AccueilMasterBiodiversité, écologie et évolutionIngénierie écologique (IngEco)

Master Biodiversité, écologie et évolutionParcours type : Ingénierie écologique (IngEco)

Sélection en master 1

Objectifs

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Parcours INGECO offrant 2 finalités :

  • Finalité ECOGEST « Ecologie pour la Gestion des villes et des Territoires » pour former des écologues généralistes ayant une compétence supplémentaire en sciences humaines et sociales (sociologie, géographie, droit), travaillant à l’interface entre la gestion durable des ressources dans les espaces urbains ou fortement anthropisés (biodiversité, habitat, sol) et l’aménagement de ces espaces.
  • Finalité ECOTECH « Ecotechnologies & Bioremédiation » pour former des écologues aptes à analyser l’état des écosystèmes perturbés voire pollués, et à conceptualiser des solutions d’atténuation de la dépollution et de restauration des milieux. Outre des connaissances fondamentales solides en ingénierie écologique, cette finalité s’appuie sur les bases du droit de l’environnement et le réseau d’acteurs et d’usagers du territoires pour mener les réflexions écologiques dans ce contexte.

Formation et recherche

Porté par une équipe pédagogique d’enseignants-chercheurs d’Aix-Marseille Université venant du Laboratoire Population Environnement Développement en collaboration avec l’Institut Méditerranéen de Biodiversité et Ecologie marine et continentale, l’Institut d'urbanisme et d'aménagement régional et l’Ecole Nationale du Paysage (Marseille), notamment, la formation privilégiera une vision interdisciplinaire tout en apportant un socle solide de connaissances en écologie appliquée aux territoires urbanisés et/ou perturbés.

Pré-requis obligatoires

Connaissances en biologie, écologie, chimie

Pré-requis recommandés

Ouverture à l’interdisciplinarité (urbanisme, aménagement du paysage, sociologie, histoire…)

Régimes d'inscription

Cette formation est accessible en

Formation initiale
Formation continue

Compétences visées

Finalité ECOGEST : Maîtriser les enjeux de préservation de la biodiversité dans les espaces artificialisés (urbains, ruraux, littoraux, infrastructures linéaires de transports, centrales énergétiques…), pour définir des méthodes d’aménagement et de gestion par une approche interdisciplinaire, afin d’accompagner les politiques environnementales et en concevoir les suivis.

Finalité ECOTECH : Maîtriser les concepts de l’ingénierie écologique, de la restauration écologique et de la bioremédiation pour apporter des solutions pour la gestion des écosystèmes perturbés compatibles avec les objectifs de développement durable.

Métiers visés

Codes ROME :

Spécialités de formation (code NSF) :

  • 113g : Sciences (biologie-géologie) de l'environnement, des écosystèmes
  • 341m : Aménagement du territoire, urbanisme
  • 343n : Nettoyage, assainissement, protection de l'environnement (conception)

Stages et projets encadrés

En M1, un stage obligatoire (d’une durée de 2 mois pour 6 ECTS) permet l’application de la démarche scientifique au sein du milieu professionnel des secteurs de la recherche et de la gestion du patrimoine naturel. En M2, le 4ème semestre est entièrement consacré à un stage de 6 mois maximum (30 ECTS) qui permet aux étudiants d’acquérir une expérience professionnelle et de mettre en œuvre les compétences enseignées. Le stage est gratifié quand il se déroule en France, et les stages à l'étranger sont encouragés par des aides à la mobilité internationale.

Volume des enseignements

  • Cours magistraux : 166 heures
  • Travaux dirigés : 130 heures
  • Travaux pratiques : 88 heures
  • Stage : 24 semaines

Modalités pédagogiques particulières

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L’enseignement sera organisé en cours magistraux complétés de travaux dirigés et pratiques ainsi que de stages ou sorties « terrain » et de visites, en France et à l'étranger.

Le dernier semestre du M2 sera consacré au stage en entreprise ou en laboratoire d'une durée de 5 à 6 mois. Le stage est gratifié quand il se déroule en France, et les stages à l'étranger sont encouragés par des aides à la mobilité internationale.

Master 1 BEE : Ingénierie écologique Semestre 1 BEE : Ingénierie écologique

[ détails ]

  • Tronc commun de semestre 1 en ingénierie écologique (30 crédits)
    • Démarche scientifique en écologie (6 crédits)

      Code : DSECOLangue : Français.

      Contenu : Cours sur les modes d’inférences en écologie, école de terrain centrée sur la conception d’une question de recherche et d’un plan d’échantillonnage, qui se poursuit par des travaux dirigés sur l’analyse des données récoltées et la présentation de l’interprétations des résultats. Découverte de la démarche scientifique en écologie dans son ensemble : 1) définition d’une problématique de recherche théorique ou appliquée et d’objectifs opérationels, 2) conception d’un plan d’échantillonnage, 3) mise en place d’une méthodologie de récolte de données, 4) analyse des données, 5) interprétations et présentation des résultats à l’oral et à l’écrit.

      Volume horaire : 6h de CM - 14h de TD

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    • Ecologie fonctionnelle et écosystèmes (3 crédits)

      Code : ECOFONCECOSLangue : Français.

      Contenu : L’objectif de cette UE est la connaissance du fonctionnement des écosystèmes. Il sera abordé par les flux de matière et d’énergie à travers les réseaux trophiques, le recyclage de la matière via l’étude des processus de remise à disposition des nutriments (cycles biogéochimiques). Il sera également abordé la notion de traits fonctionnels en écologie et les modèles mécanistes de changement d’aires de distribution des communautés incluant les successions végétales.

      Volume horaire : 22h de TD - 4h de TP

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    • Ecosphère et environnement (3 crédits)

      Code : ECOSENVLangue : Français.

      Contenu : En interaction avec la pédosphère et les usages, les évolutions climatiques planétaires déterminent des gradients des facteurs abiotiques du milieu dont les variations dans l’espace et dans les temps ont des conséquences fondamentales sur la structure et la dynamique de la biodiversité. Sous la forme de CM, TD et d’une sortie, les enseignements décriront ces facteur et établiront les liens entre leur évolution et les processus écologiques. Les grands thèmes abordés seront : 1) Les paramètres climatiques et leur évolution (dont changement climatique), 2) les propriétés physico-chimiques de l’eau, 3) les facteurs pédologiques (biodisponibilité des éléments minéraux et modèles hydrodynamiques), 4) les perturbations écologiques, 4) les usages et leur évolution.

      Volume horaire : 19h de CM - 5h de TD - 6h de TP

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    • De l'évolution à la diversité du vivant (3 crédits)

      Code : EVOLDIVLangue : Français.

      Contenu : L’UE ‘De l'évolution à la diversité du vivant’ a pour objectif de faire comprendre et maîtriser des notions et mécanismes évolutifs complexes à l'origine de la biodiversité, tels que la théorie des jeux, la fitness inclusive ou l'évolution du sexe et de la reproduction.

      Volume horaire : 17h de CM - 13h de TD

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    • Méthodes en écologie (6 crédits)

      Code : METHECOLangue : Français.

      Contenu : L’objectif de l’UE est d'apprendre les étuduants à être capable d'établir et de suivre un protocole d’échantillonnage et de quantification des populations et communautés animales, végétales et microbiennes terrestres et aquatiques, et d'en interpréter les résultats. INTRO / Formuler une problématique de manière étayée et précise / Identifier un ensemble d'hypothèses / Conduire une expérience en conditions contrôlées / Concevoir une stratégie et un plan d'échantillonnage / Géoréférencer une parcelle d'étude / Quantifier les paramètres géographiques (pente, distance à la mer, altitude, orientation...) / Quantifier les paramètres climatiques d'un milieu (température air et sol, humidité air et sol, précipitation, vent…) / Calcul d'une aire minimale et délimiter une aire d'échantillonnage / Savoir rédiger une fiche de terrain / Organiser les données pour un traitement statistique / Rédiger un rapport / FAUNE / Mettre en œuvre les méthodes nécessaires pour réaliser un inventaire biologique aquatique / Réaliser un inventaire des arthropodes terrestres / Mesurer la taille d'une population animale (CMR, point d'écoute…) / FLORE / Réaliser un inventaire floristique et estimer le recouvrement végétal /abondance relative des espèces / Estimer la biomasse du peuplement, d'une communauté /population végétale / Estimer la dynamique et la structure d'une population/communauté végétale (variabilités morphométriques et biométriques intra et interspécifiques = traits) / SOL / Décrire un profil de sol et identifier le type de sol / Quantifier une activité microbienne / Quantifier les propriétés physico-chimiques du sol (pH, teneurs en C, N, P, perméabilité, granulométrie, stabilité structurale, Da, Dr…) / Estimer la dynamique et la structure d'une population/communauté animale édaphique (macro et mésofaune)

      Volume horaire : 16h de CM - 26h de TD - 12h de TP

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    • Des populations aux communautés (3 crédits)

      Code : POPCOMLangue : Français.

      Contenu : L’objectif de ce cours est de comprendre et décrire la structure et le fonctionnement des populations, métapopulations, communautés, métacommunautés au sein des écosystèmes. La construction de la niche écologique ; La génétique des communautés ; Le modèle BAM ; Structure des communautés et Indices ; Les indices de diversité - Nombre de Hill ; Les perturbations anthropiques et leurs impacts sur les communautés ; Les métapopulations ; Les métapopulations – TD ; Traits fonctionnels à l'échelle des communautés ; Vers les métacommunautés

      Volume horaire : 20h de CM - 10h de TD

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    • Traitement des données (6 crédits)

      Code : TRAITDONNEESLangue : Français.

      Contenu : Cet enseignement comprend deux parties indépendantes : Analyse de données en sciences environnementales, afin de permettre la compréhension et la mise en œuvre des méthodes d’analyse statistique les plus utilisées en sciences environnementales Initiation au langage informatique R, rappels sur les tests paramétriques basiques, formation aux modèles linéaires, incluant l’analyse de variance, les régressions simples et multiples et l’analyse de covariance, formation aux techniques d’ajustement de distribution (i.e. tests de normalité), formation à l’analyse factorielle (ACP) Systèmes d'information géographiques, visant à connaitre globalement les principes de la géodésie et le principe des SIG et savoir manipuler un logiciel de système d’information géographique (QGIS) Découverte QGIS, données WMS, WFS, WCS… , données vectorielles, microprojet (application concrète) sur les données vectorielles, mise en page et export / organisation des SIG, données maillées, mini-projet sur un cas concret permettant l’utilisation globale de QGIS (vecteur/WMS/Raster)

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  • (TCP) Module de perfectionnement

Master 1 BEE : Ingénierie écologique Semestre 2 BEE : Ingénierie écologique

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  • Stage M1 (6 crédits)

    Code : TC3RLangue : Français.

    Contenu : L’objectif de cette UE consiste à apprendre à conduire un projet scientifique de façon autonome sous encadrement d’un scientifique : rédiger et évaluer la faisabilité d’un projet ; rédiger une esquisse de projet ; conduire la recherche, analyser et synthétiser les résultats sous forme de rapport qui suit les conventions d’un article scientifique standard. 1) Recherche de sujet de stage en écologie ; 2) Réunion de cadrage pour le suivi du projet 3) Un TD sur les modalités de l’écriture de rapport (structure du rapport, consignes de rédaction, exemples d’écriture) 4) rendu d’un pré-projet à la fin du premier mois du stage 5) rendu d’un commentaire sur le pré-projet 6) rendu du rapport final 7) soutenance et retour sur le rapport réalisé ; il y a 5 h de TD en présentiel, les 27h restants x 2 groupes sont pour les encadrants à la hauteur d’une heure par étudiant encadré.

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  • Bloc de semestre 2 en ingénierie écologique (18 crédits)
    • Options de master 1 en écologie pour la gestion des villes et du territoire (18 crédits)
      • Biodiversité remarquable, invasive et ordinaire (4 crédits)

        Code : BIODIVERSLangue : Français.

        Contenu : L’objectif de cette UE est une réflexion sur les fondements de l’évaluation de la biodiversité.

        Volume horaire : 10h de CM - 22h de TD - 8h de TP

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      • Eaux et sols : gestion des risques (3 crédits)

        Code : EAUSOLLangue : Français.

        Contenu : L’objectif de l’enseignement est d'appréhender dans leur globalité les potentialités écologiques des milieux aquatiques urbains (études de cas en région PACA). Introduction sur risques et évaluation : 3H CM, Risques crue en ville : 4H CM, Pollution des sols : 5HCM, Pollution des eaux (Usages, DCE, Indicateurs) : 8hCM--> Sortie terrain commune 4H, 6 H de TD : approche par problème. Un jeu de données sera fourni, les étudiants devront l’exploiter pour répondre à une question précise liées aux potentialités écologiques et à la gestion des rivières urbaines

        Volume horaire : 20h de CM - 6h de TD - 4h de TP

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      • Ecologie des systèmes anthropisés (4 crédits)

        Code : ECOSYANTLangue : Français.

        Contenu : L'UE a pour l'objectif de mettre en place les connaissances issues des théories en écologie du paysage aux écosystèmes urbains et périurbains, de connaître les acteurs du territoires, d'appréhender un paysage via sa quantification mais également sur le terrain et de réaliser des comptes rendus structurés suite aux sorties terrains. Ecologie du Paysage - L'émergence d'une science ; Ecologie du Paysage - Généralités – Corridors ; Les indices Paysagers ; Trame verte et bleue ; Ecologie des paysages urbains ; Les acteurs du territoire ; Sortie terrain ; Restitution sorties

        Volume horaire : 12h de CM - 12h de TD - 16h de TP

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      • Gestion et naturalité (4 crédits)

        Code : GESNATLangue : Français.

        Contenu : Cette UE vise à mettre en évidence le lien entre naturalité et biodiversité dans des systèmes écologiques soumis et non soumis à des mesures de gestion et à faire connaitre les différents acteurs et outils de gestion des espèces et espaces en territoires urbains et péri urbains. Définition de la naturalité, d’un écosystème de référence. Evaluation de la biodiversité à différentes échelles de temps. Importance des perturbations et de la dimension économique (exploitation, gestion) sur la structure, la composition et la biodiversité des systèmes écologiques. Quelle gestion pour quelle biodiversité et quel usage du territoire ?

        Volume horaire : 16h de CM - 12h de TD - 12h de TP

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      • Atelier de paysage et nature en ville (3 crédits)

        Code : VILLELangue : Français.

        Contenu : Résolument transdisciplinaire, ce module s’organise sous la forme d’un workshop d’une semaine. Il a pour objectif d’interroger la manière dont sont prises en compte les différentes formes de natures urbaines dans la planification et l’urbanisme contemporains, à travers la notion intégratrice de paysage. Sur le fond, il s’articule sur une série de cours destinés à présenter les notions essentielles du système écologique urbain (écologique (Biodiversité quels espaces pour quelles espèces) afin de mieux comprendre leur intégration dans les documents de planification et d’urbanisme régionaux et locaux (SRCE, SCoT, PLU, etc.). Sur la forme, il propose une expérience d’arpentage de terrain destinée à réaliser, in situ, une lecture partagée d’un territoire retranscrite, in visu, par différents outils d’analyse paysagère (croquis, coupes, blocs diagrammes, etc.).

        Volume horaire : 6h de CM - 18h de TD

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    • Options de master1 en écotechnologies et bioremédiation (18 crédits)
      • Développement végétal et interactions microbiennes (4 crédits)

        Code : DEVVEGMICLangue : Français.

        Contenu : Cette UE traite des processus développementaux chez les végétaux et des interactions avec les microorganismes. Les points suivants seront ainsi abordés : développement des plantes et liens fonctionnels avec les microorganismes (racines, surface des feuilles, fleurs, fruits). Influence des microorganismes sur le développement et la morphogenèse végétale. Interactions symbiotiques et pathogènes plantes-microorganismes. Interactions métabolites secondaires-microorganismes et valorisation de la biomasse et de la biodiversité tant du point de vue de la biomasse végétale que des microorganismes. Sortie et échantillonnage de plantes sur le terrain (étang, garrigue). Travaux pratiques et analyses de laboratoire. Interactions plantes – microorganismes et impact sur le développement végétal. Biodiversité et valorisation de biomasses végétales.

        Volume horaire : 23h de CM - 17h de TP

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      • Durabilité des socioécosystèmes (3 crédits)

        Code : DURSOCECOLangue : Français.

        Contenu : L’objectif de l’enseignement est un acquis des pratiques agricoles extensives et des pratiques alternatives durables. Pourquoi protéger les cultures/ histoire et problématiques de la protection chimique/ Définition de la durabilité et des différents types agriculture / luttes biologiques / OGM / selection variétale / induction de la resistance systémique / biofertilisation

        Volume horaire : 24h de CM - 6h de TD

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      • Ecophysiologie animale et végétale (4 crédits)

        Code : ECOPHYLangue : Français.

        Contenu : 20h Phy A : Composante physiologique et écologique de l’adaptation des animaux. Stratégies de régulation osmotique des invertébrés aux vertébrés, prise en compte des mécanismes cellulaires et ioniques qui les soutendent. Application en milieux salés hyper variables et en milieux aquatiques temporaires ; 8h CM + 6h TD. Parasitologie environnementale (4H CM), Présentation orale : 3h TD. 20h PhyVeg : Notion de traits écologiques ( AS : 4hCM+2hTD) ; Plantes et pollution (ILS : 4hCM+2hTD) ; Plantes et milieux salés (HF : 4hCM+2hTD) ; TD de restition commun (AS/HF/ILS : 2h TD).

        Volume horaire : 26h de CM - 14h de TD

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      • Ecotechnologies et valorisation des bioressources (3 crédits)

        Code : ECOTECHLangue : Français.

        Contenu : Ce module a pour objectif de présentation des nouvelles écotechnologies et principaux domaines d’application. L’enseignement s’appuiera sur des exemples précis afin d’expliquer les processus écophysiologiques à la base de telles avancées. Ecotechnologies : valorisation des bioressources sur sols contaminés et déchets (sous-produits agricoles et déchets ménagers), les écotechnologies dans le domaine agricole (biopesticides, permaculture, agroforesterie)- Valorisation de la biomasse : biomasse végétale comme la lignocellulose (ss produits de l’agricultures) pour la production d’énergie (bioéthanol seconde génération), de compost, de culture ou composés à haute valeur ajoutée (champignons comestibles, cosmétiques, composés pharmaceutiques) ; biomasse microbienne comme les microalgues : production d’éthanol, méthane, ressources nutritives pour l’aquaculture

        Volume horaire : 14h de CM - 8h de TD - 8h de TP

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      • Surveillance et santé environnementales (4 crédits)

        Code : SANTELangue : Français.

        Contenu : Dans cette UE, il s’agit de comprendre les enjeux et la complexité de la contamination environnementale et d'acquérir les concepts et des méthodes récentes de la biosurveillance pour une application à la santé environnementale et humaine. Principaux toxiques de l’environnement et cas concrets d'atteintes à l'environnement et à la santé humaine (Minamata, Seveso, pollution du Rhône…). Indicateurs microbiens de la qualité de l’eau (indicateurs de contamination fécale, virus, parasites, phycotoxines, cyanotoxines…). Ecotoxicogénomique (transcriptomique, protéomique et métabolomique) - Biomarqueurs dans le diagnostic environnemental (Biomarqueurs de défense/dommage - toxicologie génétique). Ecotoxicologie aquatique. Biomarqueurs et bioindicateurs chez les végétaux terrestres soumis à des pollutions atmosphériques. Schémas conceptuels d’exposition et risques sanitaires.

        Volume horaire : 30h de CM - 10h de TD

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  • Tronc commun de semestre 2 en biodiversité, écologie et évolution (6 crédits)

Master 2 BEE : Ingénierie écologique Semestre 3 BEE : Ingénierie écologique

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  • Bloc de semestre 3 en ingénierie écologique (12 crédits)
    • Outils professionnels (3 crédits)

      Code : PROLangue : Français.

      Contenu : non disponible.

      Volume horaire : 30h de TD

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    • Options de master 2 en écologie pour la gestion des villes et du territoire (9 crédits)
      • Ecologie urbaine (3 crédits)

        Code : ECOURBLangue : Français.

        Contenu : Partie 1 : Historique : de Chicago jusqu’à aujourd’hui en France et ailleurs dans le monde.- Partie 2 : Notions d’écosystème(s) urbain(s) : au niveau climatique, artificialisation des sols.- Partie 3 : Transposition des concepts de l’écologie en milieu urbain.-Niche écologique, notion d’habitat, d’aire minimale, théorie de la perturbation, relation aire-espèce, insularité.- Partie 4 : Questionner les méthodes d’études en milieu urbain.-Partie 5 : Les grandes problématiques écologiques ( Connectivité et fragmentation des milieux, Espèces invasives, Homogénéisation biotique, Conservation.- Partie 6 : Les services écosystémiques : quels services sont associés à la nature en ville.- Partie 7 Métabolisme urbain, ville durable, villes du futur.

        Volume horaire : 18h de CM - 12h de TD

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      • Gestion de la biodiversité aux différentes échelles  du territoire (3 crédits)

        Code : GESBIODIVLangue : Français.

        Contenu : L’objectif de ce cours est de donner les outils pour faire dialoguer écologues et acteurs du territoire pour la gestion concertée de la biodiversité des territoires fortements anthropisés. Introduction : Historique de la gestion de la biodiversité et regard à l’échelle mondiale- Partie 1 : Contexte et stratégies pour la Biodiversité -Partie 2 : Politiques d’aménagement (1/ Trames vertes, trames bleues, trames brunes, trames noires, trames bleu marine, coefficients de biotopes. 2/ Intégration de la biodiversité dans les politiques de Planification urbaine. 3/ Comment gérer les espèces protégées en ville.)-Partie 3 : Politiques de gestion (Code de l’arbre, Gestion différenciée, Permis de végétaliser...)-Partie 4 : Observatoires, indicateurs et dispositifs divers de suivis (Les différents observatoires avec leurs échelles, Sciences participatives, Espèces sentinelles, Indicateurs, indices… ).

        Volume horaire : 16h de CM - 6h de TD - 8h de TP

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      • Sociologie des interactions nature-société en ville (3 crédits)

        Code : SOCIOLangue : Français.

        Contenu : L’objectif de l’enseignement est double : connaître les principaux travaux réalisés en sociologie de l’environnement appliquée à la ville et appréhender les principales méthodologies utilisées dans le cadre d’une enquête sociologique. Les enseignements se partagent entre des enseignements théoriques et méthodologiques. 1- Sociologie et environnement urbain : une histoire ancienne – 6 hs CM La place de l’environnement compris au sens large (air, eau, espaces verts…) dans la ville n’est pas une question contemporaine. Elle accompagne les projets urbains depuis longtemps. Il s’agira de retracer cette histoire à travers le questionnement qu’elle a suscité auprès des sociologues, de l’Ecole de Chicago au début du XXème siècle jusqu’aux débats récents au sujet de la ville durable. 2- L’action publique contemporaine en matière de nature urbaine : une conciliation difficile entre aménagement et « ménagement » de la nature – 2 hs CM & 4hs TD A travers des exemples situés dans la région marseillaise, nous analyserons les actions publiques valorisant la nature en ville. Nous montrerons, à travers l’application de la Trame Verte et Bleue et la protection d’espèces remarquables, comment la prise en compte de la nature en ville reste difficile à réaliser, au centre d’enjeux socio-économiques contradictoires. 3 – Les habitants et la nature en ville : représentations, pratiques et mobilisations sociales – 2 hs CM & 4hs TD A partir d’enquêtes réalisées dans la région marseillaise, nous étudierons les représentations et les pratiques des habitants de la nature en ville. Nous montrerons également comment certains habitants se mobilisent pour défendre certains espaces ou certaines pratiques de nature. 4 – Environnement urbain et risques sanitaires - 12 hs CM Ce cours se concentre sur les articulations entre problématiques environnementales et sanitaires au sein des espaces urbains. A partir de cas d'études concrets, il s'agira d'étudier la façon dont les politiques publiques, les professionnels de la ville et les habitants appréhendent les tensions et/ou complémentarités entre protection de la nature urbaine, qualité de vie et santé publique.

        Volume horaire : 22h de CM - 8h de TD

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    • Options de master 2 en écotechnologies et bioremédiation (9 crédits)
      • Bioremédiation (6 crédits)

        Code : BIOREMLangue : Français.

        Contenu : Caractérisation des principaux polluants. Typologie des pollutions/contaminations. Devenir des contaminants inorganiques et organiques dans l’environnement (hydrosphère, pédosphère et atmosphère). Concepts avancés de présence, disponibilité (mobilité) et biodisponibilité. Concepts de spéciation chimique (espèces chimiques, fractions échangeables) et de spéciation fonctionnelle (bioaccumulation, phytodisponibilité, biodisponibilité pour l’homme). Notions de modèles mathématiques prédictifs de l’évolution de polluants. Interactions fonctionnelles polluants/microorganismes. Ecophysiologie microbienne, mécanismes cellulaires microbiens (bactériens et fongiques) de détoxification de polluants organiques (hydrocarbures aliphatiques et aromatiques, pesticides, polluants émergents) et inorganiques (métaux, métalloïdes) : biominéralisation, biotransformation, bioassimilation, bioaccumulation, biofiltration, cométabolisme. Valorisation des fonctions microbiennes et techniques de dépollution (in situ, hors sols, traitements de nappes etc.). Exemples de retours d’expériences de bioremédiation, en particulier de polluants récalcitrants à la biodégradation microbienne. Phytoremédiation et zooremédiation : avancées les plus récentes en bioremédiation faisant appel aux végétaux et aux animaux. Concepts de phytoremédiation, phytodégradation, phytoextraction, phytoaccumulation, phytostabilisation, phytovolatilisation, rhizodégradation, rhizofiltration. Valorisation de la biomasse animale en bioremédiation. Exemples de cas concrets de phytoremédiation (métaux, micro-polluants, etc.), de phytoépuration d’eaux usées, etc.

        Volume horaire : 23h de CM - 21h de TD - 16h de TP

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      • Restauration, réhabilitation et intégration écologique (3 crédits)

        Code : RESTAUREHABLangue : Français.

        Contenu : L’introduction dans les réglementations et les politiques publiques d’obligations de réparation ou de reconquête de la biodiversité (séquence ERC, directives européennes…), ont incité le développement de l’intégration des enjeux environnementaux dans les projets d’aménagement du territoire et la généralisation des pratiques de réhabilitation et de restauration écologique. Deux grands thèmes seront abordés dans ce contexte : 1) l’aménagement des plans d’eau et des cours d’eau (Rhin, Marais des Palun, lacs alpins…) et 2) le développement des installations de captage des énergies renouvelables. A partir des projets d’aménagement du territoire réels et actuels, les enseignements fondamentaux fortement contextualités alterneront avec une pédagogie active. Ainsi, le thème n°1 sera traité par plusieurs intervenants fortement impliqués dans la recherche en écologie de la restauration. Le thème n°2 sera traité sous la forme d’une pédagogie de type ‘jeu de rôle’ en combinant 1 CM, 2 TD et une sortie sur le terrain pour permettre aux étudiants d’élaborer en situation complexe une démarche adaptée pour évaluer l’intégration et la restauration écologique d’une centrale photovoltaïque au sol.

        Volume horaire : 12h de CM - 4h de TD - 8h de TP

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  • Tronc commun de semestre 3 en ingénierie écologique (18 crédits)
    • Droit de l'environnement et éviter, réduire et compenser (3 crédits)

      Code : DROITERCLangue : Français.

      Contenu : Cette UE propose de donner des éléments de contexte et de compréhension aux étudiants concernant le montage ou le suivi de dossiers ERC, ICPE etc…. sur les plans juridiques et administratifs. L’étudiant sera mis face à des situations concrètes via un jeu des cours théoriques et un jeu de rôle pour le diagnostic et l’analyse de projets. Législation et règlements relatifs aux diagnostics environnementaux et aux documents de gestion (Droit industriel appliqué à la biodiversité ; Droit de la planification de l’eau : SDAGE, SAGE, Contrats de milieux, aspects législatifs et réglementaires), PLU PLUI. ERC (sous forme de jeu de rôle) : réalisation du volet nature complet d'une étude d’impact, contextualisation, bibliographie, définition de protocoles, inventaires/diagnostic sur une zone d’étude, analyse des impacts, définition de mesures, cas particuliers, concertation avec porteurs de projet, services de l’Etat et autres acteurs locaux (en collaboration avec des professionnels)

      Volume horaire : 15h de CM - 15h de TD

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    • Ecologie globale et écoles de terrain (6 crédits)

      Code : ECOGLOLangue : Français.

      Contenu : Cette UE a un double ojectif. Dans un premier temps, il sera proposé aux étudiant-e-s une mise en situation réelle permettant la mobilisation des principes d’une démarche scientifique pertinente, et son application dans un cadre de recherche appliquée en écologie. Le cœur de cette UE repose sur la mise en place, par les étudiants eux-mêmes, d’une collaboration avec une structure de gestion de l’environnement (e.g. Parcs Nationaux, Fondation Tour du Valat, Réserve Naturelle, Ville de Marseille, associations ...) ou une structure de recherche. Les étudiant-e-s vont co-construire, avec le gestionnaire ou le chercheur, une problématique de recherche appliquée ou fondamentale dès la rentrée en préparation à une école de terrain réalisé sur 5 jours. Au cours de celle-ci, les étudiant-e-s vont définir les objectifs spécifiques, la stratégie d’échantillonnage et assurer la collecte de données. Ces données ainsi récoltées fourniront la matière aux enseignements de statistique et modélisation dans le cadre d’autres UEs et la rédaction du rapport final constituera un fil rouge tout au long du S3. Dans un second temps, un atelier de rédaction scientifique sera proposé, en anglais ou en français selon le choix de l’étudiant-e.

      Volume horaire : 4h de CM - 16h de TD

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    • Ingénierie écologique (6 crédits)

      Code : INGECOLangue : Français.

      Contenu : Ce module a pour objectif de fournir aux participants les éléments pour maitriser les concepts de gestion des milieux et de l’aménagement durable, adaptatif, multifonctionnel et basés sur les mécanismes qui gouvernent les systèmes écologiques

      Volume horaire : 32h de CM - 16h de TD - 12h de TP

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    • Outils de professionnalisation en écologie (3 crédits)

      Code : PROECOLangue : Français.

      Contenu : recherche bliographique, atelier d’écriture, rédaction de projets dont des projets de doctorat, conduite de projets, connaissance des structures (organismes publics et privés, recherche, gestion de l’environement, bureaux d’études, Parcs), rédaction de réponses à des appels d’offres, marchés publics, faire un budget, mener une réunion.

      Volume horaire : 10h de CM - 12h de TD

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Master 2 BEE : Ingénierie écologique Semestre 4 BEE : Ingénierie écologique

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  • Stage en laboratoire ou en entreprise (30 crédits)

    Code : STAGESM2Langue : Français.

    Contenu : L’objectif de cette UE consiste à apprendre à conduire un projet scientifique de façon autonome sous encadrement d’un scientifique : rédiger et évaluer la faisabilité d’un projet ; rédiger une esquisse de projet ; conduire la recherche, analyser et synthétiser les résultats sous forme de rapport qui suit les conventions d’un article scientifique standard. 1) Recherche de sujet de stage en écologie ; 2) Réunion de cadrage pour le suivi du projet 3) Un TD sur les modalités de l’écriture de rapport (structure du rapport, consignes de rédaction, exemples d’écriture) 4) rendu d’un pré-projet à la fin du premier mois du stage 5) rendu d’un commentaire sur le pré-projet 6) rendu du rapport final 7) soutenance et retour sur le rapport réalisé ; il y a 5 h de TD en présentiel, les 27h restants x 2 groupes sont pour les encadrants à la hauteur d’une heure par étudiant encadré.

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Modalités d'inscription

Accès en M1 ou en M2 : Les étudiants doivent déposer un dossier de candidature qui sera examiné en commission pédagogique de l'OSU Pythéas. Pour plus de détail sur la procédure à suivre, consultez le site de l'OSU Pythéas : http://www.pytheas.univ-amu.fr/ ?-Scolarite-