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Master Gestion de l'environnementUE Bases de biologie, microbiologie et écotoxicologie

Contenu

Cette UE vise à : (1) acquérir des connaissances fondamentales en microbiologie ; (2) comprendre les principales fonctions assurées par les microorganismes dans la formation et le fonctionnement des sols ; (3) comment utiliser les microorganismes en écotoxicologie/bioindication pour étudier la vulnérabilité des pédosystèmes. (1) Connaissances fondamentales en microbiologie : Plans d’organisation de la cellule archéenne, bactérienne et fongique. Types trophiques et métabolismes énergétiques des microorganismes. Structures des parois microbiennes et mécanismes d’adhésion aux surfaces. Croissance, formation de biofilms et rôle des microorganismes dans la structuration des sols. Diversité morphologique et rôle des mycorhizes dans la structuration des sols. (2) Les grandes fonctions biogéochimiques assurées par les microorganismes du sol. Cycle de C : mécanismes microbiens de minéralisation des principaux polymères carbonés : polysaccharides, chitine, polyphénols etc. Mécanismes microbiens à l’origine de la formation des substances humiques. Cycle de N : fixation microbienne symbiotique et non symbiotique de l’azote atmosphérique. Mécanismes microbiens à l’origine de l’ammonification, de la nitrification et de la dénitrification. Cycle de P : minéralisation des phosphates. Cycle de S : sulfooxydation et sulfato-réduction microbienne. Concept de boucles trophiques microbiennes. (3) Bioindication de la qualité des sols et écotoxicologie. Utilisation des fonctions microbiennes en bioindication de la qualité des sols : enzymologie des sols, respirométrie, diversités fonctionnelles et spécifiques. Tests écotoxicologiques reposant sur l’utilisation de microorganismes : Microtox, Mutatox, croissance-CI50, test d’Ames, inhibition du potentiel mycorhizogène.

Compétences visées

  • Connaissances de l’implication des microorganismes dans le fonctionnement des pédosystèmes ;
  • Utilisation des microorganismes et de leurs fonctions comme bioindicateurs de la vulnérabilité des sols à différentes contraintes anthropiques ;
  • Savoir théorique et pratique (analyses microbiologiques et biochimiques d’échantillons de sols).

Langue utilisée

Langue principale utilisée par cet enseignement : Français.

Pré-requis obligatoires

Bases de biologie

Volume des enseignements

  • Cours magistraux : 18 heures
  • Travaux pratiques : 12 heures