AccueilLicence généraleSciences de la vieDe la molécule à l’organisme

Licence Sciences de la vieParcours type : De la molécule à l’organisme

Objectifs

Le parcours « de la molécule à l’organisme » ou MORGAN, proposé en 3ème année de la licence SV sur le site d’Aix, permet aux étudiants : 1) d’acquérir les connaissances, les concepts et les méthodes expérimentales nécessaires pour appréhender les relations structure-fonction des assemblages moléculaires et cellulaires sous-tendant le fonctionnement d’un organisme et 2) de développer une vision intégrée des mécanismes régulant le métabolisme et les grandes fonctions physiologiques. Par le choix d’options au semestre 6, les étudiants peuvent compléter leur formation en Microbiologie, Neurosciences, ou en Qualité et Sécurité Alimentaire. Des travaux pratiques et projets tutorés forment à la démarche expérimentale, au travail collaboratif, et aiguisent esprit d’analyse et de synthèse. Les étudiants sont guidés dans l’établissement d’un projet de formation et professionnel basé sur une investigation des parcours post-licence, des licences professionnelles et des métiers des sciences du vivant.

Formation et recherche

Le parcours MORGAN de la licence SV a vocation à permettre aux étudiants de poursuivre dans un master d’AMU ou d’une autre université, d’entrer dans des écoles d’ingénieurs de Biotechnologie notamment. Des possibilités d’entrer dans des écoles ou instituts (management) sont ouvertes. L’adossement à la recherche repose sur toutes les unités de recherche du périmètre AMU du domaine de la biologie.

Pré-requis obligatoires

Baccalauréat ou équivalent à l’entrée en L1, BTS ou DUT à dominante biologique ou équivalent pour une entrée en L2 ou L3.

Pré-requis recommandés

Un baccalauréat général scientifique de bon niveau est vivement conseillé à l’entrée en L1. Les étudiants issus d’autres formations et ceux présentant de fortes lacunes dans les matières scientifiques commencent avec un handicap plus ou moins important.

Régimes d'inscription

Cette formation est accessible en

Formation initiale
Formation continue

Compétences visées

  • Appréhender les relations structure-fonction des assemblages moléculaires et cellulaires sous-tendant le fonctionnement d’un organisme.
  • Mettre en œuvre des techniques de laboratoire utilisées dans les différentes disciplines de la biologie.
  • Développer une démarche scientifique rigoureuse centrée sur l’expérimentation, l’observation, la critique des résultats pour interroger les mécanismes du vivant.
  • Exprimer en français, sous forme écrite et orale, un raisonnement scientifique structuré en s’appuyant sur des sources scientifiques en français et en anglais.
  • Élaborer et mettre en œuvre des projets individuels et d’équipe intégrant les connaissances acquises dans les différentes disciplines de la biologie et des sciences connexes.
  • Mettre les connaissances des sciences du vivant en lien avec leurs applications et enjeux dans différents cadres professionnels (laboratoire, entreprise, associatif…).

Métiers visés

Codes ROME :

Spécialités de formation (code NSF) :

  • 118b : Modèles d'analyse biologique ; Informatique en biologie
  • 118f : Biologie de l'agronomie et de l'agriculture ; Biologie des produits et des contrôles alimentaires ; Biopharmacologie
  • 118g : Biologie de l'eau et de l'environnement ; Biologie médicale

Stages et projets encadrés

Des projets tutorés dans plusieurs UE permettent d’organiser un travail scientifique individuel ou collectif, ou d’aider l’étudiant à concevoir son projet de formation et professionnel. Les étudiants sont encouragés à réaliser des stages en laboratoire ou en entreprise sur les périodes de vacances.

Modalités pédagogiques particulières

Cours magistraux et travaux dirigés avec supports en ligne sur Ametice. Travaux pratiques avec compte rendu structuré et analyse statistique des résultats du groupe. Projets tutorés (travaux de synthèse collaboratifs, établissement d’un projet de formation et professionnel). Pratique de l’anglais.

Semestre 3 Sciences de la vie

[ détails ]

  • Anglais semestre 3 LIC SV (3 crédits)

    Code : S01AN3M1Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 18h de TD

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  • Biochimie - Réactions cellulaires (6 crédits)

    Code : S01BI3M1Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 34h de CM - 18h de TD - 8h de TP

    Plus d'informations

  • Génétique moléculaire (6 crédits)

    Code : S01BI3M2Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 32h de CM - 28h de TD

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  • Interactions et dynamique cellulaires (6 crédits)

    Code : S01BI3M3Langue : Français.

    Contenu : Structure et fonction du cytosquelette (CM, 6h) Composition et rôle de la matrice extracellulaire (CM, 6h) Structure et fonction des molécules d'adhérence (CM, 6h) Communication et signalisation cellulaire (CM, 6h) Méthologie en biologie cellulaire (TD, 10h) Analyse et interprétation de données expériementales (TD, 22h) Marquage in situ et observation en microscopie (TP, 4h)

    Volume horaire : 24h de CM - 32h de TD - 4h de TP

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  • Physiologie des cellules excitables (3 crédits)

    Code : S01BI3M4Langue : Français.

    Contenu : Physiologie des cellules excitables NOTIONS DE THERMODYNAMIQUE L'ORIGINE BIOLOGIQUE LES MEMBRANES BIOLOGIQUES MOUVEMENTS DE MATIERE À TRAVERS LES MEMBRANES BIOLOGIQUES 1. Diffusion 2. Diffusion facilitée 3. Transports actifs 4. Exemples physiologiques V. LE POTENTIEL DE REPOS 1. Diffusion simple des particules chargées 2. Potentiel de repos des cellules animales VI. VARIATIONS DU POTENTIEL DE MEMBRANE 1. Flux ioniques et courants ioniques 2. Circuit équivalent de la membrane 3. Rôles physiologiques des potentiel membranaires VII. LES CELLULES EXCITABLES 1. Définition et propriétés 2. Retour sur les propriétés passives des cellules 3. Le potentiel d’action 4. Propriétés des canaux ioniques potentiel-dépendants 5. Propagation de l'influx nerveux 6. Diversité des potentiels d’action

    Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

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  • Spectroscopie, microscopie et imagerie (3 crédits)

    Code : S01BI3M5Langue : Français.

    Contenu : Absorption, fluorescence  : La première partie du cours concerne l’enseignement des principes d’interaction du rayonnement électromagnétique (onde, photon) avec la matière en se focalisant sur les phénomènes d’absorption et de fluorescence de la lumière dans le domaine UV/VIS par des biomolécules (protéine, ADN, chromophores biologiques) et des fluorochromes. Cet enseignement permettra aux étudiants de mieux apprécier les techniques analytiques de biochimie et de biologie cellulaire utilisant la lumière comme sonde. Microscopie et Imagerie : La deuxième partie du cours mettra en relation les techniques de microscopie optique avec les techniques d’analyse d’image pour pouvoir analyser la localisation cellulaire des biomolécules et de mettre en évidence des interactions intra- et intercellulaires. Cet enseignement vise à sensibiliser les étudiants aux possibilités de ces techniques modernes et à leurs applications pour la biologie cellulaire. TP d’absorption UV-VIS : L’enseignement en TP sensibilisera les étudiants à la bonne utilisation d’un spectrophotomètre UV/VIS du laboratoire, en appréhendant ses possibilités et limites.

    Volume horaire : 14h de CM - 12h de TD - 4h de TP

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  • Bioinformatique : analyse des séquences (3 crédits)

    Code : S01BI3M7Langue : Français.

    Contenu : Introduction à la bioinformatique Base de données Modèles évolutifs Alignements de paires des séquences Phylogénie Introduction à la bioinformatique Base de données Modèles évolutifs Alignements de paires des séquences Phylogénie

    Volume horaire : 14h de CM - 16h de TP

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  • Enseignement supplémentaire S3 ALTER PACES (uniquement site de Luminy)

Semestre 4 Sciences de la vie

[ détails ]

  • Anglais semestre 4 LIC SV (3 crédits)

    Code : S01AN4M2Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 18h de TD

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  • Métabolisme et bioénergétique (3 crédits)

    Code : S01BI4M6Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

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  • Exploration multidisciplinaire d'une question biologique (3 crédits)

    Code : S01BI4M8Langue : Français.

    Contenu : Dans le cadre de cet enseignement, les étudiants travailleront par groupe de cinq sur une thématique scientifique via la recherche et l'analyse de documents scientifiques. L'enseignement se basera sur le développement d'une pédagogie active et participative où les enseignants auront pour rôle de guider les étudiants dans un projet d'étude sans dispenser de cours. Durant leurs travaux, les étudiants utiliseront l’ensemble des connaissances acquises aux S1, S2 et S3 et pourront comprendre comment, par des disciplines et approches diverses et complémentaires, il est possible de répondre à une question biologique. En fin d’enseignement, les étudiants présenteront un diaporama. Ce dernier exposera la problématique de leur sujet d’étude, les méthodes mise en œuvre dans ce cadre, les grands résultats obtenus ces dernières années et enfin les perspectives, potentielles applications et enjeux sociétaux liés à leur sujet.

    Volume horaire : 30h de TD

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  • GROUPE D'OPTIONS A CHOIX SELON LES SITES POUR LE SEMESTRE 4 (18 crédits)
    • CHOIX D'OPTIONS POSSIBLES SUR LE SITE D’AIX (18 crédits)
      • Introduction à la microbiologie (3 crédits)

        Code : S01BI4M10Langue : Français.

        Contenu : Les cours initient les étudiants à la microbiologie en leur apportant les notions de base sur les différents microorganismes procaryotes et eucaryotes, et leurs méthodes d'étude. Des exemples d'adaptation cellulaire et moléculaire (environnement terrestre-aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes) seront choisis pour illustrer la diversité du monde microbien. Plan du cours chapitre 1 : Histoire de la microbiologie et définition de la discipline chapitre 2 : Présentation des micro-organismes (procaryotes et eucaryotes) chapitre 3 : Biologie cellulaire procaryote (bactéries et archées) et méthodes d'étude chapitre 4 : Introduction à la diversité du monde microbien : environnements terrestre et aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes

        Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

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      • Contraintes physiques imposées aux grandes fonctions (3 crédits)

        Code : S01BI4M23Langue : Français.

        Contenu : ñ Chapitre 1 : Cardiocirculatoire (6h CM ; 2h TD) : Les bases de l’automatisme et de la contraction cardiaque ; l’écoulement du sang dans les vaisseaux et la vasomotricité ; les échanges entre les capillaires et le milieu interstitiel. Applications aux pathologies. Contraintes physiques posées aux régulations. ñ Chapitre 2 : Respiratoire (6h CM ; 2h TD) : Gaz parfaits, mécanique ventilatoire ; les échanges alvéolocapillaires, transport des gaz dans le sang. Applications aux pathologies. Contraintes physiques posées aux régulations. ñ Chapitre 3 : Rénal (6h CM ; 2h TD) : Filtration glomérulaire ; les échanges tubulaires ; concentration et dilution de l’urine. Applications aux pathologies. Contraintes physiques posées aux régulations. ñ Chapitre 4 : Echanges thermiques (4h CM ; 2h TD) : Les compartiments thermiques ; échanges par conduction, par convection, par rayonnement ; évaporation. Applications aux pathologies. Contraintes physiques posées aux régulations.

        Volume horaire : 22h de CM - 8h de TD

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      • TP intégrés et analyses statistiques des données (6 crédits)

        Code : S01BI4M9Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 2h de CM - 20h de TD - 38h de TP

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      • Mécanismes réactionnels (3 crédits)

        Code : S01CH4M2Langue : Français.

        Contenu : Seront présentés dans ce module les différents types de mécanismes réactionnels de la chimie organique et leur implication en biologie.

        Volume horaire : 14h de CM - 16h de TD

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      • GROUPE D'OPTIONS D'AIX (choisir 1 UE à 3 ECTS)
        • Histologie et développement précoce (3 crédits)

          Code : S01BI4M22Langue : Français.

          Contenu : CM (16h) : Du zygote aux 3 feuillets embryonnaires / Neurulation et devenir des 3 feuillets (4h). Histologie des épithéliums (de revêtement et glandulaires), des tissus conjonctifs (tissus conjonctifs lâches, tissus conjonctifs denses, tissu cartilagineux, tissu osseux, tissu sanguin), des tissus musculaires (strié, lisse, cardiaque) et du tissu nerveux (12h) TD (4h) : Développement de l'oeuf de batracien (segmentation, gastrulation, neurulation) et développement de l'oeuf de poule (présentation succincte et comparaison avec le développement de batracien) TP (10h) : les 2 premiers TP (2 x3h) feront l’objet d’identification au microscope optique des différents tissus décrits en cours magistraux. Le 3ème TP (4h) fera l'objet d'ateliers au cours desquels les étudiants réaliseront : i) des coupes de tissus à l'aide de microtomes (à congélation et à paraffine), ii) des colorations histologiques de ces coupes suivies de montage entre lame et lamelle, iii) l'analyse au microscope optique des tissus colorés

          Volume horaire : 16h de CM - 4h de TD - 10h de TP

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        • Chiralité, stéréochimie et grandes fonctions chimiques (3 crédits)

          Code : S01CH4M3Langue : Français.

          Contenu : Grandes fonctions de la chimie organique et plus spécifiquement les molécules du vivant. Chiralité : définir les termes relatifs à la chiralité, repérer les éléments de symétrie au sein d’une structure Stéréochimie : déterminer les descripteurs stéréochimiques, représenter l’ensemble des stéréomères d’une molécule… Propriétés physiques et chimiques des énantiomères et des diastéréomères et méthodes d’analyse de molécules chirales.

          Volume horaire : 14h de CM - 16h de TD

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    • LISTE DES UE POUR L'ENSEIGNEMENT A DISTANCE (18 crédits)
      • Introduction à la microbiologie (3 crédits)

        Code : S01BI4M10Langue : Français.

        Contenu : Les cours initient les étudiants à la microbiologie en leur apportant les notions de base sur les différents microorganismes procaryotes et eucaryotes, et leurs méthodes d'étude. Des exemples d'adaptation cellulaire et moléculaire (environnement terrestre-aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes) seront choisis pour illustrer la diversité du monde microbien. Plan du cours chapitre 1 : Histoire de la microbiologie et définition de la discipline chapitre 2 : Présentation des micro-organismes (procaryotes et eucaryotes) chapitre 3 : Biologie cellulaire procaryote (bactéries et archées) et méthodes d'étude chapitre 4 : Introduction à la diversité du monde microbien : environnements terrestre et aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes

        Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

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      • Introduction à la biologie du développement (3 crédits)

        Code : S01BI4M14Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

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      • Physiologie (6 crédits)

        Code : S01BI4M15Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 36h de CM - 12h de TD - 12h de TP

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      • Organismes et évolution 1 (3 crédits)

        Code : S01BI4M16Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 3h de CM - 12h de TD - 15h de TP

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      • Organismes et évolution 2 (3 crédits)

        Code : S01BI4M25Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 3h de CM - 12h de TD - 15h de TP

        Plus d'informations

    • CHOIX D'OPTIONS POSSIBLES POUR LE SITE DE LUMINY (18 crédits)
      • TP intégrés et analyses statistiques des données (6 crédits)

        Code : S01BI4M9Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 2h de CM - 20h de TD - 38h de TP

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      • Groupe 1 pour le site de Luminy (choisir 1 UE à 3 ECTS)
      • Groupe 2 pour le site de Luminy (choisir 1 UE à 3 ECTS)
        • Introduction à la microbiologie (3 crédits)

          Code : S01BI4M10Langue : Français.

          Contenu : Les cours initient les étudiants à la microbiologie en leur apportant les notions de base sur les différents microorganismes procaryotes et eucaryotes, et leurs méthodes d'étude. Des exemples d'adaptation cellulaire et moléculaire (environnement terrestre-aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes) seront choisis pour illustrer la diversité du monde microbien. Plan du cours chapitre 1 : Histoire de la microbiologie et définition de la discipline chapitre 2 : Présentation des micro-organismes (procaryotes et eucaryotes) chapitre 3 : Biologie cellulaire procaryote (bactéries et archées) et méthodes d'étude chapitre 4 : Introduction à la diversité du monde microbien : environnements terrestre et aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes

          Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

          Plus d'informations

        • Physiologie du comportement alimentaire (3 crédits)

          Code : S01BI4M24Langue : Français.

          Contenu : La régulation de la prise de nourriture est un processus physiologique complexe qui fait intervenir un dialogue entre le système nerveux et les organes périphériques (pancréas, tissu adipeux…). Cette communication est à la fois de type nerveuse et endocrine (hormones et glandes). Lors de ces enseignements, il sera donc vu en détail comment notre système nerveux en intégrant l'ensemble de ces signaux permet le maintien de notre poids corporel en régulant finement notre comportement alimentaire. Dans une deuxième partie des enseignements, il sera également abordé l'impact de nos émotions, des facteurs sociaux ou encore sensoriels sur notre comportement alimentaire. En effet, ces facteurs cognitifs et émotionnels constituent également un aspect essentiel dans notre manière de manger et seront également intégrés et traités par le système nerveux. Notions abordées : Physiologie, Endocrinologie, Système nerveux, Communication cellulaire, Comportement, Émotion, Cognition. Le titre des enseignements est indiqué ci-dessous. ñ I. La régulation endocrinienne et neuronale du comportement alimentaire (14 h CM) ñ II. Les aspects sensoriels, émotionnels et cognitifs du comportement alimentaire (6 h CM)

          Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

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        • De la molécule au médicament (3 crédits)

          Code : S01PA4M20Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 28h de CM - 2h de TD

          Plus d'informations

      • Groupe 3 pour le site de Luminy (choisir 1 UE à 3 ECTS)
      • Groupe 4 pour le site de Luminy (choisir 1 UE à 3 ECTS)
        • Introduction à l’immunologie (3 crédits)

          Code : S01BI4M11Langue : Français.

          Contenu : Cette UE initie les étudiants aux bases nécessaires à l’Immunologie. Un historique de la discipline leur sera proposé ainsi que l’organisation anatomique et fonctionnelle du système immunitaire. Plusieurs concepts seront abordés tels que les notions de reconnaissances adaptative et innée, spécificité et diversité des répertoires T et B, les coopérations cellulaires et fonctions effectrices des cellules immunocompétentes. Enfin, les étudiants seront confrontés à des éléments d’immunophysiopathologie et d’immunotechnologie. · Chapitre 1 : Présentation des organes/cellules et la dynamique du système immunitaire Chapitre 2 : Immunité Innée Chapitre 3 : Reconnaissance T et B/ Présentation antigénique du CMH Chapitre 4 : Activation lymphocytaire et régulation de la réponse immune Chapitre 5 : Eléments d’Immunopathologie TD intégration et application de concepts TP : ELISA

          Volume horaire : 16h de CM - 6h de TD - 8h de TP

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        • Introduction à la programmation (3 crédits)

          Code : S01BI4M13Langue : Français.

          Contenu : L’étude des questions biologiques actuelles nécessite l’acquisition de données qui peuvent être massives (jusqu’à plusieurs millions d’observations). La gestion, puis l’analyse de telles données est donc conditionnée à la maîtrise de la programmation informatique. Ce module a d’abord pour objectif de familiariser les étudiants avec un environnement de travail sur ordinateur plutôt dédié à l’analyse scientifique qu’aux différents media, avec la découverte du système Unix (par opposition à Windows). Il sera ensuite temps d’apprendre les bases d’un langage de programmation (Python), l’un des plus utilisé par les biologistes à travers le monde aujourd’hui. L’étudiant apprendra alors à : (i) utiliser les variables informatiques, objets permettant de stocker l’information et de l’interroger ; (ii) structurer son code et organiser ses instructions afin répondre à la question posée ; (iii) lire des fichiers de données massifs et écrire les résultats son analyse dans un autre fichier ; (iv) transformer ses données des graphiques simples, et ainsi obtenir une première interprétation/évaluation. Ce module d’enseignement permettra donc à n’importe quel futur biologiste, même s’il ne se destine pas à poursuivre dans la bio-informatique, de pouvoir créer des scripts informatiques simples qui lui permettront d’obtenir une première analyse rapide et visuelle à partir d’une grande quantité de données, comme peuvent le générer les nouvelles techniques de séquençage (ou génotypage) à haut débit. Résumé du contenu : · Système d'exploitation Unix et commandes Shell · Langage de programmation Python : o Variables simples et conteneurs o Structures conditionnelles et boucles o Lectures et écritures de fichiers o Visualisation de données

          Volume horaire : 12h de CM - 18h de TP

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        • Chimie expérimentale pour la biologie (3 crédits)

          Code : S01CH4M4Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 10h de TD - 20h de TP

          Plus d'informations

    • CHOIX D'OPTIONS POSSIBLES POUR LE SITE DE SAINT-CHARLES (18 crédits)
      • Groupe 1 pour le site de Saint-Charles (choisir 1 UE à 6 ECTS)
      • Groupe 2 pour le site de Saint-Charles (choisir 1 UE à 3 ECTS)
        • Découverte des neurosciences (3 crédits)

          Code : S01BI4M12Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 14h de CM - 8h de TD

          Plus d'informations

        • Organismes et évolution 1 (3 crédits)

          Code : S01BI4M16Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 3h de CM - 12h de TD - 15h de TP

          Plus d'informations

        • Ingénierie des protéines (3 crédits)

          Code : S01BI4M19Langue : Français.

          Contenu : L'objectif de cette UE est de présenter les moyens de produire des protéines volontairement modifiées en vue d'applications industrielles et thérapeutiques en mobilisant les connaissances théoriques et techniques multidisciplinaires issues de la recherche fondamentale. 1- Présentation générale de ce qu'est l'ingénierie des protéines et de ses objectifs. 2-Présentation des connaissances et des outils nécessaires (séquences nucléiques et protéiques, données structurales et méthodes de détermination des structures. Eléments fonctionnels des protéines : stabilité, fonction biologique…) 3- Techniques de l'ADN recombinant (clonage, expression, mutagenèse dirigée et aléatoire, criblage et sélection). 4- Modification des protéines autrement que par génie génétique. 5-Etude d'exemples de programme d'ingénierie des protéines (objectifs, méthodologies, modélisation de mutants ponctuels) illustrant la diversité des champs d'application industriels ou thérapeutiques.

          Volume horaire : 12h de CM - 8h de TD - 10h de TP

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      • Groupe 3 pour le site de Saint-Charles (choisir 1 UE à 3 ECTS)
        • Introduction à la microbiologie (3 crédits)

          Code : S01BI4M10Langue : Français.

          Contenu : Les cours initient les étudiants à la microbiologie en leur apportant les notions de base sur les différents microorganismes procaryotes et eucaryotes, et leurs méthodes d'étude. Des exemples d'adaptation cellulaire et moléculaire (environnement terrestre-aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes) seront choisis pour illustrer la diversité du monde microbien. Plan du cours chapitre 1 : Histoire de la microbiologie et définition de la discipline chapitre 2 : Présentation des micro-organismes (procaryotes et eucaryotes) chapitre 3 : Biologie cellulaire procaryote (bactéries et archées) et méthodes d'étude chapitre 4 : Introduction à la diversité du monde microbien : environnements terrestre et aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes

          Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

          Plus d'informations

        • Gastronomie moléculaire (3 crédits)

          Code : S01BI4M18Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 6h de CM - 12h de TD - 8h de TP

          Plus d'informations

        • Physiologie du comportement alimentaire (3 crédits)

          Code : S01BI4M24Langue : Français.

          Contenu : La régulation de la prise de nourriture est un processus physiologique complexe qui fait intervenir un dialogue entre le système nerveux et les organes périphériques (pancréas, tissu adipeux…). Cette communication est à la fois de type nerveuse et endocrine (hormones et glandes). Lors de ces enseignements, il sera donc vu en détail comment notre système nerveux en intégrant l'ensemble de ces signaux permet le maintien de notre poids corporel en régulant finement notre comportement alimentaire. Dans une deuxième partie des enseignements, il sera également abordé l'impact de nos émotions, des facteurs sociaux ou encore sensoriels sur notre comportement alimentaire. En effet, ces facteurs cognitifs et émotionnels constituent également un aspect essentiel dans notre manière de manger et seront également intégrés et traités par le système nerveux. Notions abordées : Physiologie, Endocrinologie, Système nerveux, Communication cellulaire, Comportement, Émotion, Cognition. Le titre des enseignements est indiqué ci-dessous. ñ I. La régulation endocrinienne et neuronale du comportement alimentaire (14 h CM) ñ II. Les aspects sensoriels, émotionnels et cognitifs du comportement alimentaire (6 h CM)

          Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

          Plus d'informations

        • Organismes et évolution 2 (3 crédits)

          Code : S01BI4M25Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 3h de CM - 12h de TD - 15h de TP

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      • Groupe 4 option Saint-Charles Semestre 4 LIC SV (3 ECTS à choisir)
        • Introduction à la programmation (3 crédits)

          Code : S01BI4M13Langue : Français.

          Contenu : L’étude des questions biologiques actuelles nécessite l’acquisition de données qui peuvent être massives (jusqu’à plusieurs millions d’observations). La gestion, puis l’analyse de telles données est donc conditionnée à la maîtrise de la programmation informatique. Ce module a d’abord pour objectif de familiariser les étudiants avec un environnement de travail sur ordinateur plutôt dédié à l’analyse scientifique qu’aux différents media, avec la découverte du système Unix (par opposition à Windows). Il sera ensuite temps d’apprendre les bases d’un langage de programmation (Python), l’un des plus utilisé par les biologistes à travers le monde aujourd’hui. L’étudiant apprendra alors à : (i) utiliser les variables informatiques, objets permettant de stocker l’information et de l’interroger ; (ii) structurer son code et organiser ses instructions afin répondre à la question posée ; (iii) lire des fichiers de données massifs et écrire les résultats son analyse dans un autre fichier ; (iv) transformer ses données des graphiques simples, et ainsi obtenir une première interprétation/évaluation. Ce module d’enseignement permettra donc à n’importe quel futur biologiste, même s’il ne se destine pas à poursuivre dans la bio-informatique, de pouvoir créer des scripts informatiques simples qui lui permettront d’obtenir une première analyse rapide et visuelle à partir d’une grande quantité de données, comme peuvent le générer les nouvelles techniques de séquençage (ou génotypage) à haut débit. Résumé du contenu : · Système d'exploitation Unix et commandes Shell · Langage de programmation Python : o Variables simples et conteneurs o Structures conditionnelles et boucles o Lectures et écritures de fichiers o Visualisation de données

          Volume horaire : 12h de CM - 18h de TP

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        • Introduction à la biologie du développement (3 crédits)

          Code : S01BI4M14Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

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        • Chimie moléculaire du vivant (3 crédits)

          Code : S01CH4M1Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 12h de CM - 10h de TD - 8h de TP

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      • Groupe 5 pour le site de Saint-Charles (choisir 1 UE à 3 ECTS)
        • Introduction à l’immunologie (3 crédits)

          Code : S01BI4M11Langue : Français.

          Contenu : Cette UE initie les étudiants aux bases nécessaires à l’Immunologie. Un historique de la discipline leur sera proposé ainsi que l’organisation anatomique et fonctionnelle du système immunitaire. Plusieurs concepts seront abordés tels que les notions de reconnaissances adaptative et innée, spécificité et diversité des répertoires T et B, les coopérations cellulaires et fonctions effectrices des cellules immunocompétentes. Enfin, les étudiants seront confrontés à des éléments d’immunophysiopathologie et d’immunotechnologie. · Chapitre 1 : Présentation des organes/cellules et la dynamique du système immunitaire Chapitre 2 : Immunité Innée Chapitre 3 : Reconnaissance T et B/ Présentation antigénique du CMH Chapitre 4 : Activation lymphocytaire et régulation de la réponse immune Chapitre 5 : Eléments d’Immunopathologie TD intégration et application de concepts TP : ELISA

          Volume horaire : 16h de CM - 6h de TD - 8h de TP

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        • Biomembranes (3 crédits)

          Code : S01BI4M26Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 12h de CM - 12h de TD - 6h de TP

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        • Chimie expérimentale pour la biologie (3 crédits)

          Code : S01CH4M4Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 10h de TD - 20h de TP

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  • UE DE PROFESSIONNALISATION (choisir 1 UE à 3 ECTS)
  • Enseignement supplémentaire S4 ALTER PACES (uniquement site de Luminy)

Semestre 5 Sciences de la vie : de la molécule à l'organisme

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  • Langues (3 crédits)

    Code : S01AN5M1Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 30h de TD

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  • Technologies avancées en biologie moléculaire (6 crédits)

    Code : S01BI5D1Langue : Français.

    Contenu : ñ Partie 1 : Techniques les plus récentes de clonage (introduction à la recombinaison homologue) et les nouvelles techniques de séquençage. ñ Partie 2 : Techniques de mutagenèse (knock-in, knock-out et knock down incluant CRISPR-Cas9, chez les organismes procaryotes et eucaryotes). ñ Partie 3 : Techniques récentes de quantification de l'expression des gènes (incluant les méthodes globales, OMICs) ainsi que leurs applications.

    Volume horaire : 24h de CM - 16h de TD - 20h de TP

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  • Aspects moléculaires et intégrés de l'immunité (6 crédits)

    Code : S01BI5D2Langue : Français.

    Contenu : ñ Partie 1 : Le système immunitaire inné, régulation et dysfonctionnement. La réponse inflammatoire. ñ Partie 2 : La réponse immunitaire adaptée : aspects moléculaires, cellulaires et génétiques. ñ Partie 3 : Régulation, dysfonctionnements de la réponse immunitaire – immunopathologies associées. ñ Partie 4 : Immunotechnologie : les techniques de base utilisées en laboratoire.

    Volume horaire : 24h de CM - 20h de TD - 16h de TP

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  • Cellules souches et différenciation (6 crédits)

    Code : S01BI5D3Langue : Français.

    Contenu : ñ Partie 1 : Cellules souches et division cellulaire. ◦ 1.1 : les cellules souches et leur division cellulaire au cours du développement précoce (y compris la gamétogenèse). ◦ 1.2 : Les cellules souches et leur division cellulaire au cours de la croissance et du renouvellement tissulaire. ◦ 1.3 : Le contrôle du cycle cellulaire et ses perturbations. ◦ 1.4 : Processus de vieillissement et mort cellulaire. ñ Partie 2 : Différenciation cellulaire et morphogenèse. ◦ 2.1 : Mécanismes généraux de mise en place de l’organisation embryonnaire. ◦ 2.2 : Mécanismes généraux de la différenciation / migration cellulaire. ◦ 2.3 : Mécanismes de différenciation du système nerveux et des gonades. ◦ 2.4 : Plasticité cellulaire et flexibilité du phénotype cellulaire. ñ Partie 3 : Cellules souches : Applications et enjeux sociétaux. ◦ 3.1 : Thérapie génique et cellulaire, la réparation tissulaire. ◦ 2.2 : Enjeux sociétaux et éthiques dans les domaines de la reproduction et du vieillissement.

    Volume horaire : 30h de CM - 26h de TD - 4h de TP

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  • Régulations endocrines et neuroendocrines (3 crédits)

    Code : S01BI5D4Langue : Français.

    Contenu : ñ Partie 1 : Introduction : les glandes endocrines, les différents types d’hormones, les récepteurs hormonaux. ñ Partie 2 : Le pancréas, la thyroïde, les glandes surrénales, le système hypothalamo-hypophysaire. ñ Partie 3 : Régulation du milieu intérieur et du métabolisme et les systèmes de régulation de ces fonctions endocrines. ñ Partie 4 : Adaptations physiologiques (TD) : L’accouchement, la lactation, le vieillissement. ñ Partie 5 : Troubles et pathologies associés (TD) : La maladie de Cushing, le diabète, les perturbateurs endocriniens.

    Volume horaire : 12h de CM - 14h de TD - 4h de TP

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  • Maturation des protéines et physiopathologies (3 crédits)

    Code : S01BI5D5Langue : Français.

    Contenu : ñ Partie 1 : Rappels sur la synthèse des protéines sécrétées, membranaires et cytosoliques. ñ Partie 2 : Principales modifications post-traductionnelles des protéines ñ Partie 3 : Exemples illustrant comment les modifications protéiques affectent les fonctions des protéines et les fonctions cellulaires/tissulaires. ñ Partie 4 : Analyse d’articles scientifiques et présentation orale par binômes.

    Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

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  • Choix entre UE PROMEEF2 et PPPE S5 Parcours D (3 crédits)

Semestre 6 Sciences de la vie : de la molécule à l'organisme

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  • Langues (3 crédits)

    Code : S01AN6M1Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 30h de TD

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  • Epreuve intégrative (3 crédits)

    Code : S01BI6D6Langue : Français.

    Contenu : ñ Partie 1 : Présentation de la philosophie de l’UE et du rétro planning de travail. ñ Partie 2 : Découverte approfondie du Master : ◦ 2.1 : Contacts, interview des responsables Master. ◦ 2.2 : Synthèse sur la structuration de l’enseignement, l’organisation des stages M1 et M2, la politique de recrutement, l’adossement recherche et/ou industriel. ñ Partie 3 : Synthèse bibliographique sur une thématique scientifique ou une problématique industrielle ou sociétale en lien avec le Master. ◦ 3.1 : Pour les Masters à dominante recherche : Sélection d’une équipe de recherche adossée au Master. Présentation de la thématique scientifique générale de l’équipe et de ses principales approches expérimentales. Focus sur une question scientifique récemment proposée par l’équipe dans le cadre d’un stage Master. ◦ 3.2 : Pour les Masters à dominante professionnelle : une thématique générale en lien avec le Master sera proposée ainsi que des documents correspondants. L’étudiant devra compléter son information par une recherche personnelle multi-supports afin de réaliser une synthèse de la problématique et des solutions technologiques envisageables. ñ Partie 4 : Remise d’un rapport écrit et soutenance orale.

    Volume horaire : 4h de CM

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  • Régulations du métabolisme et des grandes fonctions (9 crédits)

    Code : S01BI6D8Langue : Français.

    Contenu : ñ Partie 1 : Introduction. ñ Partie 2 : Les substrats énergétiques : origine, utilisation, stockage. ◦ 2.1 : Les principaux substrats, glucides et lipides. ◦ 2.2 : Stockage et dégradation. ◦ 2.3 : Les grandes fonctions et les systèmes de régulation associés. ñ Partie 3 : L’apport en oxygène. ◦ 3.1 : Respiration et échanges gazeux pulmonaires et tissulaires. ◦ 3.2 : Le transport de l’oxygène. ◦ 3.3 : Les régulations endocriniennes et nerveuses associées. ñ Partie 4 : Les déchets de la combustion. ◦ 4.1 : Les déchets et leur élimination. ◦ 4.2 : Les régulations endocriniennes et nerveuses associées. ñ Partie 5 : Création d’un livre numérique portant sur les adaptations ◦ 5.1 : Adaptations extrêmes (au froid, à l’altitude, au jeûne prolongé). ◦ 5.2 : Pathologies (hyper/hypo-thyroïdie, diabète, anémies…). ◦ 5.3 : Dopage (EPO, stéroïdes, histamines). ñ Partie 6 : Travaux pratiques ◦ 6.1 : Dosages d’enzymes clefs du métabolisme glucidique. ◦ 6.3 : Histologie des tissus impliqués dans le stockage énergétique. ◦ 6.4 : Études de fonctions physiologiques (respiration, excrétion).

    Volume horaire : 46h de CM - 20h de TD - 24h de TP

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  • Méthodologies et analyse statistique des données (3 crédits)

    Code : S01MA6D7Langue : Français.

    Contenu : ñ Partie 1 : Remise à niveau sur le logiciel R. ñ Partie 2 : Révision loi de probabilité et théorème central limite. ñ Partie 3 : Révision principes des tests d’hypothèses. ñ Partie 4 : Introduction à l’analyse de variance. ñ Partie 5 : Test du Khi-deux. ñ Partie 6 : Indépendance, covariance, corrélation et régression linéaire simple.

    Volume horaire : 18h de TD - 12h de TP

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  • Choix groupes d'options parcours D (12 ECTS à choisir)
    • Groupe 1 options parcours D semestre 6 LIC SV (12 crédits)
      • Relations alimentation-santé (4 crédits)

        Code : S01BI6D10Langue : Français.

        Contenu : ñ Chapitre 1 : Aspects historiques et évolution de l’alimentation et de ses liens avec la santé. ñ Chapitre 2 : Les constituants alimentaires : nutriments, alicaments, toxiques. ñ Chapitre 3 : Digestion et absorption des constituants alimentaires et désordres associés. ñ Chapitre 4 : Impacts sanitaires de l’alimentation : intoxications alimentaires, maladies métaboliques, maladies cardiovasculaires, maladies neurodégénératives, cancers. ñ Travaux dirigés Projets de groupe

        Volume horaire : 26h de CM - 14h de TD

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      • Biotechnologies alimentaires (4 crédits)

        Code : S01BI6D11Langue : Français.

        Contenu : ñ Chapitre 1 : Génie fermentaire et biotechnologie microbienne : Les microorganismes d’intérêt, la croissance, les différents types de conduite des fermenteurs, les fermenteurs, les bilans, l’aération, les fermentations, les produits (applications industrielles). ñ Chapitre 2 : Génie enzymatique et biotechnologie enzymatique : La production d’enzymes, la purification, les techniques d’immobilisation, les différents types d’utilisation d’enzymes, les produits (applications industrielles). ñ Projet : étude d’une application de la biotechnologie pour l’obtention d’un produit de consommation alimentaire ou d’un produit servant d’ingrédient à une préparation alimentaire. ñ Présentation orale du projet.

        Volume horaire : 16h de CM - 3h de TD

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      • Mécanismes réactionnels en biologie (4 crédits)

        Code : S01BI6D9Langue : Français.

        Contenu : Le mécanisme réactionnel est l’ensemble des étapes élémentaires qui se produisent effectivement lors de la transformation des réactifs en produits. Il met en jeu les réactifs et les produits mais également d’autres espèces chimiques très réactives et à courte durée de vie qui se forment transitoirement au cours de la réaction puis se détruisent de sorte qu’elles n’apparaissent pas dans le bilan global de la réaction : ce sont des intermédiaires réactionnels. La description complète d’un mécanisme réactionnel recouvre les 3 aspects essentiels d’une réaction : l’aspect thermodynamique et cinétique : évolution de l’énergie du système au cours de la transformation, vitesse de la réaction, facteurs dont elle dépend l’aspect électronique : rôle des électrons lors de la rupture et de la formation des liaisons l’aspect géométrique ou stéréochimique : modification de la géométrie des molécules au cours de la réaction, facteurs géométriques : taille, place… I. Les principaux mécanismes réactionnels en chimie organique II. Réactions enzymatiques et coenzymes (cofacteurs) III. Les mécanismes catalytiques des enzymes : Ex. les protéases à sérine Projet des étudiants l'étude d'un cofacteur/coenzyme dans le cadre d'un mécanisme enzymatique au sein d'un phénomène biologique.

        Volume horaire : 16h de CM

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    • Groupe 2 options parcours D semestre 6 LIC SV (12 crédits)
      • Microbiologie moléculaire et expérimentale (6 crédits)

        Code : S01BI6D12Langue : Français.

        Contenu : Diversité du monde microbien : caractéristiques cellulaires et trophiques ; critères et techniques d’identification, notions de taxonomie. Introduction à la microbiologie industrielle : souches industrielles et leur amélioration, finalités industrielles, procédés de production. Techniques expérimentales et pratiques de microbiologie. Étude de bactéries pathogènes modèles et de leurs interactions avec leur(s) hôte(s). Étude de quelques exemples de micro-organismes extrémophiles. Étude de bactéries capables de différenciation cellulaire. Exemples de microorganismes utilisés en biotechnologies. Étude de la diversité microbienne d’une niche écologique définie : le microbiote humain. Méthodes moléculaires utilisées en contrôle de qualité microbiologique et en diagnostique.

        Volume horaire : 26h de CM - 14h de TD - 20h de TP

        Plus d'informations

      • Génétique moléculaire procaryotes (6 crédits)

        Code : S01BI6D13Langue : Français.

        Contenu : Approche génétique. Transmission du patrimoine. Transferts d’ADN : Transformation, Transduction, Conjugaison. Réplication (inclus la division cellulaire). Recombinaison. Réparation. Génétique moléculaire : génétique inverse (ciblée), génétique classique (sans a priori). Travaux pratiques : génétique moléculaire. Bactérie modèle : Bacillus subtilis . Notions abordées : compétence, recombinaison homologue, identification, sélection.

        Volume horaire : 26h de CM - 14h de TD - 20h de TP

        Plus d'informations

    • Groupe 3 options parcours D semestre 6 LIC SV (12 crédits)
      • Transmission et intégration de l'information (6 crédits)

        Code : S01BI6D14Langue : Français.

        Contenu : Chapitre 1 : Transmission de l’information nerveuse : La transmission synaptique ; La conduction de l’influx nerveux ; Rôle de la macroglie dans la transmission de l’influx nerveux. Chapitre 2 : Intégration de l’information nerveuse : Plasticité synaptique ; Traitement de l’information dans les réseaux de neurones. Chapitre 3 : Transmission et intégration de l'information sensorielle (en pédagogie active).

        Volume horaire : 20h de CM - 4h de TP

        Plus d'informations

      • Organisation du système nerveux (3 crédits)

        Code : S01BI6D15Langue : Français.

        Contenu : Développement du système nerveux : neurulation, régionalisation et développement cortical. Système nerveux périphérique : somatique, autonome et entérique. Système nerveux central : Moelle épinière, tronc cérébral, cortex cérébral, cervelet, ganglions de la base. Système ventriculaire, méninges et vascularisation. Travaux pratiques : Neuroanatomie assistée par ordinateur et utilisation de cerveaux démontables.

        Volume horaire : 10h de CM - 12h de TD - 8h de TP

        Plus d'informations

      • Méthodes d'investigation en neurobiologie (3 crédits)

        Code : S01BI6D16Langue : Français.

        Contenu : Méthodes d’exploration fonctionnelle (CM 4h ; TD 4h ; TP 4h) : Introduction (brefs rappels potentiel de repos, potentiel d’action, potentiel post-synaptique) ; les différentes configurations de patch-clamp et domaines d’application ; notion de dipôle électrique et enregistrements extracellulaires (potentiel d’action, potentiel de champ et activité synaptique, enregistrements extracellulaires intracérébraux, enregistrements corticaux par électrodes de surface). TP EEG. Imagerie cellulaire (CM 2h ; TD 4h ; TP 4h) ; Introduction à l’imagerie ; sondes chimiques sensibles au calcium et au potentiel ; sondes protéiques fluorescentes sensibles au calcium ; microscopies de fluorescence adaptées (épifluorescence, confocal, bi-photon classique et miniaturisé pour imagerie in vivo ). TP imagerie calcique. Imagerie cérébrale par résonance magnétique nucléaire (CM 2h) : Principe de la résonance magnétique nucléaire en champ homogène ; codage spatial du signal RMN ; IRM anatomique ; IRM fonctionnelle (signal BOLD). Marquer sélectivement et agir sur des neurones spécifiques (CM 2h ; TD 4h) : Gene-reporter ; traçage de voies ; approches optogénétiques, pharmacogénétiques et optopharmacogénétiques.

        Volume horaire : 10h de CM - 12h de TD - 8h de TP

        Plus d'informations

Modalités d'inscription

Le L3 du parcours MORGAN est ouvert de droit à tout étudiant de L2SV d’AMU ayant validé son année.

Accès sur dossier pour des étudiants ayant validé l’année L2 d’une autre mention à dominante biologique, ou des étudiants titulaires d’un BTS ou d’un DUT à dominante biologique.

Les étudiants titulaires de diplômes étrangers peuvent candidater via la procédure Campus France.