croissance, compétition, prédation, etc.), relation entre hypothèses écologiques et formulation mathématique. Modèles et théories en écologie : de l'observation à l'explication. Fondements des systèmes dynamiques (notions d'équilibre d'un modèle, de stabilité d'équilibre, critères de calculs associés par linéarisation au voisinage des équilibres). Espace de phase, portraits de phase, isoclines. Analyse des modèles classiques et interprétation écologique associée. Présentation de modèles issus de l'écologie marine (formulation, interprétation des modèles, analyse et interprétation écologique des résultats).

    Volume horaire : 20h de CM - 20h de TD

    Plus d'informations

  • Régression et approximation 1 (3 crédits)

    Code : S12BE5O4Langue : Français.

    Contenu : Cette UE s'adresse aux étudiants qui souhaitent approfondir leurs connaissances dans le domaine de l'interpolation et de l'approximation de fonctions. Elle introduit également les notions de régression des moindres carrés utile dans de nombreux domaines de l'écologie, de la physique dès lors que l'on cherche à estimer les paramètres d'un modèle en utilisant des données. Interpolations de fonctions–polynômes. Régressions linéaires simple et multiple.

    Volume horaire : 16h de CM - 14h de TD

    Plus d'informations

  • Approches biogéochimiques (4 crédits)

    Code : S12OS5O1Langue : Français.

    Contenu : Comprendre et assimiler la notion de cycle biogéochimique ainsi que le rôle des enveloppes fluides (hydrosphère, atmosphère) et de la biosphère dans les équilibres biogéochimiques terrestres des principaux éléments constitutifs du vivant (C, N, P, S, Si). Présentation des principales modifications des cycles biogéochimiques de C, N, P et Si sous l’effet des activités humaines et des changements globaux (déconvolution des oscillations climatiques et de la perturbation anthropique, notions de stationnarité et non–stationnarité). Présenter l’intérêt de l’utilisation des traceurs géochimiques (isotopes stables et radioactifs) dans les études biogéochimiques (illustrations en biogéochimie marine).

    Volume horaire : 28h de CM - 12h de TD

    Plus d'informations

  • Programmation en langage interprété (4 crédits)

    Code : S12OS5O3Langue : Français.

    Contenu : L’objectif de cette UE est la programmation en langage interprété, L'enseignement de cette UE sera fondé sur les applications d’UE plus théoriques (Initiation à la modélisation et Régression et approximation 1) du même semestre, et à la préparation des UES intégratives du semestre 6 (utilisation de fichiers de données ascii et auto-descriptif). Apprentissage des spécificités Matlab–Octave par rapport au fortran (matrices, produits matriciels). Programmation avec un algorithme simple d’une interpolation polynomiale (Lagrange, etc.) et comparaison avec la fonction Matlab–Octave correspondante (interp1, 2). Récupération et chargement des fichiers de données ascii en 1D (série temporelle, calibration–validation), appliquer la méthode d’interpolation, représentation graphique. Fichiers auto-descriptifs (netcdf) : intérêt, chargement et utilisation ; Représentation graphique et interprétation de fichiers (plus de 2D) de données in situ et satellites, de sorties de modèles numériques (ex : fichiers du site CMEMS de Copernicus). Création de fonctions. Simulation de modèles Équations différentielles (EDO) temps discret (ode45, autres méthodes d’intégration). Calcul de matrices Jacobiennes, valeurs propres et tests de stabilité (fonction eig). Intro à R ; génération de nombres aléatoires, graphiques 2D, 3D. Régression linéaire 1D. Régression linéaire 1D, 2D. Diagnostiques régression, comparaison package. Régression polynomiale ; bouchage de trous d’images ; séries de Fourier.

    Volume horaire : 40h de TP

    Plus d'informations

  • Spécialisation BE - PB (6 crédits)
    • Biologie moléculaire (6 crédits)

      Code : S12BE5O5ALangue : Français.

      Contenu : Régulation de l'expression des gènes, adaptations aux conditions environnementales, les méthodes d’analyse de la diversité moléculaire, notion de marqueur génétique, les différents types de marqueurs génétiques. Les outils de la génétique des populations eucaryotes interprétation de résultats d’analyses génétiques (génotypage, hérédité) ; marqueurs nucléaire et cytoplasmiques, conversation échantillon, conservation ADN, extraction ADN, microsatellites, SNP, allozymes, RFLP, SSCP, lien génétique et adaptation. La régulation de l’expression des gènes et de la synthèse des protéines en relation avec l’adaptation aux conditions environnementales (ex : répression catabolique, résistance stress thermique, stress oxydant, quorum sensing), et études de l'expression des gènes (qPCR, q-RT-PCR, reverse transcription, gène rapporteur). Épigénétique, Concepts et techniques d’études (gel SDS pages, gel 2D, western blot, hybridation in situ).

      Volume horaire : 24h de CM - 24h de TD - 12h de TP

      Plus d'informations

    • Dynamique des océans (6 crédits)

      Code : S12OS5O5BLangue : Français.

      Contenu : L'enseignement pose les fondements pour étudier les processus à la base des mouvements océaniques. En partant des lois de la conservation de la masse et de la quantité de mouvement on arrive aux modernes équations de la circulation océanique. On développera la technique de l'adimensionalisation on peut ensuite simplifier ces équations pour obtenir les solutions analytiques qui sont les grands modèles classiques de l'océanographie physique moderne. Une introduction à l'étude de l'impact de la circulation sur la biogéochimie marine ainsi que à la modélisation numérique de la circulation est donnée en fin du cours. Équations de l’hydrodynamique (rappels : lois de Newton et décompositions de vitesse et accélération, équations d’Euler, forces agissant sur le milieu marin, écoulement turbulent et équations de Reynolds). Analyse des ordres de grandeur et nombres sans dimensions (technique de l'adimensionalisation, nombre de Reynolds, Rossby et Ekman). Courants sans frottement (écoulement géostrophique, courant d’inertie). Courants avec frottement (Spirale d'Ekman, Upwelling et Downwelling, Circulation générale forcée par le vent, Circulation de Sverdrup et de Stommel). Équation en eaux peu profondes et vorticité (définition, loi de conservation). Introduction aux modèles numériques océaniques.

      Volume horaire : 34h de CM - 26h de TD

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  • Option S5 MER (1 UE à choisir parmi 3) (3 crédits)
    • Reproduction et développement (3 crédits)

      Code : S12BE5O6BLangue : Français.

      Contenu : L'objectif de cette unité est de décrire les principaux mouvements morphogénétiques qui permettent l'édification d'un organisme adulte à partir d'un zygote. L'objectif est de comparer les grandes étapes du développement dans différents taxons afin d'illustrer les notions de diversité et d'unité du vivant. Les mécanismes cellulaires seront abordés et complétés en fin de cours par un aspect génétique et une ouverture sur la génétique du développement comparée. Introduction et généralité sur la gamétogenèse et la fécondation. Développement de l’oursin, des amphibiens. Modèle annélide. Introduction à la génétique du développement comparé (Évo-Dévo).

      Volume horaire : 14h de CM - 8h de TD - 8h de TP

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    • Projet en modélisation 1 (3 crédits)

      Code : S12BE5O6DLangue : Français.

      Contenu : Cette unité permet aux étudiants de mettre en œuvre sur des exemples ciblés, l'ensemble des connaissances fournies dans les unités de mathématiques et de statistiques, pour résoudre des problèmes issus des sciences de l'environnement marin. Plus précisément, cette unité fournit aux étudiants les éléments techniques qui leur permettront de programmer les méthodes quantitatives. Approche pédagogique par projet : les étudiants disposent d'une documentation ciblée présentant quelques modèles (physique et biologie) et des outils numériques pour la simulation. Les documents sont analysés en cours magistraux et les étudiants programment les modèles du cours et testent des méthodes numériques sur des exemples simples. Présentations de quelques schémas numériques simples de simulations d'équations différentielles. Présentation de calcul de distances entre modèles et données. Programmation des algorithmes précédents. Simulations numériques.

      Volume horaire : 16h de CM - 14h de TP

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    • Sédimentologie marine (3 crédits)

      Code : S12ST5O6CLangue : Français.

      Contenu : L'unité présente de manière synthétique les processus permettant la formation des principaux types de particules sédimentaires, leur transport et leur accumulation dans les milieux océaniques. L'unité est construite de manière à appréhender les phénomènes sédimentaires marins dans leur globalité soulignant l'importance et la sensibilité environnementale des dépôts sédimentaires marins. Les grands types de roches, les différentes particules, les modes d'altération aux modelés lithologiques. Notion de bassins sédimentaires océaniques, la sédimentation marine à dominante terrigène. Carbonate néritique et océanique. Composition sédimentaire des bassins océaniques. Sortie sur le terrain : embouchure du Rhône : carottage dans les systèmes lagunaires, plages et embouchure.

      Volume horaire : 12h de CM - 10h de TD - 8h de TP

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  • Professionnalisation (3 crédits)

Semestre 6 Mer

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  • Anglais 4 - Rédaction scientifique (4 crédits)

    Code : S12AN6I2Langue : Français.

    Contenu : Travail de compréhension écrite en anglais : divers sujets du domaine étudié. Travail de compréhension de l'oral à partir de podcasts, vidéos en anglais (anglophones ou étrangers). Exercices d'entraînement à l'oral et à l'écrit (anglais). Travail coopératif de recherche et de rédaction d'un rapport scientifique en anglais. Mise en situation de recherche d'emploi et pratique coopératif à l'oral (anglais). Étude et rédaction de résumé personnel professionnel en anglais. Exposé des bases universelles de la rédaction scientifique et technique (document écrit, poster), en anglais et en français. Exercice de critique de documents existants (fautes majeures, erreurs pédagogiques, etc.). Consolider les bases de la compréhension de l'écrit par le biais de l'étude de documents authentiques anglais (sites web scientifiques : podcasts, vidéos, articles) et de la production en anglais et à l'oral d'une présentation de dix minutes sur le contenu scientifique étudié et présenté en français en « présentation de travaux scientifique » (semestre 5). Travail coopératif de mise en situation à l'oral de l'entretien d’embauche ; production individuelle à l'écrit du CV en anglais.

    Volume horaire : 40h de TD

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  • Chimie des eaux naturelles (4 crédits)

    Code : S12OS6O1Langue : Français.

    Contenu : À partir d’un cours magistral, fondé essentiellement sur la théorie des équilibres chimiques pour expliquer la composition des eaux naturelles, et de travaux dirigés, les étudiants sont amenés à mettre en pratique leur enseignement au cours de trois manipulations expérimentales de 4 h. L’ensemble de cette formation de 40 h est complétée par un enseignement d'atomistique et de chimie analytique pour fournir aux étudiants les bases théoriques et pratiques de la chimie des eaux naturelles. La composition chimique des eaux naturelles (composition, origine de la composition chimique, l’eau et ses propriétés particulières). Application des données thermodynamiques (le modèle d’équilibre, les constantes d’équilibres, calcul à d’autres températures et pressions, rappel sur la notion d’activité et concentration). Acides et bases (généralités, calcul d'équilibres, équilibres des carbonates en systèmes ouvert et fermé : eau de pluie, dissolution de la calcite). Précipitation et dissolution (précipitation et dissolution des phases solides en tant que mécanisme de régulation de la composition des eaux naturelles, équilibre de solubilité des hydroxydes et des carbonates, variables influençant la solubilité, phase solide contrôlant la solubilité).

    Volume horaire : 20h de CM - 8h de TD - 12h de TP

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  • 2 UE à choisir parmi 3 (8 crédits)
    • Écologie des systèmes marins (4 crédits)

      Code : S12BE6O10ALangue : Français.

      Contenu : L’objectif principal de cette UE est de permettre aux étudiants de comprendre les processus clefs qui régissent le fonctionnement des écosystèmes marins pélagiques. Les principales caractéristiques de la matrice environnementale et des réseaux trophiques pélagiques sont étudiées. L’accent est mis sur l’aspect dynamique du fonctionnement des systèmes hétérogènes que sont les écosystèmes marins pélagiques et sur l’importance fonctionnelle du couplage à différentes échelles spatiales et temporelles entre les processus biologiques et physico-chimiques. Cette UE permet également d’acquérir les outils et concepts nécessaires à l’étude des biocénoses marines en interaction avec les paramètres environnementaux. Les biocénoses benthiques méditerranéennes des substrats solide et meuble servent de modèle d’étude. Les différents concepts écologiques étudiés seront illustrés et étudiés par l’analyse de données issues de la littérature portant sur la structure et sur le fonctionnement des écosystèmes pélagiques ainsi que l'analyse des communautés des biocénoses benthiques. Écologie et synécologie, concept d'écosystème, complexité des systèmes et importance du couplage à différentes échelles des processus physiques, chimiques et biologiques. Évolution et enjeux de l’écologie des systèmes marins (évolution des paradigmes ; apports récents des outils moléculaires – place des microorganismes dans le fonctionnement des écosystèmes marins – principaux groupes photo-autotrophes et hétérotrophes – rôle des virus). Principales caractéristiques de la matrice environnementale (provinces océaniques ; stratification et gradients : lumière, température, sels nutritifs, pression hydrostatique, matière organique, accepteurs d'électrons), incidence sur la dynamique des communautés photo-auto(hétéro)trophes. Hétérogénéité et patchiness des communautés zooplanctoniques. Réseaux trophiques (caractéristiques structurelles et fonctionnelles ; évolution du concept ; exemple de réseau pélagique : le golfe du Lion ; exemple de réseau benthique : l'écosystème à Posidonia oceanica ). Biocénotique : aspects théoriques. Le contexte régional méditerranéen. Les biocénoses benthiques de Méditerranée (étagement, substrats meubles, substrats solides, succession de biocénoses, pressions anthropiques).

      Volume horaire : 28h de CM - 12h de TD

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    • Physiologie des organismes marins (4 crédits)

      Code : S12BE6O10BLangue : Français.

      Contenu : L'UE vise à donner un solide bagage en physiologie des organismes marins, en complétant certains aspects et groupes d'organismes non ou peu abordés dans les semestres précédents. Des caractéristiques physiologiques (osmo-régulation, respiration, nutrition, organes de sens, organes venimeux) seront décrites et observés chez certains groupes d'organismes marins. Régulation ionique et osmotique. Respiration. Nutrition. Organe des sens.

      Volume horaire : 30h de CM - 10h de TD

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    • Océan-Atmosphère : évolution à long terme (4 crédits)

      Code : S12ST6O10CLangue : Français.

      Contenu : Cette UE a pour objectif d'initier les étudiants à la compréhension de l'évolution de l'océan et du climat aux échelles de temps longues (10 à 1000 milliers d'années). Présentation des méthodes appliquées aux archives climatiques (physiques, chimiques, biologiques, traitement des données des séries temporelles). Approche par étude de cas à partir des résultats des grands programmes internationaux de forage des archives océanique (IODP) et glaciaire (EPICA). Rappel sur le système climatique, les interactions océans-atmosphère et leur rôle au sein de la machine climatique. Quelles sont les principales archives naturelles du système climatique et comment les dater ? Focus sur les archives marines et les archives glaciaires. Traceurs de la variabilité climatique (physiques, géochimiques et biologiques). Océan et atmosphère : exemples de variabilité à longue échelle de temps (orbitale et géologique).

      Volume horaire : 15h de CM - 17h de TD - 8h de TP

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  • UE Intégrative à choisir parmi 3 (4 crédits)
    • Projet en modélisation 2 (4 crédits)

      Code : S12BE6O2ALangue : Français.

      Contenu : Travail autonome sur un sujet permettant de mettre en œuvre les enseignements de mathématiques, statistiques et modélisation sur un exemple concret issu des sciences de l'environnement. Approches par projets : les étudiants choisissent un projet dans une liste fournie et travaillent en autonomie, sous la responsabilité d'un des enseignants de l'UE.

      Volume horaire : 40h de TP

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    • École de terrain littoral (4 crédits)

      Code : S12BE6O2CLangue : Français.

      Contenu : Les écosystèmes côtiers abritent la majorité des espèces benthiques. Ils sont soumis à des stress multiples et cumulatifs. Face à l'érosion de la biodiversité l'UE proposée a pour objectif la connaissance des biocénoses littorales des substrats meubles et durs (herbier de posidonies, macrophytes photophiles, etc.) et des espèces associées le plus impactées par les activités anthropiques. Lors de cette école de terrain, les étudiants apprendront à identifier les principales communautés littorales, à les échantillonner, les cartographier et, à mettre en relation les distributions observées avec des perturbations naturelles et anthropiques. Pour cela, l'UE sera organisée autour d'un travail de terrain qui sera effectué en palmes-masques-tuba. Cette UE se fera en collaboration avec l'Association Septentrion Environnement pour l'encadrement dans l'eau. Cette UE est en lien avec l'UE Programmation en langage interprété (semestre 5) dans laquelle les étudiants vont recueillir les données environnementales de la zone d'échantillonnage. Mise en place d'une stratégie d'échantillonnage et d'observation d'écosystèmes et d'organismes marins littoraux. École de terrain (immersion totale des étudiants pendant une semaine sur le terrain). Sorties en mer.

      Volume horaire : 10h de TD - 30h de TP

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    • Stage (4 crédits)

      Code : S12PP6O2BLangue : Français.

      Contenu : L'encadrant propose un sujet de recherche ou d'étude au laboratoire ou en entreprise, afin que l'étudiant puisse mettre en œuvre de manière intégrative tous ses acquis d'apprentissage de la licence.

      Volume horaire : 13h de CM - 13h de TD - 13h de TP

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  • specialisation S6 (10 crédits)
    • Spécialisation biologie-écologie (S6) (10 crédits)
      • Génétique des populations (4 crédits)

        Code : S12BE6O8ALangue : Français.

        Contenu : Histoire du darwinisme et de la génétique des populations ; le modèle de Hardy-Weinberg ; mode de reproduction ; dérive génétique ; migration ; mutation ; sélection ; introduction à la génétique quantitative.

        Volume horaire : 14h de CM - 14h de TD - 12h de TP

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      • Concepts et techniques phylogénétiques (6 crédits)

        Code : S12BE6O8BLangue : Français.

        Contenu : Cette unité permettra aux étudiants d'acquérir les bases nécessaires à la reconstruction phylogénétique tant dans les concepts (homologie, homoplasie, évolution moléculaire, définition des caractères, etc.) que dans les techniques de reconstruction d'arbres (cladistique, phénétique, neighbor joining, méthodes probabilistes probabilistes) ou les techniques d'analyse de la robustesse des arbres (bootstraps, jacknife, indice de Bremer, etc.). Ce cours permettra de former les étudiants à l'interprétation des arbres (relation de parentés, groupes frères, notion de congruence, consensus, etc.) et à l'esprit critique (hypothèses réfutables, notion d'espèce, etc.). Conclusions et apports de la phylogénie à notre vision de l'arbre du vivant et sur l'évolution des caractères morpho-anatomiques. La compréhension du cadre évolutif étant indispensable pour toute interprétation des résultats en biologie, cette unité de phylogénie est un socle indispensable à tous les étudiants quel que soit leur futur projet professionnel.

        Volume horaire : 24h de CM - 16h de TD - 10h de TP

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    • Spécialisation physique et biogéochimie (S6) (10 crédits)
      • Régression et approximation 2 (4 crédits)

        Code : S12BE6O9ALangue : Français.

        Contenu : Cette UE est la suite logique de l'UE Régression et approximation 1. Elle s'intéresse aux méthodes d'approximations d'intégrales, et de fait, aux schémas numériques permettant de simuler des équations différentielles ordinaires (EDO) avec un ordinateur. D'autres méthodes numériques sont également proposées, notamment des méthodes de recherche de zéros d'une fonction, utiles en régression par exemple, quand on cherche à minimiser une fonction de coût.

        Volume horaire : 22h de CM - 18h de TD

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      • Géophysique de l'environnement (6 crédits)

        Code : S12ST6O9BLangue : Français.

        Contenu : L'étude de la planète Terre, de ses enveloppes internes (noyau, manteau, croûte) et externes (océan, atmosphère, sols) passe par la détection de champs dérivant de potentiels physiques et par la mesures de propriétés physiques des matériaux (minéraux, roches) dans les conditions de température et de pression ambiantes. Cet enseignement est conçu pour aborder les différents champs (de pesanteur, magnétique) et les propriétés physiques des matériaux terrestres qui déterminent la propagation des ondes et courants (o. acoustiques, o. thermiques et c. électriques). Les méthodes d'investigations des champs et des propriétés des matériaux terrestres sont présentées (avec leurs évolutions historiques) sous leurs aspects théoriques, les pratiques instrumentales, et ensuite par les expériences (sens large) réalisées sur les phénomènes et sur les objets naturels. Sont ainsi abordés successivement : la géodésie et la gravimétrie (indissociables) ; le géomagnétisme et le paléomagnétisme ; la propagation des ondes dans les milieux et ses conséquences sur l'investigation des enveloppes terrestres (solides et liquides), la sismicité globale, ses causes et ses conséquences ; la géoélectricité et la physique des milieux poreux.

        Volume horaire : 25h de CM - 25h de TD - 10h de TP

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Informations diverses

Secrétariat pédagogique :

  • Aurélie GLOWACZ – pôle SVT, licence 2e année –, courriel : aurelie.glowacz@univ-amu.fr, tél. : 04 13 94 19 54, Aix-Marseille université – bâtiment TPR1 – 163, avenue de Luminy – case 901 – 13009 Marseille
  • Marie-Line PULCHERIE – pôle SVT, licence 3ème année –, courriel : marie-line.pulcherie@univ-amu.fr, tél. : 04 13 94 19 53, Aix-Marseille université – bâtiment TPR1 – 163, avenue de Luminy – case 901 – 13009 Marseille

Modalités d'inscription

Le parcours Mer est ouvert à tout étudiant issu du portail Louis Pasteur d’Aix-Marseille université. Pour les candidats issus de BTS, d'IUT ou de L1 d'autres universités, les candidatures et inscriptions se font par le biais de l'application eCandidat d’Aix-Marseille université.