FormationsLicence généraleSciences de la vieBiologie des Organismes et Évolution (BOE)

Licence Sciences de la vieParcours Biologie des Organismes et Évolution (BOE)

Objectifs

Ce parcours donne aux étudiants les compétences en biologie et physiologie des organismes et de les former à l'approche pluridisciplinaire (physiologie, biochimie, génétique, biologie moléculaire, évolution), seule démarche permettant d'intégrer la complexité du fonctionnement des êtres vivants. Il permet par ailleurs, l'entrée en master spécialité Enseignement grâce à des UE optionnelles de Géologie.

Formation et recherche

La Licence Biologie des Organismes et Évolution permet aux étudiants de poursuivre dans un master recherche ou professionnel d'AMU ou d'une autre Université dont les préparations Concours aux métiers de l'enseignement (CAPES, Agrégation SVT, professeur des écoles ) et d'entrer dans certaines écoles d'ingénieurs (concours B ou sur dossier en L3).

Pré-requis obligatoires

Baccalauréat ou équivalent.

Pré-requis recommandés

Baccalauréat général scientifique.

Régimes d'inscription

Cette formation est accessible en

Formation initiale
Formation continue

Compétences visées

Au terme des trois années, les étudiants doivent maîtriser les concepts classiques et modernes des Sciences de la Vie (et de la Terre pour l’option SVT) et en dégager une vision intégrative et synthétique. Ils doivent être capables de poser une hypothèse biologique, de valider et tester un plan d’expérience et d’en tirer les conclusions scientifiques. Ils devront maîtriser l’anglais (niveau A2 TCF).

Métiers visés

Codes ROME :

Spécialités de formation (code NSF) :

  • 113c : Sciences naturelles (biologie, géologie) - Applications scientifiques
  • 118g : Biologie de l'eau et de l'environnement ; Biologie médicale

Stages et projets encadrés

Le stage en entreprise ou en laboratoire est obligatoire (PN, BHB, BOE) ou fortement conseille (BC, BCB) selon le parcours envisagé dans la mention. Il se déroule au semestre 6 et correspond à 6 ECTS. Le stage a pour but de conforter ou d’infirmer le choix professionnel de nos futurs licenciés. Il pourra donc se dérouler en entreprise ou en laboratoire de recherches privé ou public ou encore dans des lycées généraux ou techniques avec lesquels nous sommes déjà en collaboration. Il a aussi comme vertu de les confronter au monde socio-économique et de leur permettre également de franchir un premier cap d’expérience professionnelle. Les stagiaires feront la démarche de chercher eux-mêmes un lieu de stage bien que les responsables de parcours ou de l’unité de stage, tiennent à leur disposition une liste de stages possibles et de nombreux contacts professionnels.

Le stage sera évalué en 3 temps :

  • Tout d’abord, à la fin du stage, le maître de stage remplira une fiche d’évaluation adossée à la convention de stage, qui permettra par un certain nombre d’items de juger du travail, de l’implication et de la motivation du jeune durant son stage (40% de la note finale)
  • Un rapport de stage élaboré par le stagiaire sous la tutelle du maitre de stage, sera noté par le responsable du module de stage (30% de la note finale)
  • Enfin une audition portant sur le travail de stage s’effectuera en présence d’un jury composé à minima du responsable de stage et du tuteur pédagogique. Cette audition donnera également lieu à une note (30% de la note finale).

Volume des enseignements

  • Cours magistraux : 658 heures
  • Travaux dirigés : 628 heures
  • Travaux pratiques : 494 heures
  • Stage : 2 semaines

Semestre 1 SV Tronc Commun

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  • Panorama du monde vivant (6 crédits)

    Code : ENSBI1U1Langue : Français.

    Contenu : Donner aux étudiants les fondamentaux d'une classification phylogénétique du vivant. Pour cela il faudra : présenter la diversité du vivant à travers une sortie de terrain pluridisciplinaire et suivie de l'analyse de ce qui aura été observé et/ou collecté ; définir les liens de parenté entre les espèces par l'intermédiaire de reconstructions arborées. Les étudiants devront prendre connaissance des principes et méthodes d'élaboration de ces « arbres » en utilisant des algorithmes d'agglomération simples. Il faudra faire en sorte que les étudiants n'aient pas une vision gradiste de l'évolution de la diversité biologique en sachant interpréter convenablement un dendrogramme et leur faire comprendre ce qu'est une nouveauté évolutive (la synapomorphie) sur le plan morpho-anatomique et son importance en classification phylogénétique.

    Volume horaire : 12h de CM - 48h de TD - 48h de TP - 

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  • Biochimie (les molécules de la vie) (6 crédits)

    Code : ENSBI1U2Langue : Français.

    Contenu : La biochimie : ses objectifs, ses méthodes. L'eau : Propriétés particulières, les liaisons hydrogène, la notion de polarité, électronégativité des éléments, le principe des pH, Ka, pKa Les acides nucléiques : Structure des nucléotides, structure de la double hélice, les différents types d'ARN, les méthodes expérimentales associés. Acides aminés et peptides : Structures, propriétés particulières (ionisation, propriétés spectrales), relations structure-fonction, les approches expérimentales associées Les glucides : les mono-, di- oligo-, poly-saccharides, le stockage énergétique, la relation structure-fonction, les polysaccharides de surface, les approches expérimentales associées. Les lipides : les acides gras, mode de construction des lipides complexes : les mono- di-et tri-glycérides, les glycérophospholipides, les sphingolipides, vue générale d'une membrane biologique, les approches expérimentales associées.

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  • Chimie pour Biologie 1 (6 crédits)

    Code : ENSBI1U3Langue : Français.

    Contenu : Partie atome et liaison chimique (2/3 d’UE) Constituants de l’atome Modèle de Bohr Modèle ondulatoire pour l’atome d’hydrogène Atome polyélectronique (règles de remplissage des orbitales ; règles de Slater ; évolution de grandeurs dans la classification périodique ; masse atomique apparente, isotopes, radioactivité Approche orbitalaire de la liaison chimique Modèle de Lewis Modèle VSEPR Hybridation des orbitales atomiques Partie stéréochimie (1/3 d’UE) Lien entre hybridation du carbone et géométrie moléculaire Représentation des molécules (formules brutes, développées, représentations de Cram, de Newman, de Fischer.) Isoméries (isoméries de constitution, de fonction, stéréoisomérie).

    Volume horaire : 28h de CM - 28h de TD - 4h de TP - 

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  • Biologie moléculaire (6 crédits)

    Code : ENSBI1U4Langue : Français.

    Contenu : La notion d’information en biologie : le gène, les génomes, la génétique, l’épigénétique. Organisation schématique du génome chez les bactéries, les archae et les eucaryotes. Notion de virus. Du gène à la protéine : les chromosomes, la réplication, la transcription, la traduction. Les approches expérimentales : les enzymes de restriction, la PCR et ses applications, les banques d’ADN génomique et d’ADN complémentaires, les techniques d’électrophorèse et de transfert, les méthodes de séquençage, l’hybridation, les puces à ADN, le clonage. Technologie du gène : exemples d’applications en médecine (diagnostic, médecine légale), en biotechnologie (transgénèse) et en biologie expérimentale (ARN interférants).

    Volume horaire : 20h de CM - 16h de TD - 8h de TP - 

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  • Informatique pour Biologie et C2I (3 crédits)

    Code : ENSBI1U6Langue : Français.

    Contenu : Présentation des concepts de base en informatique : matériel, systèmes d'exploitation, notions sur les formats de fichiers, présentation des outils bureautiques, initiation à la notion de logiciel libre, introduction aux réseaux informatiques et à leurs risques Prise en main de l'environnement et recherche d'information sur internet Etude bioinformatique Initiation au tableur Utilisation poussée du tableur : étude de génomique comparative homme-souris Rédaction d'un article Wikipédia ; Préparation de la mise en forme du rapport de TD/TP

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  • Anglais S1 (3 crédits)

    description non disponible.

Semestre 2 SV Tronc Commun

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  • Physiologie Animale (6 crédits)

    Code : ENSBI2U1Langue : Français.

    Contenu : Introduction : Qu'est-ce que la physiologie animale ? Définition et objectifs, Stabilité de l'organisme vivant. Les organes, les systèmes et les appareils Le milieu intérieur et l'homéostasie. Les systèmes de communication nerveux et endocrinien (comment l'organisme s'adapte à l'environnement) Exemple de la physiologie intégrée : la régulation d'une paramètre physiologique vital Les systèmes sensoriels et leurs adaptations. Les moyens permettant l'exploration fonctionnelle du vivant

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  • Chimie pour Biologie 2 (6 crédits)

    Code : ENSBI2U2Langue : Français.

    Contenu : Chimie des solutions Définition d'acidité et basicité, Couple acide/base et réactions acide/base Notions d 'equilibre chimique Force des acides et des bases en solution aqueuse Polyacides et polybases Tampons et tampons biologiques Calcul de pH Définition d'un oxydant et un réducteur Couple redox et Potentiel redox Chimie Organique Nomenclature Intermediaires réactionnels et définitions générales Notion de mécanisme réactionnel Les grandes classes de réaction (additions, eliminations, oxydations et réductions).

    Volume horaire : 18h de CM - 30h de TD - 12h de TP - 

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  • Biologie Cellulaire (6 crédits)

    Code : ENSBI2U3Langue : Français.

    Contenu : Introduction Les membranes biologiques Notions sur le cytosquelette Mitochondries et Chloroplastes Le noyau Adhérences cellulaires et communications cellulaires Divisions cellulaires

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  • Mathématiques pour Biologie (3 crédits)

    Code : ENSBI2U4Langue : Français.

    Contenu : Fonctions numériques de la variable réelle Equations différentielles du premier ordre Statistique descriptive univariée Principe de l'estimation en statistique

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  • Physique pour Biologie (3 crédits)

    Code : ENSBI2U5Langue : Français.

    Contenu : Optique Nature de la lumière : onde, photon Phénomènes d’absorption et de fluorescence : loi de Beer-Lambert Optique géométrique : chemin optique, réfraction, interférence Microscope optique : agrandissement, pouvoir séparateur du microscope Vision et imagerie : œil, photographie, pixel, résolution Electricité Charges électriques : champ et potentiel électriques Résistance, capacité, batterie Courant électrique : la loi d’ohm, les conventions Circuit électrique : loi de Kirchhoff, circuit RC Les instruments : oscilloscope, électrophorèse Circuits électriques en biologie : potentiel transmembranaire, fibres nerveuses

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  • Carte des métiers / Projet Personnel et Professionnel Étudiant (CdM / PPPE) (3 crédits)

    Code : CASPPPCA1Langue : Français.

    Contenu : Mettre en projet une idée, une recherche collective pour donner du sens au parcours individuel Découvrir les différents domaines et activités professionnelles accessibles à l’issue des études (Carte des métiers). Donner du sens à un projet personnel professionnel et de formation en le confrontant à la réalité professionnelle Acquérir des connaissances de base en communication écrite et orale et en projet Résultats attendus : première évaluation du projet personnel professionnel. Définir, conforter ou remettre en question le projet personnel professionnel et de formation de l’étudiant ; initier un réseau professionnel.

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  • Unité libre de 3 crédits

    description non disponible.

Semestre 3 parcours BOE

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  • Biomolécules et métabolismes (6 crédits)

    Code : ENSBI3U14Langue : Français.

    Contenu : Éléments de biochimie des lipides, des protéines et des glucides. Mécanismes d’auto-assemblage dans les membranes biologiques : rôle de l’eau, interactions lipide-lipide, domaines membranaires, rôle du cholestérol, protéines membranaires. Fonctions des membranes : barrière, communication, adaptations aux conditions de vie extrêmes. Présentation générale du métabolisme : enzymes, réactions, voies métaboliques. Métabolisme énergétique : mise en réserve du glucose et des lipides. Utilisation des réserves énergétiques : vue d’ensemble du métabolisme énergétique, digestion des nutriments, sprint, marathon, records du monde d’athlétisme.

    Volume horaire : 30h de CM - 30h de TD - 

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  • Physiologie des grandes fonctions 1 (6 crédits)

    Code : ENSBI3U15Langue : Français.

    Contenu : Le système cardiovasculaire : Anatomie du cœur et des vaisseaux sanguins. Petite et grande circulation. Activité électrique et cycle cardiaque. Pressions artérielle et veineuse. Centres nerveux cardio-vasculaires ; Régulations cardio-vasculaires des systèmes à haute pression et basse pression ; Exemples de pathologies cardiaque et vasculaire. Le système respiratoire : Air atmosphérique et pressions partielles des gaz ; Anatomie de l’appareil respiratoire ; Mécanique ventilatoire. Réseau neuronal respiratoire et contrôle nerveux de l’appareil musculaire respiratoire ; Adaptations de la ventilation aux contraintes mécaniques et chimiques ; Exemples de pathologies respiratoires. Le système rénal : Anatomie de l'appareil urinaire ; Mécanismes détaillés de la filtration glomérulaire, de la réabsorption tubulaire, la concentration et l’excrétion de l’urine. Insuffisances rénales et traitements (dialyse, régime alimentaire, greffes….).

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  • Phylogénie et évolution des invertébrés (6 crédits)

    Code : ENSBI3U16Langue : Français.

    Contenu : Introduction : l’organisation des métazoaires, la pluricellularité, la formation d’un feuillet, la naissance du mésoderme. Spongiaires, pinacodermes et choanodermes versus ectoderme/endoderme. Cnidaires, le cnidoblaste, polype/méduse. Cellule musculaire. Cténaires, les ctènes, fibres musculaires/diblastique. Protostomiens. Les lophotrochozoaires. Annélides, métamérie, évolution du coelome, protonéphridie/métanéphridie, système nerveux, larve trochophore. Mollusques, segmentation versus métamérie, coquille, céphalisation, évolution du système circulatoire, larve véligère. Les ecdysozoaires. Arthropodes, les appendices articulés comme indicateur de la métamérie, le système nerveux (proto/deuto/tritocérébron), ocelles-yeux composés. Deuterostomiens. Les Echinodermata, symétrie pentaradiaire, larve pluteus à symétrie bilatérale, système nerveux épithélioneurien, système aquifère.

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  • La reproduction: cycles et déterminisme génétique (6 crédits)

    Code : ENSBI3U17Langue : Français.

    Contenu : Introduction. reproduction asexuée ou agame, reproduction sexuée et gamètes. Production des gamètes. Diversité à l’échelle des organismes : gonochorisme (organisation des gonades et des appareils génitaux), dimorphisme sexuel (revenir sur les caractères sexuels, primordiaux, primaires et secondaires ; aspect éthologique) ; hermaphrodisme (protandrie, protogynie). Unité à l’échelle cellulaire : la méiose, sa place dans la gamétogenèse. Déterminisme du sexe : déterminismes génétique et chromosomique (les chromosomes sexuels, le gène Sry), influence des facteurs de l’environnement (température par exemple). Devenir des gamètes. La fécondation : fécondation externe ou interne à l’échelle des organismes ; de la reconnaissance des gamètes à l’amphimixie ou carygamie, unité des phénomènes cellulaires (deux exemples parmi les métazoaires : l’oursin et le mammifère). La parthénogenèse : les types avec des exemples précis, les problèmes posés . Alternance reproduction biparentale et reproduction monoparentale dans les cycles de reproduction. Les étapes du développement embryonnaire : aspects structuraux et phénomènes cellulaires. Clivage de l’œuf, gastrulation, organogenèse. L’amphibien, modèle de base ; les variations (annélides, arthropodes, échinodermes, oiseaux et mammifères placentaires). Biologie végétale : cycles de reproduction chez les Embryophytes. Structures reproductrices, modalités de la fécondation, évolution du gamétophyte femelle et de la graine chez les Spermatophytes. Pollinisation, fruits et graines, multiplication végétative chez les Angiospermes.

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  • Choix de 6 crédits (à valider avec l'équipe pédagogique)
    • Module d'adaptation L2 (3 crédits)

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    • Découverte des Milieux Professionnels / Projet Personnel et Professionnel Étudiant (DMP-PPPE) (3 crédits)

      Code : CASPPPCA2

      Contenu : Découvrir l’environnement professionnel en lien avec les études engagées Découvrir et approfondir les connaissances des étudiants sur le monde professionnel Découvrir et comprendre l’organisation, les activités et les enjeux des organisations professionnelles Enrichir et préciser les contours du projet de professionnalisation de l’étudiant à partir des recherches de terrain Découvrir les spécificités d’un secteur d’activité et les pratiques professionnelles en lien avec un projet. Apprendre le fonctionnement des différentes organisations (entreprises, institutions, associations) et les activités des différents services Résultats attendus  : Acquérir une vision concrète des organisations professionnelles. Situer le projet de l’étudiant dans un environnement professionnel et socio-économique ; développer un réseau professionnel

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    • Statistiques pour Biologie 1 (3 crédits)

      Code : ENSBI3U20Langue : Français.

      Contenu : Définition d'une probabilité, probabilités conditionnelles, théorème de Bayes, indépendance. Définition d'une variable aléatoire et lois usuelles (Bernoulli, Binomiale, Géométrique, Normale). Initiation à R et statistique descriptive à une dimension, illustration de la notion de densité de probabilité. Distribution d'une moyenne empirique : TCL et intervalle de fluctuation. Principe du test statistique : comparaison d'une moyenne (proportion) observée à une moyenne (proportion) théorique : types d'erreurs et leur calcul, puissance d'un test.

      Volume horaire : 10h de CM - 14h de TD - 6h de TP - 

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    • Histoire et Évolution de la Biosphère (3 crédits)

      Code : ENSBI3U21Langue : Français.

      Contenu : Les cours décrivent la théorie des méthodes de biostratigraphie et de paléoécologie, ainsi que l’histoire de la vie sur Terre et de ses interactions avec l’environnement des enveloppes superficielles de la Terre. L’étude de périodes clés – vie primitive, radiation cambrienne, extinctions de masses, terrestrialisation – ou d'écosystèmes phares – biomes terrestres quaternaires, environnements marins mésozoïques – servent de support à la compréhension des mécanismes. Dans les travaux dirigés, les notions de biostratigraphie et de paléo-biodiversité fossile sont abordées à partir d'exemples d'application. Les travaux pratiques offrent un panorama de la diversité des organismes fossiles et de leurs liens avec les groupes actuels et leur utilisation pour les reconstitutions paléo environnementales.

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Semestre 4 parcours BOE

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  • Evolution et développement (6 crédits)

    Code : ENSBI4U18Langue : Français.

    Contenu : Introduction : rappel des étapes du développement embryonnaire ; développement post-embryonnaire direct ou indirect pour le domaine animal et végétal. Les interactions cellulaires au cours du développement embryonnaire. L’induction du mésoderme et l’induction neurogène. Approche expérimentale et biochimique analysée chez l’amphibien puis élargie aux autres métazoaires. Chez les métazoaires, les bases moléculaires et génétiques de la polarisation des plans d’organisation. A l’échelle des organismes, l’identité positionnelle le long de l’axe antéro-postérieur ; les gènes Hox . A l’échelle du membre de vertébré tétrapode. Les modalités et le déterminisme de la croissance envisagée à l’échelle des organismes et de certains organes ou certaines structures. La croissance continue. La croissance discontinue. La métamorphose. La croissance primaire et secondaire et le port des plantes avec notamment la phyllotaxie induite par l’organisation méristématique.

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  • Information génétique 1 (6 crédits)

    Code : ENSBI4U19Langue : Français.

    Contenu : Gène et information génétique : l’hérédité particulaire et l’émergence du concept de gène ; de l’hérédité particulaire à l’hérédité moléculaire ou la mise en forme du concept de gène ; du gène au polypeptide, le flux unidirectionnel de l’information. Du gène à la protéine fonctionnelle : Les étapes chez les procaryotes (le concept d’opéron ; transcription et traduction simultanées), les contrôles au niveau transcriptionnel (régulation négative, positive, l’une et l’autre ; opérons inductibles et opérons répressibles ; le phénomène d’atténuation). Compartimentation de la cellule eucaryote et expression du génome ; la structure chromatinienne et ses états fonctionnels ; l’organisation morcelée des gènes, pré-ARN et étape de maturation ; Mise en forme et adressage des protéines ; stress du réticulum et réponse adaptative UPR. Transfert vertical de l’information : la duplication de l’information par réplication (mode, dynamique, acteurs moléculaires et chronologie de leur intervention). Modalités de la transmission : chez les procaryotes ; chez les eucaryotes (mitose et transmission conforme, méiose et transmission non conforme, conséquences génétiques de la méiose). La notion de cycle cellulaire : Facteurs activateurs et inhibiteurs (approche expérimentale mais aucun prolongement moléculaire.

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  • Structure et Fonction chez les embryophytes (6 crédits)

    Code : ENSBI4U20Langue : Français.

    Contenu : Biologie des embryophytes : structure élémentaire d'une plante (modèle des Bryophytes, Sphénophytes, Coniférophytes, Angiospermes). Organisation morphologique de l'appareil végétatif (tige, racine et feuilles fondamentales et leurs variantes), analogies fonctionnelles et taxonomiques (rhizoïdes et mycorhizes, thalles, lichens, mousses...). Organisation anatomique de l'appareil végétatif, particularités et structures communes des différents tissus (focus sur le xylème et ses spécificités), organisation primaire et secondaire des organes végétatifs. Evolution de la fleur. Classification phylogénétique des embryophytes. Physiologie embryophytes : potentiel hydrique et translocation de l'eau et des solutés : absorption, transport des sèves. Métabolisme : photosynthèse, métabolisme carboné (C3, C4, CAM). Métabolisme azoté ; symbiose rhizobium/légumineuses.

    Volume horaire : 30h de CM - 30h de TD - 

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  • Phylogénie et évolution des chordés (6 crédits)

    Code : ENSBI4U21Langue : Français.

    Contenu : Introduction : origine et position phylogénétique au sein des métazoaires (bilatériens, deutérostomiens). Aperçu de la diversité du groupe. Taille et formes, notion d’allométrie. Mise en place et évolution du squelette (crânial, zonal, axial et appendiculaire). Unité et diversité des téguments. Les différents type d’écailles. Les phanères et les glandes tégumentaires. Système circulatoire et respiration : Cœur, branchies, poumons une évolution concertée ? L’appareil uro-génital : ontogénétiquement proches et rôle fonctionnel dérivé. Evolution du système nerveux et des organes des sens des Vertebrata. Elaboration d’une matrice de caractères morpho-anatomique (à partir des systèmes et appareils étudiés) permettant une reconstruction phylogénétique (cladistique et phénétique) des différents groupes de chordés étudiés.

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  • Biostatistiques 2 (3 crédits)

    Code : ENSBI4U23Langue : Français.

    Contenu : Comparaison de deux moyennes : cas appariés, petits échantillons, non paramétrique. Test du chi-deux d'adéquation. Lien entre deux variables qualitatives : test du chi-deux d'indépendance, cas des petits échantillons (test exact de Fisher, test de permutation). Une représentation graphique : l'Analyse Factorielle des Correspondances (AFC). Lien entre deux variables quantitatives : corrélation linéaire.

    Volume horaire : 10h de CM - 14h de TD - 6h de TP - 

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  • Anglais S4 (3 crédits)

    description non disponible.

Semestre 5 parcours BOE

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  • Information génétique 2 (6 crédits)

    Code : ENSBI5U26Langue : Français.

    Contenu : Les étapes du flux intracellulaire de l’information génétique. Du gène au polypeptide natif (système de transcription II) : synthèse puis maturation du pré-messager. L’édition du messager. La traduction. Des gènes aux ARN non messagers : systèmes de transcription I et III. Les contrôles mis en jeu. Aspect quantitatif : cis et transrégulation. Aspect qualitatif : transcription, maturation, traduction et protéolyse différentielles. Les ARN, régulateurs de l’expression des gènes ; concept de riborégulation ( ARN interférents et microARN). La chromatine et les conséquences de son organisation sur l’expression génétique. Structuration spatiale du noyau en domaines d’expression. Contrôle épigénétique de l’expression : information épigénétique de la chromatine (modifications covalentes de l’ADN, des histones). Des exemples. Le transfert vertical de l’information. Les facteurs endogènes : MPF (structure, mise en activité, cibles, inactivation), les inhibiteurs (protéine du rétinoblastome, P53, organisation, mode d’action). Le contrôle social des divisions cellulaires : les facteurs de croissance, les signalisations intracellulaires (voie Ras et ses intermédiaires), activation transcriptionnelle des gènes du contrôle social, gènes précoces et gènes tardifs. L’oncogenèse, échappement au contrôle social. Origine du répertoire d’informations du génome eucaryote : l’endosymbiose et le génome des organites ; les transferts horizontaux de gènes des organites au noyau (à placer, peut-être, en génétique évolutive ).

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  • Génétique évolutive 1 (3 crédits)

    Code : ENSBI5U27Langue : Français.

    Contenu : Génétique formelle Nature de transmission (autosomes, caractères liés au sexe, facteurs cytoplasmiques) Fondement chromosomique de l’hérédité (méiose, liaison génétique, cartographie) Analyse des tétrades Génétique des bactéries Génétique des populations (introduction) Variabilité génétique des populations Equilibre de Hardy-Weinberg Forces évolutives (dérive, sélection, mutation, migration, homogamie, consanguinité) Structure spatiale des populations (Fst etc.) Introduction à la Génétique quantitative

    Volume horaire : 20h de CM - 10h de TP - 

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  • Evolution des plans d'organisation des métazoaires (6 crédits)

    Code : ENSBI5U28Langue : Français.

    Contenu : Etude comparative du système circulatoire chez les métazoaires. Etude comparative de la vision chez les métazoaires. Le système nerveux chez les métazoaires. Membres et appendices un exemple d'homologie sériée. Evolution de la métamérie.

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  • Phylogénie moléculaire-bioinformatique 1 (3 crédits)

    Code : ENSBI5U30Langue : Français.

    Contenu : Introduction à la bioinformatique - Bases de données et centres de ressources en bioinformatique - NCBI & EBI (Diversité et intérêt des banques de données) - Banques de séquences nucléiques et protéiques (Genbank, EMBL, SWISSPROT…) - Recherche d’information dans les banques de données (Entrez, SRS…) - Recherche d’homologues dans les banques de séquences (Blast). - Introduction à l’alignement de séquences : Introduction à l’analyse phylogénétique Méthode de distances : révision de l’UPGMA, introduction au Neighbor-Joining - Méthode cladistique - Utilisation de logiciels (ClustalW, Mega4…) - Lecture d’arbres, notions d’orthologue et de paralogue, de duplication et de spéciation.

    Volume horaire : 6h de CM - 24h de TD - 

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  • Biostatistiques 3 (3 crédits)

    Code : ENSBI5U31Langue : Français.

    Contenu : Eléments d'algèbre linéaire et calcul matriciel Lien entre plusieurs variables quantitatives : l'ACP Lien entre plusieurs variables qualitatives : l'AFC et l'AFCMultiple

    Volume horaire : 10h de CM - 14h de TD - 6h de TP - 

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  • Programmation (3 crédits)

    Code : ENSBI5U32Langue : Français.

    Contenu : Perl Input/output Types de variables (chaîne des caractères, tableau, hachage) Opérateurs Boucles Recherche des motifs, expressions régulières Contextes scalaire et liste Sous-programmes Fonctions Lancement des autres programmes en ligne de commande (BLAST, ClustalW) R Principe de la programmation orientée objet Stockage des objets Types d’objets : objets simples et composés, conversions Opérateurs (opérations et logique) Sélection logique Matrices et data.frames, calcul matriciel Fonctions : syntaxe (boucles, condistions logiques), utilisation et constructions Packages Importation et exportation de données Graphiques

    Volume horaire : 30h de TD - 

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  • Biologie de terrain (3 crédits)

    description non disponible.

  • Processus évolutifs (3 crédits)

    description non disponible.

Semestre 6 parcours BOE

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  • Biotechnologies et Génomique des plantes (3 crédits)

    Code : ENSBI6U11Langue : Français.

    Contenu : Grandes transitions de l'évolution des plantes. Historique de la culture in vitro. Culture in vitro et biotechnologie. Transformation génétique. Amélioration des plantes et modification des génomes. Structure et évolution des génomes. Relation entre génome nucléaire et chloroplastique. Cartographie des génomes. Utilisation des marqueurs moléculaires et clonage positionnel. Analyse d'articles : Transformations génétiques dans l'évolution des plantes Transgenése

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  • Biologie évolutive (3 crédits)

    Code : ENSBI6U38Langue : Français.

    Contenu : Évolution de la lignée humaine. La sélection naturelle et les adaptations. Adaptation à la course et au régime alimentaire chez les mammifères. Les différents types de mimétisme. Le concept d’espèce et de spéciation : approche morphologique, écologique et moléculaire. Radiation adaptative et non adaptative. La coévolution. Hôte/parasite, plante/insecte approche écologique et moléculaire. Diversité des plans d’organisation, crise et grandes extinctions.

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  • Immunité des métazoaires (3 crédits)

    Code : ENSBI6U39Langue : Français.

    Contenu : Les cellules de l'immunité. Les molécules de l'immunité. Me contrôle du déroulement des réponses immunitaires. Mise en échec du système immunitaire. Aspects Évolutifs. Quelques techniques.

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  • Biologie Cellulaire pour BOE (3 crédits)

    Code : ENSBI6U40Langue : Français.

    Contenu : La membrane plasmique : Une surface d’échanges de matière. La perméabilité membranaire et les transports perméatifs ou transports sans mouvements de la membrane : transports spontanés (diffusion simple, diffusion facilitée), transports non spontanés ou actifs (transports actifs primaires et pompes, transports actifs secondaires). Les transports cytotiques ou transports vésiculaires, transports nécessitant des mouvements de la membrane : flux centripète et internalisation (phagocytose, endocytose de phase fluide, endocytose à récepteurs, macropinocytose, potocytose), mécanismes et contrôles ; flux centrifuge et exocytose. Une surface de reconnaissance et de transduction de signaux chimiques. La nature des signaux ; les grandes catégories de récepteurs ( récepteurs ionotropiques ou récepteurs-canaux ioniques, récepteurs catalytiques ou récepteurs –enzymes, récepteurs métabotropiques ou récepteurs couplés aux protéines G) ; modalités de la transduction, messagers secondaires, signalisations intracellulaires induites. Une surface de contrôle du destin cellulaire. Signaux de survie et de mort, activation des effecteurs de l’apoptose. Le cytosquelette. Constituants, nature et caractéristiques . Le cytosquelette, ossature de la cellule eucaryote, la notion de statosquelette (cytosquelette et maintien de la forme, cytosquelette et organisation de l’espace cytoplasmique, cytosquelette et intégration des cellules - adhésion cellule-matrice extracellulaire, adhésion intercellulaire-). Aspect moteur de l’intervention du cytosquelette, la notion de cinétosquelette (mouvements intracellulaires engendrés par le couple actine-myosine, par les couples tubuline- protéines marcheuses ; déplacement des cellules par mouvements amiboïdes, flagellaires ou ciliaires ; cytosquelette et déplacement de parasites intracellulaires, Lysteria monocytogenes par exemple). Les matrices extracellulaires. Diversité. Constituants et agencement spatial (types macromoléculaires fondamentaux, constituants matriciels spécifiques ; interactions et organisation supramoléculaire. Importance biologique : des milieux de soutien ; matrices et régulation des activités cellulaires (milieux de transfert de signaux, contrôle des migrations cellulaires, de la différenciation cellulaire et de l’apoptose).

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  • Biostatistiques 4 (3 crédits)

    Code : ENSBI6U43Langue : Français.

    Contenu : Estimation d'un paramètre : définition d'un estimateur, biais et précision d'un estimateur. Méthodes de construction d'un estimateur : méthode moindres carrés, des moments, du maximum de vraisemblance, rééchantillonnage. Éléments d'échantillonnage : échantillonnage aléatoire simple (EAS), échantillonnage stratifié. Comparaison de plusieurs moyennes : Analyse de la variance (ANOVA) à un facteur à effets fixes. Modèle linéaire simple : inférences, tests, vérification des suppositions, transformations. de variables.

    Volume horaire : 10h de CM - 14h de TD - 6h de TP - 

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  • Génétique Evolutive intégrative (6 crédits)

    Code : ENSBI6U44Langue : Français.

    Contenu : Notion d’estimateurs et de marqueurs Indices de diversités (polymorphisme, diversité allélique, hétérozygotie, diversité haplotypique, diversité nucléotidique…) Analyses multivariés : Analyse de la variance, Analyse en Composante Principale, Analyse discriminante Approche bioinformatique : alignement de séquences, blast… Reconstruction phylogénétique, choix de groupes extérieurs Analyses des données populationnelles (équilibre d’Hardy-Weinberg, dérive génétique…).

    Volume horaire : 10h de CM - 30h de TD - 20h de TP - 

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  • Anglais S6 (3 crédits)

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  • 6 crédits à choisir
    • Microbiologie (6 crédits)

      Code : ENSBI4U27Langue : Français.

      Contenu : Histoire de la microbiologie Diversité du monde microbien Groupes trophiques, culture microbienne et sporulation Mobilité et chimiotactisme Génétique bactérienne (conjugaison, transduction et transformation) et génie génétique Antibiotiques et résistances Toxines Les techniques de la microbiologie Les techniques de la phylogénie Microorganismes et environnement

      Volume horaire : 30h de CM - 24h de TD - 

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    • Stage de 6 crédits

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  • Supplément au diplôme
    • Métiers de l'enseignement 2 (printemps) (3 crédits)

      Code : CASEDUC4

      Contenu : Cette UE plus spécifique (au semestre 6) permet une familiarisation avec le métier d'enseignant grâce à un stage filé ou massé. Ce dernier peut s’effectuer au sein d’un établissement scolaire, du premier ou du second degré, ou dans toute structure d’accueil liée aux divers métiers de l’éducation et de la formation. La mise en stage s’effectue par le biais d’une convention.

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Modalités d'inscription

L’inscription administrative est annuelle, l’inscription pédagogique est semestrielle.