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Licence Sciences de la vieParcours type : Biochimie

Objectifs

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Le parcours biochimie s’intéresse aux réactions et mécanismes qui se déroulent dans le vivant au niveau moléculaire. L’étude de ces processus contribue au développement de nos connaissances en biologie fondamentale, en médecine et pharmacologie, sciences agronomiques et biotechnologies comme les bioénergies.

Le biochimiste combine les domaines scientifiques de la biologie et de la chimie et des méthodes physico-chimiques. Il utilise notamment les outils de la biologie moléculaire, les méthodes de séparation et d’interaction des biomolécules, diverses méthodes spectroscopiques d’analyse, des outils bioinformatiques, et effectue l’analyse quantitative des résultats obtenus.

Ce parcours forme les étudiants à l'étude des molécules et macromolécules afin d'en comprendre leur fonctionnement dans la cellule et à la conception de molécules bioactives, aussi bien sur les plans conceptuel et théorique que sur le plan pratique.

Formation et recherche

La licence SV parcours Biochimie est une formation par la recherche qui permet aux étudiants de poursuivre dans différents masters disciplinaires d'AMU ou d'autres universités dans les secteur sciences et santé. Ce parcours permet également d'accéder aux masters enseignement et aux écoles d'ingénieurs, en biotechnologies notamment. L'intégration dans des écoles ou instituts (de management) est aussi possible.

Pré-requis obligatoires

Niveau Licence 2ème année en sciences de la vie ou équivalent.

Régime d'inscription

Cette formation est accessible en

Formation initiale

Compétences visées

Le parcours biochimie permet d’obtention des compétences en biologie, génomique structurale et fonctionnelle, en ingénierie chimique et biopharmaceutique, afin de s’initier aux outils et méthodes expérimentales utilisés en biologie.

  • Connaître les fondamentaux en biologie ; de la biologie moléculaire à la biologie intégrée,
  • Effectuer les mesures de caractéristiques biologiques chimiques ou physiques,
  • Pouvoir comprendre et analyser une question scientifique du niveau moléculaire au niveau cellulaire dans les domaines de la recherche en biologie, génomique structurale et fonctionnelle, et en biopharmaceutique.
  • Avoir la capacité de positionner la question scientifique dans le contexte cellulaire et savoir utiliser les outils et méthodes d’analyse en biochimie, bioinformatique et biologie cellulaire pour y répondre.

Métiers visés

Codes ROME :

Spécialités de formation (code NSF) :

  • 112f : Biochimie des produits alimentaires ; Biochimie appliquée aux procédés industriels
  • 112g : Biochimie de l'eau et de l'environnement
  • 118b : Modèles d'analyse biologique ; Informatique en biologie

Semestre 3 Sciences de la vie

[ détails ]

  • Anglais semestre 3 LIC SV (3 crédits)

    Code : S01AN3M1Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 18h de TD

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  • Biochimie - Réactions cellulaires (6 crédits)

    Code : S01BI3M1Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 34h de CM - 18h de TD - 8h de TP

    Plus d'informations

  • Génétique moléculaire (6 crédits)

    Code : S01BI3M2Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 32h de CM - 28h de TD

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  • Interactions et dynamique cellulaires (6 crédits)

    Code : S01BI3M3Langue : Français.

    Contenu : Structure et fonction du cytosquelette (CM, 6h) Composition et rôle de la matrice extracellulaire (CM, 6h) Structure et fonction des molécules d'adhérence (CM, 6h) Communication et signalisation cellulaire (CM, 6h) Méthologie en biologie cellulaire (TD, 10h) Analyse et interprétation de données expériementales (TD, 22h) Marquage in situ et observation en microscopie (TP, 4h)

    Volume horaire : 24h de CM - 32h de TD - 4h de TP

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  • Physiologie des cellules excitables (3 crédits)

    Code : S01BI3M4Langue : Français.

    Contenu : Physiologie des cellules excitables NOTIONS DE THERMODYNAMIQUE L'ORIGINE BIOLOGIQUE LES MEMBRANES BIOLOGIQUES MOUVEMENTS DE MATIERE À TRAVERS LES MEMBRANES BIOLOGIQUES 1. Diffusion 2. Diffusion facilitée 3. Transports actifs 4. Exemples physiologiques V. LE POTENTIEL DE REPOS 1. Diffusion simple des particules chargées 2. Potentiel de repos des cellules animales VI. VARIATIONS DU POTENTIEL DE MEMBRANE 1. Flux ioniques et courants ioniques 2. Circuit équivalent de la membrane 3. Rôles physiologiques des potentiel membranaires VII. LES CELLULES EXCITABLES 1. Définition et propriétés 2. Retour sur les propriétés passives des cellules 3. Le potentiel d’action 4. Propriétés des canaux ioniques potentiel-dépendants 5. Propagation de l'influx nerveux 6. Diversité des potentiels d’action

    Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

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  • Spectroscopie, microscopie et imagerie (3 crédits)

    Code : S01BI3M5Langue : Français.

    Contenu : Absorption, fluorescence  : La première partie du cours concerne l’enseignement des principes d’interaction du rayonnement électromagnétique (onde, photon) avec la matière en se focalisant sur les phénomènes d’absorption et de fluorescence de la lumière dans le domaine UV/VIS par des biomolécules (protéine, ADN, chromophores biologiques) et des fluorochromes. Cet enseignement permettra aux étudiants de mieux apprécier les techniques analytiques de biochimie et de biologie cellulaire utilisant la lumière comme sonde. Microscopie et Imagerie : La deuxième partie du cours mettra en relation les techniques de microscopie optique avec les techniques d’analyse d’image pour pouvoir analyser la localisation cellulaire des biomolécules et de mettre en évidence des interactions intra- et intercellulaires. Cet enseignement vise à sensibiliser les étudiants aux possibilités de ces techniques modernes et à leurs applications pour la biologie cellulaire. TP d’absorption UV-VIS : L’enseignement en TP sensibilisera les étudiants à la bonne utilisation d’un spectrophotomètre UV/VIS du laboratoire, en appréhendant ses possibilités et limites.

    Volume horaire : 14h de CM - 12h de TD - 4h de TP

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  • Bioinformatique : analyse des séquences (3 crédits)

    Code : S01BI3M7Langue : Français.

    Contenu : Introduction à la bioinformatique Base de données Modèles évolutifs Alignements de paires des séquences Phylogénie Introduction à la bioinformatique Base de données Modèles évolutifs Alignements de paires des séquences Phylogénie

    Volume horaire : 14h de CM - 16h de TP

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  • Enseignement supplémentaire S3 ALTER PACES (uniquement site de Luminy)

Semestre 4 Sciences de la vie

[ détails ]

  • Anglais semestre 4 LIC SV (3 crédits)

    Code : S01AN4M2Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 18h de TD

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  • Métabolisme et bioénergétique (3 crédits)

    Code : S01BI4M6Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

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  • Exploration multidisciplinaire d'une question biologique (3 crédits)

    Code : S01BI4M8Langue : Français.

    Contenu : Dans le cadre de cet enseignement, les étudiants travailleront par groupe de cinq sur une thématique scientifique via la recherche et l'analyse de documents scientifiques. L'enseignement se basera sur le développement d'une pédagogie active et participative où les enseignants auront pour rôle de guider les étudiants dans un projet d'étude sans dispenser de cours. Durant leurs travaux, les étudiants utiliseront l’ensemble des connaissances acquises aux S1, S2 et S3 et pourront comprendre comment, par des disciplines et approches diverses et complémentaires, il est possible de répondre à une question biologique. En fin d’enseignement, les étudiants présenteront un diaporama. Ce dernier exposera la problématique de leur sujet d’étude, les méthodes mise en œuvre dans ce cadre, les grands résultats obtenus ces dernières années et enfin les perspectives, potentielles applications et enjeux sociétaux liés à leur sujet.

    Volume horaire : 30h de TD

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  • GROUPE D'OPTIONS A CHOIX SELON LES SITES POUR LE SEMESTRE 4 (18 crédits)
    • CHOIX D'OPTIONS POSSIBLES SUR LE SITE D’AIX (18 crédits)
      • Introduction à la microbiologie (3 crédits)

        Code : S01BI4M10Langue : Français.

        Contenu : Les cours initient les étudiants à la microbiologie en leur apportant les notions de base sur les différents microorganismes procaryotes et eucaryotes, et leurs méthodes d'étude. Des exemples d'adaptation cellulaire et moléculaire (environnement terrestre-aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes) seront choisis pour illustrer la diversité du monde microbien. Plan du cours chapitre 1 : Histoire de la microbiologie et définition de la discipline chapitre 2 : Présentation des micro-organismes (procaryotes et eucaryotes) chapitre 3 : Biologie cellulaire procaryote (bactéries et archées) et méthodes d'étude chapitre 4 : Introduction à la diversité du monde microbien : environnements terrestre et aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes

        Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

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      • Contraintes physiques imposées aux grandes fonctions (3 crédits)

        Code : S01BI4M23Langue : Français.

        Contenu : ñ Chapitre 1 : Cardiocirculatoire (6h CM ; 2h TD) : Les bases de l’automatisme et de la contraction cardiaque ; l’écoulement du sang dans les vaisseaux et la vasomotricité ; les échanges entre les capillaires et le milieu interstitiel. Applications aux pathologies. Contraintes physiques posées aux régulations. ñ Chapitre 2 : Respiratoire (6h CM ; 2h TD) : Gaz parfaits, mécanique ventilatoire ; les échanges alvéolocapillaires, transport des gaz dans le sang. Applications aux pathologies. Contraintes physiques posées aux régulations. ñ Chapitre 3 : Rénal (6h CM ; 2h TD) : Filtration glomérulaire ; les échanges tubulaires ; concentration et dilution de l’urine. Applications aux pathologies. Contraintes physiques posées aux régulations. ñ Chapitre 4 : Echanges thermiques (4h CM ; 2h TD) : Les compartiments thermiques ; échanges par conduction, par convection, par rayonnement ; évaporation. Applications aux pathologies. Contraintes physiques posées aux régulations.

        Volume horaire : 22h de CM - 8h de TD

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      • TP intégrés et analyses statistiques des données (6 crédits)

        Code : S01BI4M9Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 2h de CM - 20h de TD - 38h de TP

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      • Mécanismes réactionnels (3 crédits)

        Code : S01CH4M2Langue : Français.

        Contenu : Seront présentés dans ce module les différents types de mécanismes réactionnels de la chimie organique et leur implication en biologie.

        Volume horaire : 14h de CM - 16h de TD

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      • GROUPE D'OPTIONS D'AIX (choisir 1 UE à 3 ECTS)
        • Histologie et développement précoce (3 crédits)

          Code : S01BI4M22Langue : Français.

          Contenu : CM (16h) : Du zygote aux 3 feuillets embryonnaires / Neurulation et devenir des 3 feuillets (4h). Histologie des épithéliums (de revêtement et glandulaires), des tissus conjonctifs (tissus conjonctifs lâches, tissus conjonctifs denses, tissu cartilagineux, tissu osseux, tissu sanguin), des tissus musculaires (strié, lisse, cardiaque) et du tissu nerveux (12h) TD (4h) : Développement de l'oeuf de batracien (segmentation, gastrulation, neurulation) et développement de l'oeuf de poule (présentation succincte et comparaison avec le développement de batracien) TP (10h) : les 2 premiers TP (2 x3h) feront l’objet d’identification au microscope optique des différents tissus décrits en cours magistraux. Le 3ème TP (4h) fera l'objet d'ateliers au cours desquels les étudiants réaliseront : i) des coupes de tissus à l'aide de microtomes (à congélation et à paraffine), ii) des colorations histologiques de ces coupes suivies de montage entre lame et lamelle, iii) l'analyse au microscope optique des tissus colorés

          Volume horaire : 16h de CM - 4h de TD - 10h de TP

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        • Chiralité, stéréochimie et grandes fonctions chimiques (3 crédits)

          Code : S01CH4M3Langue : Français.

          Contenu : Grandes fonctions de la chimie organique et plus spécifiquement les molécules du vivant. Chiralité : définir les termes relatifs à la chiralité, repérer les éléments de symétrie au sein d’une structure Stéréochimie : déterminer les descripteurs stéréochimiques, représenter l’ensemble des stéréomères d’une molécule… Propriétés physiques et chimiques des énantiomères et des diastéréomères et méthodes d’analyse de molécules chirales.

          Volume horaire : 14h de CM - 16h de TD

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    • LISTE DES UE POUR L'ENSEIGNEMENT A DISTANCE (18 crédits)
      • Introduction à la microbiologie (3 crédits)

        Code : S01BI4M10Langue : Français.

        Contenu : Les cours initient les étudiants à la microbiologie en leur apportant les notions de base sur les différents microorganismes procaryotes et eucaryotes, et leurs méthodes d'étude. Des exemples d'adaptation cellulaire et moléculaire (environnement terrestre-aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes) seront choisis pour illustrer la diversité du monde microbien. Plan du cours chapitre 1 : Histoire de la microbiologie et définition de la discipline chapitre 2 : Présentation des micro-organismes (procaryotes et eucaryotes) chapitre 3 : Biologie cellulaire procaryote (bactéries et archées) et méthodes d'étude chapitre 4 : Introduction à la diversité du monde microbien : environnements terrestre et aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes

        Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

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      • Introduction à la biologie du développement (3 crédits)

        Code : S01BI4M14Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

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      • Physiologie (6 crédits)

        Code : S01BI4M15Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 36h de CM - 12h de TD - 12h de TP

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      • Organismes et évolution 1 (3 crédits)

        Code : S01BI4M16Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 3h de CM - 12h de TD - 15h de TP

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      • Organismes et évolution 2 (3 crédits)

        Code : S01BI4M25Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 3h de CM - 12h de TD - 15h de TP

        Plus d'informations

    • CHOIX D'OPTIONS POSSIBLES POUR LE SITE DE LUMINY (18 crédits)
      • TP intégrés et analyses statistiques des données (6 crédits)

        Code : S01BI4M9Langue : Français.

        Contenu : non disponible.

        Volume horaire : 2h de CM - 20h de TD - 38h de TP

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      • Groupe 1 pour le site de Luminy (choisir 1 UE à 3 ECTS)
      • Groupe 2 pour le site de Luminy (choisir 1 UE à 3 ECTS)
        • Introduction à la microbiologie (3 crédits)

          Code : S01BI4M10Langue : Français.

          Contenu : Les cours initient les étudiants à la microbiologie en leur apportant les notions de base sur les différents microorganismes procaryotes et eucaryotes, et leurs méthodes d'étude. Des exemples d'adaptation cellulaire et moléculaire (environnement terrestre-aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes) seront choisis pour illustrer la diversité du monde microbien. Plan du cours chapitre 1 : Histoire de la microbiologie et définition de la discipline chapitre 2 : Présentation des micro-organismes (procaryotes et eucaryotes) chapitre 3 : Biologie cellulaire procaryote (bactéries et archées) et méthodes d'étude chapitre 4 : Introduction à la diversité du monde microbien : environnements terrestre et aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes

          Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

          Plus d'informations

        • Physiologie du comportement alimentaire (3 crédits)

          Code : S01BI4M24Langue : Français.

          Contenu : La régulation de la prise de nourriture est un processus physiologique complexe qui fait intervenir un dialogue entre le système nerveux et les organes périphériques (pancréas, tissu adipeux...). Cette communication est à la fois de type nerveuse et endocrine (hormones et glandes). Lors de ces enseignements, il sera donc vu en détail comment notre système nerveux en intégrant l'ensemble de ces signaux permet le maintien de notre poids corporel en régulant finement notre comportement alimentaire. Dans une deuxième partie des enseignements, il sera également abordé l'impact de nos émotions, des facteurs sociaux ou encore sensoriels sur notre comportement alimentaire. En effet, ces facteurs cognitifs et émotionnels constituent également un aspect essentiel dans notre manière de manger et seront également intégrés et traités par le système nerveux. Notions abordées : Physiologie, Endocrinologie, Système nerveux, Communication cellulaire, Comportement, Émotion, Cognition. Le titre des enseignements est indiqué ci-dessous. ñ I. La régulation endocrinienne et neuronale du comportement alimentaire (14 h CM) ñ II. Les aspects sensoriels, émotionnels et cognitifs du comportement alimentaire (6 h CM)

          Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

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        • De la molécule au médicament (3 crédits)

          Code : S01PA4M20Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 28h de CM - 2h de TD

          Plus d'informations

      • Groupe 3 pour le site de Luminy (choisir 1 UE à 3 ECTS)
      • Groupe 4 pour le site de Luminy (choisir 1 UE à 3 ECTS)
        • Introduction à l’immunologie (3 crédits)

          Code : S01BI4M11Langue : Français.

          Contenu : Cette UE initie les étudiants aux bases nécessaires à l’Immunologie. Un historique de la discipline leur sera proposé ainsi que l’organisation anatomique et fonctionnelle du système immunitaire. Plusieurs concepts seront abordés tels que les notions de reconnaissances adaptative et innée, spécificité et diversité des répertoires T et B, les coopérations cellulaires et fonctions effectrices des cellules immunocompétentes. Enfin, les étudiants seront confrontés à des éléments d’immunophysiopathologie et d’immunotechnologie. · Chapitre 1 : Présentation des organes/cellules et la dynamique du système immunitaire Chapitre 2 : Immunité Innée Chapitre 3 : Reconnaissance T et B/ Présentation antigénique du CMH Chapitre 4 : Activation lymphocytaire et régulation de la réponse immune Chapitre 5 : Eléments d’Immunopathologie TD intégration et application de concepts TP : ELISA

          Volume horaire : 16h de CM - 6h de TD - 8h de TP

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        • Introduction à la programmation (3 crédits)

          Code : S01BI4M13Langue : Français.

          Contenu : L’étude des questions biologiques actuelles nécessite l’acquisition de données qui peuvent être massives (jusqu’à plusieurs millions d’observations). La gestion, puis l’analyse de telles données est donc conditionnée à la maîtrise de la programmation informatique. Ce module a d’abord pour objectif de familiariser les étudiants avec un environnement de travail sur ordinateur plutôt dédié à l’analyse scientifique qu’aux différents media, avec la découverte du système Unix (par opposition à Windows). Il sera ensuite temps d’apprendre les bases d’un langage de programmation (Python), l’un des plus utilisé par les biologistes à travers le monde aujourd’hui. L’étudiant apprendra alors à : (i) utiliser les variables informatiques, objets permettant de stocker l’information et de l’interroger ; (ii) structurer son code et organiser ses instructions afin répondre à la question posée ; (iii) lire des fichiers de données massifs et écrire les résultats son analyse dans un autre fichier ; (iv) transformer ses données des graphiques simples, et ainsi obtenir une première interprétation/évaluation. Ce module d’enseignement permettra donc à n’importe quel futur biologiste, même s’il ne se destine pas à poursuivre dans la bio-informatique, de pouvoir créer des scripts informatiques simples qui lui permettront d’obtenir une première analyse rapide et visuelle à partir d’une grande quantité de données, comme peuvent le générer les nouvelles techniques de séquençage (ou génotypage) à haut débit. Résumé du contenu : · Système d'exploitation Unix et commandes Shell · Langage de programmation Python : o Variables simples et conteneurs o Structures conditionnelles et boucles o Lectures et écritures de fichiers o Visualisation de données

          Volume horaire : 12h de CM - 18h de TP

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        • Chimie expérimentale pour la biologie (3 crédits)

          Code : S01CH4M4Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 10h de TD - 20h de TP

          Plus d'informations

    • CHOIX D'OPTIONS POSSIBLES POUR LE SITE DE SAINT-CHARLES (18 crédits)
      • Groupe 1 pour le site de Saint-Charles (choisir 1 UE à 6 ECTS)
      • Groupe 2 pour le site de Saint-Charles (choisir 1 UE à 3 ECTS)
        • Découverte des neurosciences (3 crédits)

          Code : S01BI4M12Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 14h de CM - 8h de TD

          Plus d'informations

        • Organismes et évolution 1 (3 crédits)

          Code : S01BI4M16Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 3h de CM - 12h de TD - 15h de TP

          Plus d'informations

        • Ingénierie des protéines (3 crédits)

          Code : S01BI4M19Langue : Français.

          Contenu : L'objectif de cette UE est de présenter les moyens de produire des protéines volontairement modifiées en vue d'applications industrielles et thérapeutiques en mobilisant les connaissances théoriques et techniques multidisciplinaires issues de la recherche fondamentale. 1- Présentation générale de ce qu'est l'ingénierie des protéines et de ses objectifs. 2-Présentation des connaissances et des outils nécessaires (séquences nucléiques et protéiques, données structurales et méthodes de détermination des structures. Eléments fonctionnels des protéines : stabilité, fonction biologique…) 3- Techniques de l'ADN recombinant (clonage, expression, mutagenèse dirigée et aléatoire, criblage et sélection). 4- Modification des protéines autrement que par génie génétique. 5-Etude d'exemples de programme d'ingénierie des protéines (objectifs, méthodologies, modélisation de mutants ponctuels) illustrant la diversité des champs d'application industriels ou thérapeutiques.

          Volume horaire : 12h de CM - 8h de TD - 10h de TP

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      • Groupe 3 pour le site de Saint-Charles (choisir 1 UE à 3 ECTS)
        • Introduction à la microbiologie (3 crédits)

          Code : S01BI4M10Langue : Français.

          Contenu : Les cours initient les étudiants à la microbiologie en leur apportant les notions de base sur les différents microorganismes procaryotes et eucaryotes, et leurs méthodes d'étude. Des exemples d'adaptation cellulaire et moléculaire (environnement terrestre-aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes) seront choisis pour illustrer la diversité du monde microbien. Plan du cours chapitre 1 : Histoire de la microbiologie et définition de la discipline chapitre 2 : Présentation des micro-organismes (procaryotes et eucaryotes) chapitre 3 : Biologie cellulaire procaryote (bactéries et archées) et méthodes d'étude chapitre 4 : Introduction à la diversité du monde microbien : environnements terrestre et aquatique, communautés bactériennes, interactions bactéries-hôtes

          Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

          Plus d'informations

        • Gastronomie moléculaire (3 crédits)

          Code : S01BI4M18Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 6h de CM - 12h de TD - 8h de TP

          Plus d'informations

        • Physiologie du comportement alimentaire (3 crédits)

          Code : S01BI4M24Langue : Français.

          Contenu : La régulation de la prise de nourriture est un processus physiologique complexe qui fait intervenir un dialogue entre le système nerveux et les organes périphériques (pancréas, tissu adipeux...). Cette communication est à la fois de type nerveuse et endocrine (hormones et glandes). Lors de ces enseignements, il sera donc vu en détail comment notre système nerveux en intégrant l'ensemble de ces signaux permet le maintien de notre poids corporel en régulant finement notre comportement alimentaire. Dans une deuxième partie des enseignements, il sera également abordé l'impact de nos émotions, des facteurs sociaux ou encore sensoriels sur notre comportement alimentaire. En effet, ces facteurs cognitifs et émotionnels constituent également un aspect essentiel dans notre manière de manger et seront également intégrés et traités par le système nerveux. Notions abordées : Physiologie, Endocrinologie, Système nerveux, Communication cellulaire, Comportement, Émotion, Cognition. Le titre des enseignements est indiqué ci-dessous. ñ I. La régulation endocrinienne et neuronale du comportement alimentaire (14 h CM) ñ II. Les aspects sensoriels, émotionnels et cognitifs du comportement alimentaire (6 h CM)

          Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

          Plus d'informations

        • Organismes et évolution 2 (3 crédits)

          Code : S01BI4M25Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 3h de CM - 12h de TD - 15h de TP

          Plus d'informations

      • Groupe 4 option Saint-Charles Semestre 4 LIC SV (3 ECTS à choisir)
        • Introduction à la programmation (3 crédits)

          Code : S01BI4M13Langue : Français.

          Contenu : L’étude des questions biologiques actuelles nécessite l’acquisition de données qui peuvent être massives (jusqu’à plusieurs millions d’observations). La gestion, puis l’analyse de telles données est donc conditionnée à la maîtrise de la programmation informatique. Ce module a d’abord pour objectif de familiariser les étudiants avec un environnement de travail sur ordinateur plutôt dédié à l’analyse scientifique qu’aux différents media, avec la découverte du système Unix (par opposition à Windows). Il sera ensuite temps d’apprendre les bases d’un langage de programmation (Python), l’un des plus utilisé par les biologistes à travers le monde aujourd’hui. L’étudiant apprendra alors à : (i) utiliser les variables informatiques, objets permettant de stocker l’information et de l’interroger ; (ii) structurer son code et organiser ses instructions afin répondre à la question posée ; (iii) lire des fichiers de données massifs et écrire les résultats son analyse dans un autre fichier ; (iv) transformer ses données des graphiques simples, et ainsi obtenir une première interprétation/évaluation. Ce module d’enseignement permettra donc à n’importe quel futur biologiste, même s’il ne se destine pas à poursuivre dans la bio-informatique, de pouvoir créer des scripts informatiques simples qui lui permettront d’obtenir une première analyse rapide et visuelle à partir d’une grande quantité de données, comme peuvent le générer les nouvelles techniques de séquençage (ou génotypage) à haut débit. Résumé du contenu : · Système d'exploitation Unix et commandes Shell · Langage de programmation Python : o Variables simples et conteneurs o Structures conditionnelles et boucles o Lectures et écritures de fichiers o Visualisation de données

          Volume horaire : 12h de CM - 18h de TP

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        • Introduction à la biologie du développement (3 crédits)

          Code : S01BI4M14Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

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        • Chimie moléculaire du vivant (3 crédits)

          Code : S01CH4M1Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 12h de CM - 10h de TD - 8h de TP

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      • Groupe 5 pour le site de Saint-Charles (choisir 1 UE à 3 ECTS)
        • Introduction à l’immunologie (3 crédits)

          Code : S01BI4M11Langue : Français.

          Contenu : Cette UE initie les étudiants aux bases nécessaires à l’Immunologie. Un historique de la discipline leur sera proposé ainsi que l’organisation anatomique et fonctionnelle du système immunitaire. Plusieurs concepts seront abordés tels que les notions de reconnaissances adaptative et innée, spécificité et diversité des répertoires T et B, les coopérations cellulaires et fonctions effectrices des cellules immunocompétentes. Enfin, les étudiants seront confrontés à des éléments d’immunophysiopathologie et d’immunotechnologie. · Chapitre 1 : Présentation des organes/cellules et la dynamique du système immunitaire Chapitre 2 : Immunité Innée Chapitre 3 : Reconnaissance T et B/ Présentation antigénique du CMH Chapitre 4 : Activation lymphocytaire et régulation de la réponse immune Chapitre 5 : Eléments d’Immunopathologie TD intégration et application de concepts TP : ELISA

          Volume horaire : 16h de CM - 6h de TD - 8h de TP

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        • Biomembranes (3 crédits)

          Code : S01BI4M26Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 12h de CM - 12h de TD - 6h de TP

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        • Chimie expérimentale pour la biologie (3 crédits)

          Code : S01CH4M4Langue : Français.

          Contenu : non disponible.

          Volume horaire : 10h de TD - 20h de TP

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  • UE DE PROFESSIONNALISATION (choisir 1 UE à 3 ECTS)
  • Enseignement supplémentaire S4 ALTER PACES (uniquement site de Luminy)

Semestre 5 Sciences de la vie : Biochimie

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  • Langues (3 crédits)

    Code : S01AN5M1Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 30h de TD

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  • Structure et fonction des protéines (6 crédits)

    Code : S01BI5A1Langue : Français.

    Contenu : ChI-La relation Structure-Fonction 1-La cristallographie aux rayons X 2- La résonance Magnétique Nucléaire 3- Techniques spectroscopiques pour comprendre la stabilité et les interactions des protéines. 4- Bases de données et diversité des protéines 5- Protéases à Sérine et évolution 6- Assemblage et dynamique des protéines fibrillaires 7- Protéines Intrinsèquement Désordonnées et pathologies ChII-La relation Structure-Dynamique-Fonction 1-Dynamique moléculaire, température, qualité et précision des structures 3D des protéines 2-Description des mouvements, charnières, cisaillements, allostérie et ajustement induit 3-Méthodes d'études de la dynamique des macromolécules biologiques ChIII-Modifications post-traductionnelles et Glycobiologie

    Volume horaire : 16h de CM - 14h de TD - 16h de TP

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  • De la biologie moléculaire à la génomique (3 crédits)

    Code : S01BI5A2Langue : Français.

    Contenu : Les CM seront organisés de sorte à faire des rappels de biologie moléculaire sur les processus cellulaires fondamentaux et comment ces processus ont pu être analysés à l'échelle globale de la cellule grâce à l'apport de la génomique et des techniques d'analyse globale développées. Chapitre 1 : Organisation des génomes Chapitre 2 : Les techniques de séquençage de l’ADN Chapitre 3 : La transcription chez les bactéries (et la technique du dRNA seq) Chapitre 4 : Régulation de la transcription chez les bactéries (et la technique du ChIP Seq) Chapitre 5 : La traduction chez les bactéries (et la technique de la Purification par Affinité en Tandem) Chapitre 6 : Manipulation du génome chez les procaryotes et chez les eucaryotes (et les techniques de Tn Seq et d’édition du génome CRISPR) Les TP , en salle informatique, permettront aux étudiants de commencer à prendre en main les premiers outils informatiques pour l'analyse des séquences et pour l'utilisation des banques de données.

    Volume horaire : 16h de CM - 14h de TP

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  • Enzymologie (6 crédits)

    Code : S01BI5A3Langue : Français.

    Contenu : Cet enseignement permet d’obtenir de solides connaissances sur les enzymes et leur régulation. Le cours portera essentiellement sur la cinétique michaélienne et la régulation des enzymes (pH, température, inhibiteurs). Des exemples d'applications de l’utilisation des enzymes dans les domaines médicaux et industriels ainsi que des exemples de thérapie ayant pour cible des enzymes sont présentés. Les mécanismes de catalyse enzymatique sont également abordés avec en illustration la famille des protéases à sérine. Thermo-cinétique Etude cinétique de la catalyse enzymatique. L'équation de Michaelis-Menten Les inhibitions L'effet du pH et de la température sur la vitesse de la réaction enzymatique L'effet allostérique et la coopérativité Exemples de la régulation de l'activité enzymatiques Classement des enzymes et cofacteurs

    Volume horaire : 30h de CM - 14h de TD - 16h de TP

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  • Réactivité des biomolécules (6 crédits)

    Code : S01CH5A4Langue : Français.

    Contenu : Chapitre 1 : Rappels et compléments de stéréochimie 1.1 Stéréochimie des polycycliques de type stéroidiens et des sucres 1.2 Représentations des molécules d’intérêt biologique 1.3 Notion de prochiralité des mécanismes enzymatiques Chapitre 2 : Les entités réactives des processus enzymatiques 2.1 Fonctions importantes en enzymologie et analyse fonctionnelle des coenzymes 2.2 Rappels sur les effets électroniques 2.3 Les entités réactivités en bioorganique Chapitre 3 : Substitution nucléophile 3.1 Application aux lipases et kinases 3.2 Transesterification/thioestification, action du coenzyme-A 3.3 Application à la digestion des graisses Chapitre 4 Réactivité du groupe carbonyle 4.1 Activation du CO par les métaux (Mg2+, Zn2+) 4.2 Acétalisation dans la chimie des sucres 4.3 Imination et études des enzymes PLP dépendantes Chapitre 5 Etude de grandes voies métaboliques 5.1 Biosynthèse de la lysine et processus catabolique de la méthionine 5.2 Biosynthèse des acides gras et Cycle de Krebs

    Volume horaire : 30h de CM - 26h de TD - 4h de TP

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  • Choix entre UE PROMEEF2 et PPPE S5 Parcours A (3 crédits)
  • Groupe 1 option parcours A Semestre 5 LIC SV (3 crédits)
    • Génétique moléculaire bactérienne (3 crédits)

      Code : S01BI5A6Langue : Français.

      Contenu : Réplication (inclus la division cellulaire). Analyse génétique (mutations origine, différents types, sélection versus identification), transferts horizontaux d'ADN (transformation, conjugaison transduction).

      Volume horaire : 16h de CM - 14h de TD

      Plus d'informations - In English

    • Biotechnologie et génomique végétales (3 crédits)

      Code : S01BI5A7Langue : Français.

      Contenu : L'objectif est de faire percevoir la continuité conceptuelle entre l'évolution des plantes et leur domestication ainsi que la continuité méthodologique entre les techniques de la génétique classique, celles de la culture in vitro et celles de l'ingénierie génétique et de l'analyse des génomes appliquées à l'amélioration des plantes cultivées. Le contenu : Grandes transitions de l'évolution des plantes Historique de la culture in vitro Culture in vitro et biotechnologie Transformation génétique Amélioration des plantes et modification des génomes Structure et évolution des génomes Relation entre génome nucléaire et chloroplastique Cartographie des génomes Utilisation des marqueurs moléculaires et clonage positionnel Analyse d'articles : Transformations génétiques dans l'évolution des plantes et transgénèse

      Volume horaire : 16h de CM - 14h de TD

      Plus d'informations

Semestre 6 Sciences de la vie : Biochimie

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  • Langues (3 crédits)

    Code : S01AN6M1Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 30h de TD

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  • Bioinformatique et génomique (3 crédits)

    Code : S01BI6A10Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 10h de CM

    Plus d'informations

  • Biochimie intégrative et machineries moléculaires (6 crédits)

    Code : S01BI6A8Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD - 30h de TP

    Plus d'informations

  • Méthodes analytiques de caractérisations des biomolécules (6 crédits)

    Code : S01CH6A11Langue : Français.

    Contenu : 1 – Application des spectroscopies UV-Visible et de fluorescence à la quantification des biomolécules. Spectroscopie IR et Raman : Théorie, Applications dédiées à l’identification structurale de biomolécules. Applications particulière de la fluorescence (MST, par exemple) et des sondes fluorescentes, en spectroscopie. 2 - Applications de la fluorescence et des sondes fluorescentes en imagerie dans un contexte biologique. 2.1 Rappels des principes de fluorescence. Fluorochromes et leurs propriétés. 2.2 Instrumentation pour l’imagerie : Microscopie à champ large, microscopie TIRF microscopie confocale à 1P, microscopies multi-photoniques. 2.3 Applications particulières : imagerie FRET (Fluorescence Resonance Energy Transfer), FLIM (Fluorescence Lifetime Imaging), FRAP (Fluorescence Recovery After Photobleaching). Imagerie intra-vital. 3 - La Résonance Magnétique Nucléaire : RMN H1 et C13 : - Théorie générale – Applications dédiées à l’identification structurale de molécules d’intérêt biologique. 4 - La spectrométrie de Masse :- Théorie générale, Applications en Bio-toxicologie, médecine, Biologie et Pharmacie

    Volume horaire : 38h de CM - 22h de TD

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  • Chimie bio-inorganique (3 crédits)

    Code : S01CH6A9Langue : Français.

    Contenu : Chapitre 1 : Introduction à la chimie de coordination – Equilibres de complexation Chapitre 2 : Structure électronique des complexes : modèle du champ cristallin Chapitre 3 : Propriétés optiques et magnétiques des centres métalliques Chapitre 4 : Métaux en catalyse, métalloenzymes, métaux en médecine

    Volume horaire : 8h de CM - 14h de TD - 8h de TP

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  • Statistique (3 crédits)

    Code : S01MA6A12Langue : Français.

    Contenu : non disponible.

    Volume horaire : 18h de TD - 12h de TP

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  • Groupe 2 option parcours A Semestre 6 LIC SV (6 crédits)
    • Microbiologie expérimentale et biotechnologies (3 crédits)

      Code : S01BI6A17Langue : Français.

      Contenu : Introduction à la diversité du monde microbien : caractéristiques cellulaires et trophiques, critères d'identification, notions de taxonomie. Introduction à la microbiologie industrielle souches industrielles et leur amélioration, finalités industrielles, procédés de production. Techniques expérimentales et pratiques de microbiologie

      Volume horaire : 10h de CM - 20h de TP

      Plus d'informations

    • Nutrition (3 crédits)

      Code : S01BI6A20Langue : Français.

      Contenu : Mécanismes moléculaires de la digestion des protéines Mécanismes moléculaires de la digestion des glucides Mécanismes moléculaires de la digestion des lipides Les vitamines et micro-nutriments Les probiotiques et les prébiotiques Microbiote intestinal : implications physiologiques et pathologiques

      Volume horaire : 18h de CM - 12h de TD

      Plus d'informations

    • Bioinformatique : réseaux, régulation (3 crédits)

      Code : S01BI6B11Langue : Français.

      Contenu : Théorie des graphes Analyse des réseaux Réseaux biologiques Réseaux de correlation

      Volume horaire : 10h de CM - 20h de TP

      Plus d'informations

    • Biologie du développement (3 crédits)

      Code : S01BI6B13Langue : Français.

      Contenu : non disponible.

      Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

      Plus d'informations

    • Immunologie fondamentale (3 crédits)

      Code : S01BI6B14Langue : Français.

      Contenu : Cette Unité d'enseignement expose les principaux concepts et les mécanismes cellulaires et moléculaires associés de l'Immunologie fondamentale moderne. · Description des systèmes de reconnaissance et des mécanismes effecteurs de l'Immunité innée · Mise en place d'une réponse immune (inflammation et dynamique), · Immunité Adaptative : lymphopoïèse, diversité des récepteurs à l'antigène, activation lymphocytaire. Les TD sont des applications du cours, des exemples d'immunophysiopathologie et des problématiques. Pré-requis pour une orientation en Master Immunologie

      Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

      Plus d'informations

    • Expérimentation et différenciation des cellules souches (3 crédits)

      Code : S01BI6B16Langue : Français.

      Contenu : L’un des défis de la Biologie du développement est de comprendre par quels mécanismes les cellules souches neurales sont capables de se différencier pour donner les différents types cellulaires qui constituent notre système nerveux. L’objectif de cet enseignement, de type « learning by doing », est de faire découvrir ces mécanismes aux étudiants grâce l’expérimentation. Ils utiliseront deux organismes modèles, la drosophile et le nématode, souvent utilisés pour répondre à ces questions car le développement et l’organisation de leur système nerveux est plus simple que celui des vertébrés, et aussi parce que les mécanismes qui y contribuent sont conservés au cours de l’évolution. Ils devront réaliser des expériences, analyser et présenter leurs résultats sous forme d’un article scientifique. Cet enseignement est multidisciplinaire (biologie moléculaire et cellulaire, biologie du développement, génétique, physiologie,..) de manière à ce que les étudiants aient une vision intégrée de leurs connaissances et de la démarche scientifique dans le domaine de la biologie du développement.

      Volume horaire : 30h de TP

      Plus d'informations

    • Ingénierie chimique du vivant (3 crédits)

      Code : S01CH6A13Langue : Français.

      Contenu : chapitre 1 : Principes de la chimie pour le développement durable chapitre 2 : Notion d’économie d’atomes et d’étapes chapitre 3 : Les solvants verts existent-ils ? chapitre 4 : Les bioconversions comme procédés écoresponsables chapitre 5 : Techniques d’activation faiblement énergivores chapitre 6 : Valorisation de la biomasse chapitre 7 : Quelques procédés industriels devenues « vert »

      Volume horaire : 15h de CM - 15h de TD

      Plus d'informations

    • Interactions protéines médicaments (3 crédits)

      Code : S01PA6A14Langue : Français.

      Contenu : Les bases de l’interaction protéine (récepteur) – médicament (ligand) Les principales techniques d’étude avec ses applications 2.1les spectroscopies UV-visible, la fluorescence, le dichroïsme circulaire 2.2 les microscopies de fluorescence

      Volume horaire : 12h de CM - 12h de TD - 6h de TP

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    • Innovation moléculaire à visées thérapeutiques (3 crédits)

      Code : S01PA6A18Langue : Français.

      Contenu : Les enseignements seront effectués par six intervenants selon les thématiques suivantes : Bases de chimie pour la synthèse de médicaments Initiation à la chimie verte Synthèse peptidique Activation micro-ondes/ultra-sons Couplages pallado-catalysés Analyse de structures de médicaments En fin d’UE, l’étudiant réalisera un projet tutoré en trinôme ayant pour thème le médicament. Après une formation concernant la recherche bibliographique, les étudiants choisiront 1 à 3 articles scientifiques en anglais sur un sujet prédéfini. Ces articles seront ensuite présentés sous forme orale (en français)

      Volume horaire : 19h de CM - 7h de TD

      Plus d'informations

Informations diverses

Secrétariat pédagogique :