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Licence Sciences de la vieUE Introduction à la programmation

Contenu

L’étude des questions biologiques actuelles nécessite l’acquisition de données qui peuvent être massives (jusqu’à plusieurs millions d’observations). La gestion, puis l’analyse de telles données est donc conditionnée à la maîtrise de la programmation informatique. Ce module a d’abord pour objectif de familiariser les étudiants avec un environnement de travail sur ordinateur plutôt dédié à l’analyse scientifique qu’aux différents media, avec la découverte du système Unix (par opposition à Windows). Il sera ensuite temps d’apprendre les bases d’un langage de programmation (Python), l’un des plus utilisé par les biologistes à travers le monde aujourd’hui. L’étudiant apprendra alors à : (i) utiliser les variables informatiques, objets permettant de stocker l’information et de l’interroger ; (ii) structurer son code et organiser ses instructions afin répondre à la question posée ; (iii) lire des fichiers de données massifs et écrire les résultats son analyse dans un autre fichier ; (iv) transformer ses données des graphiques simples, et ainsi obtenir une première interprétation/évaluation. Ce module d’enseignement permettra donc à n’importe quel futur biologiste, même s’il ne se destine pas à poursuivre dans la bio-informatique, de pouvoir créer des scripts informatiques simples qui lui permettront d’obtenir une première analyse rapide et visuelle à partir d’une grande quantité de données, comme peuvent le générer les nouvelles techniques de séquençage (ou génotypage) à haut débit.

Résumé du contenu :

· Système d'exploitation Unix et commandes Shell

· Langage de programmation Python :

o Variables simples et conteneurs o Structures conditionnelles et boucles o Lectures et écritures de fichiers o Visualisation de données

Compétences visées

· Aisance dans l’environnement Unix

· Bases du langage de programmation Python

· Capacité d’abstraction pour transformer une question en instructions informatiques

Langue utilisée

Langue principale utilisée par cet enseignement : Français.

Bibliographie

Many books are available at the library (university or municipal), and there are many tutorials on the web for these two keywords/topics : Unix and Python

Pré-requis recommandés

Quelques bases en anglais, ne pas avoir peur des souris (à boutons)

Modalités d'organisation

L’enseignement sera organisé par une alternance de séances de :

· 2h de cours magistral afin de présenter/discuter les concepts ;

· 3h de travaux pratiques pour mettre en pratique et voir les résultats du code.

Volume des enseignements

  • Cours magistraux : 12 heures
  • Travaux pratiques : 18 heures